1. Viiruste geneetika
Viiruste
definitsioon
Viirused on obligatoorsed rakusisesed parasiidid. Samas on rakusisesed parasiidid ka mitmed prokarüootsed organismid, näit. bakterid perekonnast Rickettsiae ja Chlamydiae, mis suudavad rakuväliselt eksisteerida ainult väga lühiajaliselt. Seetõttu on viiruste defineerimiseks vaja juurde tuua veel lisaparameetrid:
1) Viiruspartiklid assambleeritakse eelnevalt valmissünteesitud komponentidest
2) Viiruspartiklid ei kasva ega jagune
3) Puudub geneetiline info energia tootmiseks ja valgusünteesiks.
Viiruste spetsiifika:
Iga viirus on võimeline nakatama ainult teatud tüüpi rakke. Vastavalt sellele klassifitseeritakse viiruseid loomaviirusteks, taimeviirusteks ning bakteriviirusteks e. bakteriofaagideks. Viirusega nakatamiseks on vaja, et viiruse välispind interakteeruks rakupinna spetsiifiliste retseptoritega. Loomaviiruste retseptorid paiknevad plasmamembraaanil, faagide retseptorid bakteriraku rakukestal või kiududel e. piilidel. Viirusega nakatumise tagajärjel toimub raku metabolismi ümberlülitamine normaalselt elutegevuselt viiruse paljundamisele.
Viiruste avastamine
Nimetus viirus tuleneb ladinakeelsest sõnast virus, mis tähendab tõlkes mürki. Kuni 20-nda sajandini tähistati terminiga “viirus” kõiki haigustekitajaid. Kuigi paljudel juhtudel oli tegemist bakteriaalsete infektsioonidega, nimetati ka neid viirusinfektsioonideks. Eraldi rühmana toodi viirused välja alles 20-nda sajandi künnisel. Keskmise bakteriraku pikkus 2-3 mm. Viiruspartikli e. viriooni suurus varieerub aga vahemikus 20 - 400 nm. Viirused tuvastati kui haigusi tekitav toimeaine, mis läbib bakterifiltreid, mille pooride läbimõõt on väiksem kui 0,4 mm.
L. Pasteur isoleeris marutaudi viiruse. Samas ei eristanud ta haigustekitajat bakeritest ning seega kuulub viiruste esmaavastaja au Vene botaanikule Dimitri Ivanovile, kes demonstreeris 1892. a., et tubaka haigust põhjustab bakterifiltreid läbiv taimeviirus. 1898. a. kordas Martinus Beijerinick Ivanovski katseid tubakataimedega ning nimetas haigust põhjustava viiruse tubaka mosaiigiviiruseks (TMV). Järgnesid teated teistest viirushaiguistest:
1898 Loeffler ja Frosch - veiste suu- ja sõrataud
1908 Ellerman ja Bang - kodulindude leukoos
1909 Landsteiner ja Popper - poliomüeliit inimestel on viirushaigus
1915. a. näitasid Twort ning 1917. a. d’Herelle, et ka baktereid nakatavad viirused - bakteriofaagid, põhjustades bakterirakkude lüüsi.
Viriooni ehitus
Viiruspartikkel sisaldab nukleiinhapet, mis kodeerib viirusspetsiifilisi valke. Viiruse geneetiliseks materjaliks on kas DNA või RNA molekul. Eristatakse üksikahelalise (ss -single strand) ja kaksikahelalise (ds - double strand) genoomiga viirusi. dsDNA viirused on näiteks loomaviirustest papilloomiviirus ning bakteriofaagidest T4 ja lambda faag; ssDNA genoomiga on bakteriofaag M13. Reoviiruste (põhjustavad hingamisteede haigusi) genoomiks on dsRNA. ssRNA genoomiga viiruste näiteks võib tuua retroviirused, näit. HTLV, mis põhjustab leukoosi ja HIV, mis põhjustab AIDS-i.
Retroviiruste genoomiks on ssRNA molekul. Pärast raku nakatamist retroviirusega sünteesitakse rakus viiruse RNA-le komplementaarse dsDNA. DNA sünteesi viib läbi pöördtranskriptaas e. revertaas, mis on viiruse poolt kodeeritud ja on valmiskujul olemas juba viiruspartiklites. dsDNA integreerub raku genoomi viiruse poolt kodeeritud integraasi abil. Integreerunud DNA võib genoomis püsida pikka aega latentsena, proviirusena. Viiruse genoomi paljundamisel muutub ta transkriptsiooniliselt aktiivseks. Viiruse valkude sünteesiks avalduvad viiruse-spetsiifilised geenid. Samuti toimub viiruse genoomi (RNA) amplifikatsioon.
Viiruse nukleiinhapet ümbritseb valkkate - kapsiid, millel võib olla ümbris. Genoomi pakkimine kapsiidi on vajalik selleks, et kaitsta nukleiinhapet välismõjude eest. Pakkimisel osalevad spetsiifilised pakkimisvalgud, mis tunnevad nukleiinhappel ära pakkimissignaale. Selleks, et stabiliseerida pakitud nukleiinhapet, vältida negatiivsete laengute tõukumist, jääb nukleiinhape seotuks positiivselt laetud ioonidega, polüamiinide ning valkudega. Valgu monomeerid kapsiidis moodustavad kapsomeeri. Kapsiidi struktuurüksused on omavahel ühendatud mittekovalentsete sidemetega.
Viiruspartiklite arv ja nende infektsioonivõime on vaid harva 1:1 vastavuses. Mitte kõik virioonid ei sisalda kogu viiruse geneetilist informatsiooni.
Kapsiidi sümmeetria:
1. Helikaalne (TMV, faag M13;)
TMV (Tubaka Mosaiigiviirus): 6400 nt, 2130 identset valgu subühikut pakitud helikaalselt ümber ssRNA, iga valgu subühik interakteerub 3 nt-ga. Assambleerumise ühikuks 34 subühikut. 1955. a. näitasid Fraenkel-Conrat ja Williams, et dissotseerunud valgud ja NH on võimelised spontaanselt reassambleeruma.
2. Ikosaeedriline - 12-nurkne 20 võrdkülgse kolmnurgaga hulktahukas. Näit. faag FX174, adenoviirused, pikornaviirused. Kui kapsiidis on rohkem kui 60 subühikut, on kapsiid kvaasi-ekvivalentne.
Viiruste ümbris ehk kest
esineb peamiselt loomaviirustel.
Ümbris pärineb peremeesraku membraanist; herpesviiruste puhul on ümbriseks tuumamembraan. Ümbris sisaldab lipiide ja valke. Valgud on viirusspetsiifilised:
1. Maatriksvalgud, tavaliselt glükosüleerimata
2. Glükoproteiinid
a) eksternaalsed - "spikes" (gripiviirus - hemaglutiniin)
b) transportkanalivalgud.
Ümbrisega virioonid võivad olla pleomorfsed, s.o. erineva kujuga.
Komplekssed viirused
Rõugeviirused - omavad ümber DNA mitut valkkesta
Kapsiid lisastruktuuridega (T faagid)
Bakuloviirused - viiruspartiklid kahesugused
Bakteriofaagid uurimisobjektina geneetikas
Pärast bakteriofaagide avastamist jätkati nende uurimist eeskätt meditsiinilistel eesmärkidel. Kuna faagid hävitavad baktereid, siis loodeti neid kasutada bakteriaalsete haiguste (nt. koolera, tüüfus) raviks. Selgus aga, et faagide viimisel haige organismi asub neid tõrjuma organismi immuunsüsteem. Geneetikud avastasid bakteriofaagid kui uurimisobjekti 30-ndate aastate algul. Bakteriofaagide uurimine oli perspektiivikas eeskätt nende lihtsuse tõttu ja võimaldas täpsemalt defineerida geenide olemust.
Bakteriofaagi elutsükkel.
Vastavalt faagide paljunemisstrateegiale jaotatakse nad virulentseteks ja mõõdukateks faagideks. Virulentsed faagid (näit. T4) põhjustavad alati pärast faagipartiklite taastootmist peremeesraku surma. Sellist elutsüklit nimetatakse lüütiliseks tsükliks. Mõõdukad faagid (näit. faag lambda) võivad aga pärast bakteriraku nakatamist valida kas lüütilise tsükli või lülituda bakteri kromosoomi, replitseeruda kromosoomi koostisosana ja püsida seal, ilma et faagi paljundamisega seotud geenid avalduksid, paljude rakupõlvkondade vältel. Sellist kromosoomi integreerunud faagi nimetatakse profaagiks ja tema paljunemisstrateegiat lüsogeenseks. Mingil hetkel profaag vabaneb ja paljuneb lüütilise tsükli teel.
T4 ja tema sugulased (T2, T6)
E. coli T-faagid on dsDNA faagid, lineaarse genoomiga (T2, T4, T6 - ~167000 bp; T7 - ~39000 bp). Nad on virulentsed faagid.
Need faagid on nii seroloogiliste kui ka morfoloogiliste tunnuste põhjal omavahel suguluses. Nende DNA on 80% ulatuses homoloogiline, võimaldades liikidevahelist rekombinatsiooni. Ka geenide järjekord ja regulatsiooniskeem on sarnased. Enamus uuringuid on kontsentreerunud T4-le. T-faagide paljunemistsükkel sõltub peremeesraku energiametabolismist, rakumembraani ehitusest, transkriptsiooni- ja translatsiooniaparaadist. Bakteriraku funktsioonid allutatakse faagipartiklite taastootmisele. T-faagide partiklid on teadaolevatest viiruspartiklitest ühed kõige komplekssemad. Kapsiidi struktuurvalgud ja assambleerumisel osalevad valgud võtavad enda alla üle 40% kogu geneetilisest informatsioonist: 24 geeni - pea morfogenees; 25 geeni saba ja sabakiud; assambleerumisel osalevad valgud.
Infektsioonitsükkel
T-faagide saba keskel on helikaalse ehitusega toru, mille kaudu DNA pääseb rakku.Toru on ümbritsetud helikaalse tupega, mis on võimeline kokku tõmbuma. Tupe peapoolne ots on ühendatud kaelusega ja teine ots basaalplaadiga. Basaalplaat on 6-nurkne, igas nurgas on nõel (pin). Saba pikkus on konstantne. Basaalplaadilt algavad ka 6 sabakiudu. Sabakiud tunnevad ära raku pinnal olevaid faagi-spetsiifilisi retseptoreid. Erinevad T-faagid tunnevad ära erinevaid retseptoreid. Faagi kinnitumine rakupinnale sabakiududega on pöörduv protsess. Seejärel toimib kinnitumine basaalplaadi nõelte abil, mis on pöördumatu. Basaalplaat lõhub rakukesta basaalplaadis sisalduva lüsosüümi toimel. Plaadis toimuvad konformatsioonilised muutused ning ta avaneb DNA väljutamiseks. ATP-d tarbiv tupe kontrakteerumine surub faagi pead basaalplaadi ja kiudude suunas. Saba südamikus olev toru läbib rakukesta, kuid mitte rakumembraani ning valkkatteta DNA siseneb läbi rakumembraani. Selleks, et faagi DNA oleks kaitstud rakusiseste nukleaaside eest, on ta modifitseeritud.
Faagi paljunemistsükli erinevatel etappidel avalduvad erinevad geenid. Varajases infektsioonistaadiumis inaktiveeritakse faagi poolt kodeeritud valkude abil raku geenide transkriptsioon ja translatsioon. Bakteri RNA polümeraas modifitseeritakse nii, et ta tunneb ära faagi geenide promootoreid. Toimub ka intensiivne faagi genoomi paljundamine. Hilised geenid kodeerivad faagi kapsiidi valke ja faagi DNA-d lahtilõikavaid ensüüme. Lisaks basaalplaadis sisalduvale lüsotsüümile sünteesitakse ka lahustuvat lüsotsüümi, mis hävitab rakuseina. Vabaneb 200 viiruspartiklit, kogu infektsioonitsükkel kestab 25 minutit.
Faag paljuneb erinevates bakteritüvedes erineva edukusega. Seda nähtust kirjeldati esmalt faag lambda ja P2 puhul. W. Arber leidis, et T4 paljunemine on osades E. coli tüvedes restrikteeritud (piiratud). Rakus on olemas metülaasid, mis modifitseerivad nukleotiide spetsiifiliselt restriktaaside poolt äratuntavatest 4 - 6 bp pikkustest DNA järjestustest. Metüleerimata DNA on substraadiks restriktaasidele, mis lõikavad DNA kleepuvate või tömpide otstega fragmentideks. Edasise degradatsiooni viib läbi rakuline nukleaas ExoV. Restriktsiooni-modifikatsioonisüsteemi bioloogiliseks funktsiooniks on võõra DNA degradatsioon (raku enda DNA on spetsiifiliselt samade restriktaaside äratundmissaitidest metüleeritud). Enamlevinud on klass I ja klass III restriktsiooni-modifikatsiooni süsteem.
T-faagide DNA sisaldab hüdroksümetüültsütosiini (HMC) tsütosiini (C) asemel. Selline modifikatsioon kaitseb T4 faagi DNA-d T4 poolt kodeeritud endonukleaaside eest. Vahetult peale faagi infektsiooni ja faagi varajaste geenide avaldumist toimub bakteri DNA degradatsioon mononukleotiidideks. Seejärel konverteerib faagi poolt kodeeritud ensüüm tsütosiini HMC-ks. Faagi genoomi replikatsioonil osaleb ka valk, mis takistab C lülitumist HMC asemel sünteesitavasse DNA ahelasse. Selline DNA jääb aga atakeeritavaks bakteriraku poolt kodeeritud restriktsioonisüsteemi poolt. Et seda vältida, on HMC alused lisaks veel faagi poolt kodeeritud glükosüültransferaasi poolt glükosüleeritud. T2 ja T4 (kuid mitte T6 DNA) on metüleeritud ka adeniini N6 positsioonist enamasti GATC järjestustest. Metülatsiooni läbiviiv ensüüm omab valgu tasemel sarnasust E. coli Dam metülaasiga.
Bakteriofaagi genoomi
kaardistamine
Suvalise organismi geneetilise kaardi koostamine eeldab ristamiskatseid nende isendite vahel, mis sisaldavad sama geeni erinevaid alleele. Faagide puhul saab erinevaid fenotüüpe kirjeldada ainult läbi faagi ja bakteriraku interaktsioonide. Üks põhilisi tunnuseid, mida faagigeneetikud jälgivad, on faagi laikude morfoloogia. Kui tardsöötmetele on külvatud bakterirakud ja osa rakke on nakatunud faagiga, siis infektsioonitsoonis bakterirakud kas lüüsuvad või on nende kasv tugevalt pärsitud. Selle tulemusena pole söötme pind bakterirakkudega ühtlaselt kaetud, vaid sisaldab rakuvabu tsoone. Sõltuvalt faagi genotüübist ja faagi ning bakterivahelisest interaktsioonist on faagilaikude morfoloogia erinev. Metsiktüüpi T faag (r+) põhjustab väikeseid laike säbruliste äärtega. Tema kiirelt lüüsiv mutant r aga põhjustab bakterikultuuris suuri laike, mille ääred on selgelt piiritletud.
Teine üks sagedamini jälgitavaid faagi fenotüüpe on seotud faagi peremeesringiga. Peremeesringi mutandid on võimelised nakatama ainult teatavaid bakteritüvesid. Näiteks faag T2 nakatab E. coli tüve B rakke. Selle tüve mutant B/2 on T2 infektsiooni suhtes resistentne. Faagi T2 peremeesringi mutant T2h on võimeline nakatama mõlemaid E. coli tüvesid. Nii faagi T2 kui ka tema mutandi T2h laikude morfoloogia on sarnane. Kui aga segada kokku E. coli tüved B ja B/2, tekivad läbipaistvad laigud üksnes bakteri segakultuuri nakatamisel T2h-ga. T2-ga (T2h+) nakatamisel on faagilaigud hägused, sest see faagi tüvi on võimeline paljunema ainult algses E. coli tüves B, B/2 rakkude kasv saab toimuda aga ka seal, kus tüve B rakud on lüüsunud.
Geneetiline rekombinatsioon faagides
1946-ndal aastal teatasid Delbrück ja Hershey geneetilise rekombinatsiooni toimumisest bakteriofaagidel. Nad nakatasid E. coli tüve kahe erineva faagi T2 tüvega – rh+ ja r+h (seda protseduuri nimetatakse faagide ristamiseks) ning seejärel nende järglaskonnaga bakteritüvede B ja B/2 segu. Faagide genoomide vahel oli toimunud geneetiline rekombinatsioon. Seda näitas faagilaikude morfoloogia. Genotüüp rh+ põhjustab suuri häguseid laike, r+h väikeseid ning läbipaistvaid. Lisaks kirjeldati ka suuri läbipaistvaid laike (genotüüp hr) ja ja väikeseid häguseid (genotüüp r+h+), mis saavad ilmneda ainult siis, kui genoomid on rekombineerunud. Rekombinante oli järglaskonnas 2%, mis näitab, et geenid h ja r paiknevad T2 geneetilisel kaardil teineteisest 2 ühiku kaugusel. Faagide genoomidevaheline rekombinatsioon võib aset leida suvalisel hetkel faagi elutsükli vältel, kui genoom pole pakitud kapsiidi.
Faagi geenide peenstruktuur
50-ndate aastate keskel hoogustus faagide geenistruktuuri uurimine. Seymor Benzer kaardistas faagi T4 rII lookuse mutatsioone kahes järjestikku paiknevas geenis rIIA ja rIIB. rII mutandid põhjustasid suurte terava servaga faagilaikude teket. Algse faagitüve puhul olid laigud jälle väiksemad ning säbruliste servadega. rII mutandid tekkisid algsest tüvest spontaanselt, sagedusega 1/100 000 kohta. Mutatsioonisagedust oli võimalik kemikaalide ja UV-kiirguse toimel tõsta. Erinevalt algsest T4 faagist polnud rII mutandid võimelised paljunema E. coli tüves K12. E. coli tüvi B võimaldas aga paljuneda nii algsel kui ka mutantsel faagil. Benzer ristas 2 erinevat rII mutanti E. coli tüve B rakkudes ja analüüsis järglaskonda tüve K12 nakatamisvõime suhtes. Rekombinatsiooni tulemusena tekkis väga madala sagedusega (10-6) variante, kus rII lookuses oli taastunud algne DNA järjestus (olid võimelised paljunema tüves K12) ja topeltmutante. Rekombinatsioonisagedus oli madal seetõttu, kuna mutatsioonikohad geneetilisel kaardil paiknesid väga lähestikku, kahes kõrvutiasuvas geenis. Juhul, kui kindla faagi kogusega nakatamisel ilmus K12 plaadile 2 faagi laiku, näitas see, et tegemist 4 rekombinandiga, millest 2 olid metsiktüüpi ning 2 topeltmutanti. Rekombinatsioonisageduse arvutamiseks on vaja eelnevalt teada, mitu baktereid nakatavat faagi (infektsiooniühikut) sisaldub ühes ruumalaühikus (seda nimetatakse faagi tiitri määramiseks). Kui algset faagipreparaati oli lahjendatud 107 korda ja kui sellega E. coli tüve B rakkude nakatamisel saadi 100 faagilaiku, siis algne preparaat sisaldas 109 faagi. Seega toimus rekombinatsioon kahe mutantse piirkonna vahel sagedusega 4x10-9. Antud juhul tuli arvestada ka võimalusega, et mutandid võisid spontaanselt metsiktüübiks reverteeruda. Seetõttu tuli leida ka spontaansete revertantide tekkesagedus ning see rekombinatsioonisagedusest maha arvutada.
Edaspidi täiustas Benzer metoodikat ning asus kaardistama deletsioonmutante, mis ei olnud võimelised spontaanselt metsiktüübiks reverteeruma. Kui mõlemal mutandil oli deletsioon samast piirkonnast, ei saanud rekombinatsiooni teel metsiktüüpi tekkida. Kahe mutandi ristamisel ilmnes metsiktüüp üksnes siis, kui deletsioonid ei kattunud. Nii sai erinevate mutantide ristamisel mutatsioonide asukohti geenis juba täpsemalt lokaliseerida. 2400 rII mutandi analüüsimisel lokaliseeriti kokku 308 erinevat mutatsioonisaiti. Samas leiti osades saitides mutatsioone sagedamini kui teistes. Neid saite hakati nimetama kuumadeks punktideks. Benzeri uuringud näitasid, et kõige väiksemaks mutatsiooniüksuseks on 1 aluspaar (bp) ning rekombinatsioon võib toimuda kahe külgneva aluspaari vahel. Tema tööd lükkasid ümber seni levinud seisukoha, nagu oleks geen jagamatu ja seega kõige väiksem mutatsiooni ja rekombinatsiooni üksus.
Miks on lineaarse kromosoomiga faagi geneetiline kaart esitatud rõngasmolekulina?
Erinevate faagimutantide ristamistel leitud rekombinatsioonisageduste põhjal koostatud geneetiline kaart viitas sellele, et T4 kromosoom on rõngasmolekul. Tegelikult on T faagide kromosoom lineaarne. Millest sellised vastuolulisena näivad tulemused? T4 genoom on 168000 bp suurune. Viriooni pakitud DNA molekulid sisaldavad 3 - 5% ulatuses terminaalseid kordusi. Lineaarse DNA replikatsioonil jäävad molekulide otstesse üksikahelalised alad. DNA replikatsioon toimub ainult ühes suunas (5’®3’) ning seetõttu jääb praimerialune ala lineaarse DNA molekuli otstes pärast täis sünteesimata (praimeriks on RNA ja see kõrvaldatakse DNA molekulist DNA sünteesi järgselt). Selleks, et üksikahelalistele regioonidele sünteesitaks komplementaarsed ahelad, moodustuvad konkatemeerid (sama genoomi lineaarsed kordused). Konkatemeeride lahtilõikamine toimub faagi genoomi kapsiidi pakkimisel konstantse nukleiinhappe pikkuse tagant (ületab genoomi täismahu). Seetõttu on T4 DNA molekulid oma otsmistelt järjestustelt redundantsed (sisaldavad samu järjestusi, näit. abcdefg....wxyzabc) ja tsirkulaarselt permuteeritud (võivad alata suvalisest geenist, näit abcdef...xyzabc ja defghi...xyzabcdef jne.).
Lisaks geneetilistele katsetele kinnitasid T4 kromosoomi terminaalsete järjestuste redundantsust ja DNA molekulide tsirkulaarset permuteeritust hübridisatsioonikatsed. T4 DNA-d töödeldi 3’ eksonukleaasiga. Selle protsessi tulemusena tekkisid molekulid, mis sisaldasid mõlemas otsas üksikahelalisi järjestusi, mis olid komplementaarsed (kleepuvad otsad). Nende otste omavahelise hübridiseerumise tulemusena moodustusid DNA rõngasmolekulid, mida sai vaadelda elektronmikroskoobi abil. Juhul, kui faagi lineaarse genoomi otsad poleks olnud redundantsed, poleks rõngasmolekule üksikahelaliste otste hübridiseerumise tulemusena tekkida saanud. Viidi läbi ka sellised DNA hübridisatsioonikatsed, kus T4 kromosoomid kõigepealt denatureeriti, seejärel aga hübridiseeriti omavahel. Erinevatest DNA molekulidest pärinevate üksikahelate hübridiseerumise tulemusena tekkisid kaksikahelalised DNA rõngasmolekulid üksikahelaliste otstega. Kuna erinevad DNA molekulid sisaldasid erinevaid otsmisi kordusi, polnud omavahel juhuslikult hübridiseerunud DNA ahelate otsad komplementaarsed.
Bakteriofaagi FC174
genoom
Faagi FC174 genoomiks on üksikahelaline DNA rõngasmolekul, mis koosneb 5386-st nukleotiidist. Kui arvestada keskmise valgu pikkuseks 400 aminohapet, ei saaks FC174 genoom kodeerida enam kui 4 – 5 valku. Tegelikult kodeerib FC174 genoom 11 erinevat valku. Seda võimaldab geenide kattuvus – erinevad valgud on kodeeritud sama DNA järjestuse poolt erinevates lugemisraamides. Valke kodeerivad lugemisraamid algavad erinevatest kohtadest, sõltuvalt initsiaatorkoodoni (AUG järjestus mRNA-s, TAC järjestus DNA molekulis) asukohast. Näiteks faagi FC174 geen E (rakkude lüüs) sisaldub geenis D (viiruspartikli assambleerumine). Need 2 geeni paiknevad erinevates lugemisraamides. Geen J, mille produkt on samuti viiruspartikli üks komponente, paikneb geeni D järjestuse kolmandas lugemisraamis. Geenide kattuvust on kirjeldatud ka teiste faagide genoomide korral.
Faagide heterosügootsus
Faagi genoomiks on kas DNA või RNA molekul. Seega, kui mitte arvestada osade lineaarse genoomiga faagide DNA molekulide otstes asuvate geenijärjestuste redundantsust, sisaldab faagi genoom kõiki geene ühealleelsena. 1951. aastal juhtisid Hershey ja Chase tähelepanu sellele, et teatavatel juhtudel esineb ka faagide puhul heterosügootsus, mis väljendub näiteks faagilaikude morfoloogias – laigud on ebaühtlased, kirjud (ingl. k. “mottled plaques”). T2 r ja r+ faagide ristamisel tekitas järglaskond ka laike, millel esines samaaegselt nii metsiktüübi kui ka mutantse faagi laikude omadusi. Selline morfoloogia saab ilmneda ainult siis, kui mõlemad alleelid on korraga esindatud. Heterodupleksi moodustumine on DNA rekombinatsiooni üks vaheetappe. Faagide ristamisel võib r ja r+ molekulide rekombinatsiooni tulemusena r lookuses moodustuda heterodupleks, kus üks DNA ahel sisaldab r alleeli ning teine r+ alleeli. Heterodupleksit sisaldava DNA molekuli replikatsioonil toimub lahknemine, üks tütarmolekul kannab r ja teine r+ alleeli.
Eukarüootne viirus HIV
1981. a. kirjeldati Los Angeleses ja New York'is homoseksuaalsetel meestel immuunpuudulikkusest põhjustatud haruldast kopsupõletiku vormi (haigustekitajaks parasiit Pneumocystis carinii, millega normaalne immuunsüsteem toime tuleb) ja Kaposi sarkoomi, mis on samuti haruldane haigus. Sündroomi hakati nimetama AIDS-iks (acquired immune deficiency syndrome). Haigust põhjustab viirus HIV (human immunodeficiency virus). Praeguseks on teada üle 30 miljoni HIV-ga nakatanu. Mõnes Aafrika riigis on nakatunud veerand täiskasvanud elanikkonnast.
HIV-i struktuur ja elutsükkel
Viiruspartikkel on ikosaeedrilise kujuga. Kapsiid on kaetud lipiidse membraaniga (ümbrisega), millest ulatuvad välja pulgakommi-kujulised glükoproteiinid (koosnevad 41 kd suurusest tüviosast ja ja 120 kd peast - gp120). HIV-i genoomiks on 2 identset RNA molekuli, mis on koos pöördtranskriptaasiga pakitud valkkesta.
Infektsiooni algstaadiumis toimub HIV-i spetsiifiline seondumine gp120 valkude abil T helperrakkude membraanil asuvate CD4 retseptoritega. T helperrakkude funktsiooniks on aktiveerida teisi immuunsüsteemi rakke. Kui need rakud on hävitatud, "kukub kokku" ka organismi immuunsüsteem. CD4 retseptorid asuvad ka teist tüüpi immuunrakkudel, mida nimetatakse makrofaagideks. Kui HIV on rakuga seondunud, liitub tema membraan rakumembraaniga ja rakku siseneb RNA.
Genoomselt RNA molekulilt sünteesitakse pöördtranskriptaasi abil dsDNA molekul, mis integreerub integraasi abil raku genoomi. Integreerunud DNA-lt toimub peremeesraku RNA polümeraasi abil transkriptsioon, mille tulemusena saadakse nii mRNA kui ka genoomne RNA. Genoomselt RNA-lt DNA süntees on mitmeetapiline protsess, mille käigus sünteesitakse DNA molekuli otstesse pikad terminaalsed kordused LTR (long terminal repeats) (vt. joonis 16.21). LTR-e on vaja viiruse genoomi integreerumiseks peremeesraku kromosoomi.
Viiruse RNA-lt esimese DNA ahela sünteesil (süntees algab molekuli keskelt) kasutatakse kõigepealt praimerina tRNA-d, mis on komplementaarne HIV RNA järjestusega PBS (primer binding site). Vastav tRNA on juba rakke nakatavates viiruspartiklites viiruse PBS-ga seondunud. Kui DNA süntees on jõudnud molekuli otsani, degradeerib ribonukleaas H (RNaas H) RNA-DNA dupleksist RNA. Seejärel toimub sünteesitud DNA 3' otsas asuva ja genoomse RNA 3' otsas asuva kordusjärjestuse R (repeated sequence) paardumine ning DNA süntees jätkub eelnevalt sünteesitud DNA 3' otsalt. Seejärel degradeerib RNaas H jällegi RNA-DNA dupleksist RNA, väljaarvatud spetsiifilise polü-puriin ala (koosneb peamiselt A-st ja G-st). Allesjäänud RNA järjestus on praimeriks teise DNA ahela sünteesil. Süntees toimub jällegi kaheetapiliselt, nii et algul sünteesitakse genoomist 3' pool, kõrvaldatakse RNA praimer ja tRNA ning seejärel toimub "hüpe". Teise DNA ahela 3' otsas olev PBS hübridiseerub temale komplementaarse PBS järjestusega esimese DNA ahela 3' otsas ja mõlemad käituvad praimeritena. Lõpptulemuseks on kaksikahelaline DNA, mille otstes on pikad kordusjärjestused LTR.
HIV-DNA integreerumisel raku genoomi tekitab endonukleaasse aktiivsusega integraas LTR-desse üksikahelalised katked, mille tulemusena tekivad "kleepuvad otsad", kus 3' otsad on 5' otstest lühemad (3' recessed ends). 3' otste kaudu atakeeritakse fosfodiestersidemeid märklaud-DNA-s ning seejärel moodustuvad uued fosfodiestersidemed HIV-DNA 3' otste ning ning peremeesraku genoomse DNA 5' fosfaatide vahel. Üksikahelalised alad täidetakse DNA reparatsiooniensüümide poolt ja lõpptulemusena on HIV-DNA peremeesraku genoomiga kovalentselt seotud. Integreerunud HIV genoom võib olla transkriptsiooniliselt kas inaktiivne või aktiivne. HIV genoomi aktivatsioonil osalevad nii viiruse kui ka peremeesraku valgud.
Kuna HIV-i genoomiks on RNA molekul, millelt sünteesitakse peremeesraku genoomi integreeruv DNA molekul, kuulub HIV retroviiruste klassi. HIV-i genoom sarnaneb teiste retroviiruste genoomidega:
gag - kapsiidivalgud
pol - pöördtranskriptaas, integraas ja ribonukleaas
env - ümbrises asuvad glükoproteiinid.
HIV-i genoomis on lisaks veel 6 geeni, mis kodeerivad regulatoorsete funktsioonidega valke. Geenidest väljapoole jäävad LTR järjestused, mis sisaldavad regulatoorseid elemente transkriptsioonifaktorite seondumiseks. Sarnaselt eelpoolkirjeldatud bakteriofaagile FC174 on ka HIV-i geenid kattuvad.
Kui inimene on nakatunud HIV-iga, järgneb sellele paarikuine akuutne faas, mille käigus nakatanul esineb palavikku, ta tunneb pea- ja lihasvalu. Sel ajal on haige veres palju HIV-i partikleid. Akuutse faasi järel sümptomid kaovad, partiklite arvukus veres langeb ning viirus lokaliseerub lümfisüsteemi. Latentne periood kestab 8-10 aastat ning sel ajal on organismi immuunsüsteem võimeline HIV-i partikleid hävitama. Lõppfaasis annab organismi immuunsüsteem alla. Selleks ajaks on 75% T helperitest hävinud.
Kuigi pole kuni tänaseni suudetud luua ravimeid AIDS-ist vabanemiseks, on võimalik haiguskulgu latentsusperioodi arvel pikendada. Selleks kasutatakse kombineerituna 3 ravimit. 2 neist, Epvir ja Retrovir inhibeerivad pöördtranskriptaasi, kolmas, Crixivan toimib proteaasi inhibiitorina. Proteaasi on vaja HIV-i primaarse translatsiooniprodukti lõikamisel individuaalseteks viirusvalkudeks. Kõiki neid ravimeid on vaja võtta regulaarselt 2-3 korda päevas. Kui ka üks ravimitest ära jätta, tõuseb viiruse hulk organismis kiiresti. Ravimid on kallid ning nende tarvitamine kutsub esile nõrkust, unetust ning iiveldustunnet.
2. Bakterite geneetika
Bakteri kromosoom on üldjuhul tsirkulaarne, kuigi on leitud ka lineaarse kromosoomiga baktereid. E. coli tüve K12 genoomi nukleotiidne järjestus on täielikult määratud, sekveneeritud: E. coli DNA rõngasmolekul on 4 639 221 aluspaari (bp) pikkune. 1 kb = 1000 bp. Seega on E. coli genoomi suurus 4,6 x 106 bp e. 4639 kb. Mida parasiitsem on organism, seda väiksem on ka tema genoom. Rickettsia prowazekii genoom on 1100 kb suurune ning mükoplasmadel veelgi väiksem - 600-800 kb suurune (Mycoplasma genitalium, Mycoplasma pneumoniae). Enamasti sisaldavad kõik vahetult loodusest isoleeritud bakterid ekstrakromosomaalseid DNA elemente e. plasmiide, mis on DNA rõngasmolekulid, harva lineaarsed DNA fragmendid. Võrreldes eukarüootse raku genoomiga on bakteri genoom oluliselt väiksem. Näiteks inimese raku genoom on 2,9 x 109 bp suurune.
Bakterikromosoom ei ole raku tsütoplasmast tuumamembraaniga eraldatud. Sellegipoolest on ta suhteliselt kompaktselt pakitud. Vastavat struktuuri nimetatakse nukleoidiks. E. coli raku pikkus on ~2 mm, kromosoomi kontuurpikkus aga ca 1 mm. Bakteri genoomi muudavad unikaalseks järgmised asjaolud:
Bakteriraku genotüüp on haploidne, s.t., et genoom on esindatud ühe koopiana. Teistel organismidel on haploidsust kirjeldatud ainult teatud paljunemise staadiumis nagu näit. pärmidel või siis kõrgemate taimede ja loomade sugurakkude puhul. Diploidse genotüübiga rakkudes on sama kromosoom esindatud kahe koopiana, järelikult on ka iga geen rakus olemas kahe alleelina. Rakud on heterosügootsed, kui nad sisaldavad sama geeni erinevaid alleele. Ka kiiresti jagunevates bakterirakkudes (rakkude generatsiooniaeg 20 - 30 min) võib korraga olla rohkem kui üks genoom raku kohta, kuna aeg, mis kulub genoomi paljundamiseks (ca 40 min E. coli puhul), on sel juhul pikem kui ajavahemik, mille tagant toimub raku pooldumine. Tütarrakkudesse satuvad kromosoomid, millelt on uuesti algatatud replikatsioon, kuid see ei ole veel jõudnud lõpuni toimuda. Sellegipoolest on need rakud alati homosügootsed, sisaldades identseid geenikoopiaid. Haploidsus annab bakteri genoomile suure plastilisuse. Iga mutatsioon, mis juhuslikult suvalises genoomi piirkonnas piirkonnas tekib, olgu tal siis bakterirakule positiivne või negatiivne väärtus, satub koheselt loodusliku valiku alla.
Geneetilise informatsiooni vahetuseks bakterite vahel on vaja, et DNA lõik ühe bakteri (doonori) kromosoomist satuks teise bakterirakku (retsipienti). Rekombinatsioon toimub retsipiendis. Seega on geneetilise materjali ülekanne ühesuunaline. Doonori DNA fragmendi rekombinatsioonil retsipiendi kromosoomiga toimub paarisarv DNA ahelate vahetusi (tavaliselt 2 vahetust). Selle tulemusena integreerub doonori DNA fragment retsipiendi kromosoomi. Mõnikord toimub rekombinatsioon ka bakterikromosoomi ja tsirkulaarse ekstrakromosomaalse DNA molekuli (näit. plasmiid) vahel. Tsirkulaarse DNA molekuli integratsioonil bakteri kromosoomi piisab ühest rekombinatsioonisündmusest.
Geneetilise informatsiooni ülekandumiseks ühest bakterirakust teise on 3 võimalust:
1. Transformatsioon – doonori DNA molekul satub retsipientrakku väliskeskkonnast.
2. Transduktsioon – bakteri DNA kandub ühest rakust teise bakteriofaagide abil.
3. Konjugatsioon – bakteri DNA vahetu ülekanne doonorist retsipienti, mis eeldab rakkudevahelist kontakti.
Plasmiidid
Plasmiidid on autonoomselt replitseeruvad ekstrakromosomaalsed DNA elemendid, valdavalt rõngasmolekulid. Nende suurus varieerub 1-200 kb ulatuses. Kirjeldatud on ka 200 kb-st suuremaid megaplasmiide. Sel juhul tekib küsimus, kas nimetada neid plasmiidideks või lisakromosoomideks. Plasmiide, mis võivad integreeruda kromosoomi (näiteks E. coli F plasmiid), nimetatakse episoomideks.
Enamus plasmiide sisaldavad võrreldes bakterikromosoomiga unikaalset geneetilist materjali. Kui bakteri kromosoom kodeerib rakule elutähtsaid funktsioone, siis plasmiidides sisalduv geneetiline informatsioon võimaldab bakteritel paremini kohastuda keskkonnatingimustega. Värskelt loodusest isoleeritud organism sisaldab sageli mitut erinevat plasmiidi, kuid pärast bakteritüve pikaajalist kultiveerimist laboritingimustes võivad plasmiidid kaotsi minna. Ka plasmiidse DNA paljundamine on rakule koormus. Juhul, kui plasmiidil ei ole laboritingimustes rakule positiivset selektiivset väärtust, saavad need rakud, mis on plasmiidi juhuslikult kaotanud, teiste ees eelise ja kasvavad kultuuris võrreldes plasmiidi sisaldavate rakkudega kiiremini ning saavutavad rakupopulatsioonis ülekaalu. Samas on laboris pikaajaliselt kultiveeritud bakteritüved nende tagasi loodusesse viimisel võrreledes looduslike tüvedega vähem eluvõimelised.
Kõigil plasmiididel on olemas põhireplikon, mis sisaldab replikatsiooni alguspunkti ja replikatsiooni initsiatsiooni kontrollivaid järjestusi. Suuremate plasmiidides sisalduvad ka tra-geenid, mis kodeerivad valke, mis on vajalikud plasmiidi ülekandumiseks konjugatsiooni teel.
Plasmiidi koopiaarv raku kohta on konstantne suurus (sõltuvalt plasmiidist 1-100 koopiat). Koopiaarvu kontrollimine toimub plasmiidi replikatsiooni initsiatsiooni kaudu. Selleks on erinevaid mehhanisme:
1) Antisens-RNA seondub praimeriga;
2) Toimub replikatsiooni initsiaatorvalgu inhibitsioon translatsiooni tasemel;
3) Plasmiidis on replikatsiooni initsiaatorvalku siduvad järjestused, mis konkureerivad selle valgu ori piirkonnas asuvate sidumissaitidega.
Plasmiidide poolt kodeeritud funktsioonid
Lisaks plasmiidi paljundamise ning koopiaarvu kontrollimise funktsiooni bakterirakus kodeerivad plasmiidid mitmeid teisi funktsioone:
1) Resistentsus antibiootikumidele - R plasmiidid. Resistentsusmehhanismid on erinevad, toimides kas antibiootikumi modifitseerimise (kloroamfenikooli atsetüül transferaas), antibiootikumi degradeerimise (b-laktamaas degradeerib penitsilliine) või raku permeaabluse muutmise kaudu antibiootikumi suhtes (resistentsus tetratsükliinile).
2) Virulentsusfaktoreid, toksiine kodeerivad plasmiidid.
3) Bakteriotsiine kodeerivad plasmiidid. Näiteks ColE1 poolt on kodeeritud E. coli vastased kolitsiinid E1 (permeabiliseerib tsütoplasma membraani), E2 (DNA degradatsioon) ja E3 (ribosomaalse RNA degradatsioon).
4) Antibiootikume produtseerivad plasmiidid streptomütseetidel.
5) Degradatiivsed plasmiidid mullabakteritel (näiteks pseudomonaadid omavad plasmiide, mis võimaldavad neil kasutada süsinikuallikana orgaanilisi molekule nagu fenoolsed ühendid, kamfor, jt.).
6) Ti plasmiidid Agrobacterium'il, mis indutseerivad taimedel tuumoreid.
Antibiootikumidele resistentsust kodeerivaid geene sisaldavad R-plasmiidid on probleemiks meditsiinis. Paljud R-plasmiidid kodeerivad resistentsust mitmele antibiootikumile korraga ja sellepärast on neid plasmiide sisaldavaid patogeene haiguskoldest äärmiselt raske tõrjuda. Lisaks kanduvad R-plasmiidid kergesti üle ka algselt neid mittesisaldavatele bakteritele, muutes ka need antibiootikumide suhtes resistentseteks.
Plasmiidide klassifikatsioon
Lisaks funktsioonidele, mida plasmiidid kodeerivad, on nende klassifitseerimise aluseks sobivus. Samasse sobivusgruppi kuuluvad plasmiidid ei ole võimelised samas bakterirakus stabiilselt koos püsima. Selle fenomeni molekulaarseid mehhanisme pole siiani täpselt selgitatud. Mittesobivust on kasutatud ühe kriteeriumina plasmiidide sugulusastme hindamisel. Seega võib üks bakterirakk sisaldada korraga mitut erinevat plasmiidi eeldusel, et need kuuluvad ka erinevatesse sobivusgruppidesse. Samas võib teatavat plasmiidi raku kohta olla isegi mitukümmend koopiat.
Plasmiide klassifitseeritakse ka nende permeesorganismide põhjal. Plasmiide, mis replitseeruvad üksnes vähestes väga lähedases suguluses olevates bakterites, nimetatakse kitsa peremeesringiga plasmiidideks, neid aga, mis võivad esineda praktiliselt kõigis graam-negatiivsetes organismides, laia peremeesringiga plasmiidideks.
Lisaks leviulatusest lähtuvale liigitamisele klassifitseeritakse plasmiide ka vastavalt sellele, kas nad on võimelised iseseisvalt kanduma ühest bakterirakust teise. Rakust rakku ülekanduvad plasmiidid on konjugatiivsed plasmiidid.
Bakterite fenotüübi kirjeldamine
Bakterikultuuri piisaval lahjendamisel (tavaliselt kuni miljon korda) on võimalik selle lahjenduse külvamisel (plaatimisel) tardsöötmele jälgida üksikkolooniate moodustumist. Iga koloonia on ühe bakteriraku järglaskond. Bakterite kasvu testimine erinevatel söötmetel võimaldab iseloomustada bakterite genotüüpi. Bakterite geneetilisel analüüsil kasutatakse erinevaid mutante. Enamkasutatavaid mutante võib liigitada 3-ks:
1. Antibiootikumile resistentsed mutandid – need mutandid on võimelised kasvama ja moodustama üksikkolooniaid söötmel, mis sisaldab teatavat antibiootikumi, näiteks streptomütsiini (Str) või tetratsükliini (Tet). Str-resistentsed mutandid (Strr) kasvavad streptomütsiini sisaldavas keskkonnas, str-tundlikud rakud (Strs) aga mitte.
2. Auksotroofsed mutandid – mutandid, kes pole võimelised kasvama minimaalsöötmel, mis sisaldab ainult süsinikuallikat ja mineraalsooli. Sellega eristuvad nad metsiktüüpi bakteritest (prototroofsed rakud). Auksotroofsed mutandid pole tavaliselt võimelised sünteesima mõnda aminohapet või nukleotiidi, ja vajavad kasvuks selle lisamist minimaalsöötmesse. Inglise keeles on kasutusel ka termin “nutritional mutants”.
3. Süsinikuallika mutandid – need mutandid pole võimelised kasvuks kasutama teatavat süsinikuallikat. Näit. laktoosi mutandid ei kasva ega moodusta kolooniaid minimaalsöötmel, mis sisaldab ainsa süsinikuallikana laktoosi.
Lisaks eelpool klassifitseeritud mutantidele kasutatakse bakterite geneetilises analüüsis
ka mutante, mis erinevad üksteisest kolooniate morfoloogia, faagiresistentsuse
või temperatuuritundlikkuse suhtes.
Bakteri genotüübi uurimiseks külvatakse rakud esmalt mitteselektiivsele söötmele, millel saavad kasvada nii metsiktüüpi kui ka mutantsed rakud. Järgnevalt võetakse üksikkolooniatest rakke ning testitakse nende kasvu selektiivsöötmetel.
Bakteri fenotüüpi tähistatakse 3-täheliselt, neist esimene on suur ning indeksis on kas + või -, mis märgib vastava tunnuse olemasolu või puudumist (näit Lac- väljendab rakkude võimetust kasutada süsinikuallikana laktoosi). Kui indeksis on tähed r või s, viitab see resistentsusele või tundlikkusele teatava ühendi (näit. antibiootikumi) suhtes. Bakterite genotüüpi tähistatakse samal põhimõttel nagu fenotüüpi. Ainus erinevus on see, et kõik tähed on väikesed ja kursiivis. Näiteks auksotroofne mutant, mis pole ise võimeline sünteesima arginiini, on fenotüübilt Arg- ja genotüübilt arg-.
Mutatsioonid tekivad bakterirakus spontaanselt, keskmiselt sagedusega 10-7 geeni kohta ühe rakugeneratsiooni kohta. Mutatsioonide tekkesagedus tõuseb, kui töödelda rakke kas mutageenidega või UV-kiirgusega. Samuti ilmneb kõrgenenud mutatsioonisagedus mutaatortüvedes. Mutaatortüved on defektsed kas DNA reparatsiooniensüümide suhtes või puudub neis DNA polümeraasil III "proofreading" e. korrigeeriv aktiivsus.
B. Ames viis Salmonella typhimurium'i histidiini biosünteesi operoni kindlad mutatsioonid ning uuris revertantide (reverteerumine - mutatsiooni tulemusena taastub algne DNA järjestus) tekkesagedust erinevate kemikaalide toimel. Kemikaalide puhul, millel esines mutageenne toime, täheldati revertantide tekkesageduse tõusu. Ames'i testi kasutatakse ka kaasajal uute kemikaalide testimisel nende võimaliku mutageensuse suhtes. Osa kemikaale on pro-mutageenid, mille mutageenne toime organismile avaldub alles maksas toimuva detoksifikatsiooni käigus. Seetõttu töödeldatkse uuritavaid kemikaale enne Ames'i testi roti maksa ekstraktiga.
Mutantide isoleerimine bakterigeneetikas
1) Lokaliseeritud mutagenees. Mutatsioonid viiakse kindlatesse geenidesse. Eelnevalt on vaja, et huvipakkuv geen oleks isoleeritud ja selle primaarjärjestus teada. Seetõttu on selle meetodi rakendamisel töömaht väiksem bakterite puhul, kelle genoom on sekveneeritud. Siis on teada kõigi geenide primaarjärjestused. Uuritavasse geeni viiakse mutatsioonid ning homoloogilise rekombinatsiooni teel asendatakse bakteri genoomis algse geeni järjestus defektse geeni järjestusega.
2) Negatiivne selektsioon. Kasutatakse "rikastusmeetodit", kus teatud söötmel kasvavad metsiktüüpi rakud lüüsuvad näiteks penitsilliini juuresolekul (penitsilliin toimib rakukestadele, mis sünteesitakse jagunevatele rakkudele), mutandid, mis aga antud tingimustes ei kasva, jäävad ellu. Tavaliselt viiakse läbi mitu rikastustsüklit.
3) Transposoonmutagenees. Transposoon (mobiilne DNA element), mis kannab mingit geneetilist markerit, näiteks resistentsust antibiootikumile, inserteerub kromosoomi erinevatesse kohtadesse ning põhjustab insertsioonikohas asuvate geenide inaktivatsiooni. Selle tulemusena ilmnevad muutused bakteri fenotüübis. Inaktiveeritud geen(id) isoleeritakse transposoonis sisalduva geneetilise markeri avaldumise alusel.
Paljude bakterile eluliselt tähtsate geenide inaktivatsioon on rakule letaalse toimega. Sel juhul isoleeritakse ajutise fenotüübiga mutante (conditional mutants). Üheks selliseks võimaluseks on isoleerida temperatuuritundlikke (Ts) mutante, kus mutantsete geenide poolt kodeeritud valgud inaktiveeruvad kõrgemal temperatuuril (temperatuuri viimisel 42°C-ni).
Põhilised meetodid testimaks, kas geneetilise informatsiooni ülekanne toimub transformatsiooni, konjugatsiooni või transduktsiooni teel
DNaasi lisamisel bakterirakke sisaldavasse keskkonda saab testida seda, kas geneetilise info ülekanne on toimunud transformatsiooni teel. Kui rekombinandid ilmuvad üksnes siis, kui DNaasi pole lisatud, viitab see DNA ülekandele transformatsiooni teel. Konjugatsiooni ja transduktsiooni puhul ei satu DNA vabalt raku väliskeskkonda ega pole seetõttu ka DNaasi poolt atakeeritav.
Konjugatsiooni toimumiseks on vajalik rakkudevaheline kontakt. Üks klassikalisi meetodeid konjugatsiooni toimumise testimiseks on U-toru eksperiment (ingl. k. “U-tube experiment”). Kasutatakse U-kujulist klaastoru, mille õlad on teineteisest isoleeritud klaasfiltriga. Filtri pooridest mahuvad läbi DNA molekulid ja faagipartiklid, kuid mitte bakterirakud. Toru erinevates õlgades on erineva genotüübiga bakterite vedelkultuurid. Filtri tõttu ei saa erineva genotüübiga bakterirakud otseselt kontakteeruda - seega on konjugatsiooni toimumine välistatud. Juhul, kui bakterite kasvukeskkonda on lisatud ka DNaasi ning lõpptulemusena saadakse ikkagi rekombinante, viitab see geneetilise informatsiooni ülekandele transduktsiooni teel.
Transformatsioon
Transformatsioon on protsess, kus retsipientrakk omandab vaba DNA ümbritsevast keskkonnast. Transformatsiooni avastamine oli väga olulise tähtsusega tõendamaks, et DNA on geneetiline materjal. Streptococcus pneumoniae on patogeenne bakter, mis võib põhjustada kopsupõletikku. Patogeensed on ainult limakapsliga rakud. Hiirte süstimisel limakapsliga rakkudega hiired surid, ilma kapslita rakkude süstimisel aga jäid ellu. 1928. a. demonstreeris Fred Griffith, et hiired surid ka siis, kui neid süstiti seguga, mis sisaldas kapslita elusaid rakke ning kapsliga surmatud rakke. Kapslita rakud omandasid surnud rakukultuurist midagi, mis muutis - transformeeris - nad patogeenseks kapsliga rakkudeks, võimaldes neil hiire immuunsüsteemile vastu seista. Hiljem näidati, et transformeeriv aine oli DNA, kuna valkude kõrvaldamisel surnud kapsliga rakkude ekstraktist efekt säilus. Küll kadus aga transformeeriv toime siis, kui ekstrakti töödeldi DNaasiga.
Rakkude kompetentsus
Selleks, et toimuks transformatsioon, peab DNA sisenema rakkudesse. DNA sisenemiseks peavad rakud olema eelnevalt kompetentsed. Kompetentsus võib olla kas loomulik või kunstlik, saavutatud laboritingimustes.
Looduslik kompetentsus esineb ainult osade bakteriliikide puhul, mille kõige tuntumad esindajad on Streptococcus pneumoniae, Bacillus subtilis ja Haemophilus influenzae. Kompetentsuse saavutamiseks tekivad või aktiveeruvad rakupinnal retseptorid, mis on vajalikud eksogeense DNA esmaseks seondumiseks rakupinnale. Samuti on vaja valke, mis aitavad DNA rakku transportida. Mitte kõik rakud populatsioonis ei muutu korraga kompetentseteks. Näiteks S. pneumoniae puhul saavutab esialgu kompetentsuse üksnes väike osa rakupopulatsioonist, mis seejärel väljutab kasvukeskkonda kompetentsusfaktoreid, et muuta ka ülejäänud rakud kompetentseteks. Kompetentsus saavutub rakukultuuri teatavas vanuses, sageli eksponentsiaalses kasvufaasis ning sõltub ka rakkude kasvukeskkonnast. Enamikul juhtudel võtavad kompetentsed rakud sisse suvalist DNA-d. Erandiks on Haemphilus influenzae, mis võtab vastu üksnes sama liigi DNA-d. Nimelt tunnevad H. influenzae rakupinnal olevad retseptorid DNA ära järjestus-spetsiifiliselt. Äratundmisjärjestus on 11 bp pikkune (AAGTGCGGTCA) ning seda esineb keskmiselt iga 4 kb tagant (ligi 600 korda genoomi kohta).
Streptokokkide puhul seondub kaksikahelaline DNA retsipientraku pinnaretseptoritega. Enne, kui DNA siseneb rakku, lagundatakse üks ahel membraanseoselise eksonukleaasiga. Lagundamise käigus vabanev energia kulub üksikahelaliseks viidud DNA transportimiseks läbi rakumembraani. Rakku jõudnud üksikahelaline DNA rekombineerub bakterikromosoomiga homoloogilises piirkonnas. Haemophilus´e puhul siseneb rakku kaksikahelaline DNA, kuid ka sel juhul lülitub retsipientraku kromosoomi ainult üks doonor-DNA ahel.
Kunstlik transformatsioon
Erinevate bakteriperekondade puhul tekib kompetentsus erineva efektiivsusega. Looduslikku kompetentsust on jälgitud eelpool mainitud streptokokkide ja Haemophilus´e korral, kuid ka Bacilluse, Neisseria, Acinetobacteri, Staphylococcuse ning Rhizobium´i korral. Kompetentsust on võimalik esile kutsuda ka kunstlikult, laboritingimustes. Sel juhul hoitakse rakke, näiteks Escherichia coli rakke jääl ning töödeldakse CaCl2 lahusega, mis muudab rakukesta struktuuri. Töötluse tulemusena muutuvad rakud DNA suhtes läbilaskvaks ning rakusisesed nukleaasid on ajutiselt inaktiveeritud. Kunstlik transformatsioon on efektiivne tsirkulaarsete DNA molekulide, plasmiidide korral, mis on võimelised retsipientrakus iseseisvalt replitseeruma. Lineaarse DNA puhul võib väga madala sagedusega toimuda rekombinatsioon (kui esineb homoloogia doonori ja retsipiendi DNA vahel), kuid enamasti lagundatakse DNA fragment eksonukleaasi toimel.
Kunstlikku transformatsiooni viiakse läbi ka elekroporatsiooni teel, kus DNA viiakse retsipientrakku elektri toimel.
Transformatsiooni kasutamine geenide kaardistamisel
Streptococcus’e DNA ekstrahheerimisel fragmenteerub kromosoom keskeltläbi 50-ks tükiks. Seega sisaldab iga fragment ligikaudu 2% genoomist. Transformatsiooni abil on võimalik uurida geenidevahelist distantsi. Kui geenid on lähestikku, on nad ühes ja samas fragmendis suurema tõenäosusega kui üksteisest kaugemal asuvad geenid. Lähestikku asuvate geenide puhul on nende poolt kodeeritud markerite kotransformatsiooni sagedus kõrgem kui seda üksteisest kaugel paiknevate geenide puhul, mis jäävad suure tõenäosusega pärast DNA fragmenteerumist erinevatesse lõikudesse. Jälgime näiteks eksperimenti, kus retsipiendi a-b- transformatsioonis on kasutatud 3 erineva genotüübiga doonor-DNA molekule (a+b-, a-b+ ja a+b+). Erineva genotüübiga doonor-DNA fragmente kasutatakse paralleeleksperimentides ning võrreldakse transformatsioonisagedusi genotüüpide a-b-, a+b- ja a-b+ suhtes. Teoreetiliselt peaks transformatsioonisagedus ühe markeri suhtes doonor-DNA hulga vähendamisel lineaarselt langema. Seejärel mõõdetakse transformatsioonisagedus sõltuvust doonor-DNA kontsentratsioonist korraga kahe markeri suhtes. Juhul, kui 2 markergeeni on omavahel tugevalt aheldanud (st. nad on lähestikku ja asuvad seetõttu suure tõenäosusega samas DNA fragmendis), avaldab DNA kontsentratsiooni vähendamine kotransformatsiooni sagedusele samasugust mõju nagu transformatsioonisagedusele ühe markeri suhtes. Kui 2 testgeeni paiknevad teineteisest kaugel ja satuvad seetõttu erinevatesse DNA fragmentidesse, on kotransformatsiooni toimumiseks vajalik kõigepealt nende DNA fragmentide sisenemine retsipientrakku ning seejärel mõlema fragmendi homoloogiline rekombinatsioon bakteri kromosoomiga. Vähendades transformatsiooniks võetava DNA kogust 10 korda, näeme ühe geneetilise markeri suhtes toimuva transformatsioonisageduse 10-kordset langust, kahe markeri suhtes samuti 10-kordset, kui vastavad geenid asuvad lähestikku, kuid 100-kordset langust (10 x 10 = 100) siis, kui geenid on teineteisest kaugel ja paiknevad seetõttu erinevates DNA fragmentides.
Bakterite
konjugatsioon
Kuigi E. coli on geneetiliselt üks kõige paremini iseloomustatud baktereid, ei ole ta looduslikult transformeeritav. E. coli geneetilisel kaardistamisel ristati erinevaid mutante ja mõõdeti rekombinantide (transkonjugantide) tekkesagedust. Bakterite geneetilise informatsiooni ülekandumise rakust rakku konjugatsiooni teel avastasid 1946-ndal aastal Lederberg ja Tatum. Nad analüüsisid erinevate E. coli auksotroofsete mutantide met-bio-thr+leu+ ja met+bio+thr-leu- segakultuure ja isoleerisid väljakülvidel minimaalsöötmetele prototroofseid üksikkolooniaid. Kumbki algtüvi eraldi prototroofseid revertante ei andnud. Samuti oli välistatud transformatsiooni toimumine. Kuna U-toru võeti Davis’e poolt kasutusele alles 4 aastat hiljem, ei tõestatud sel korral veel rakkudevahelise otsekontakti vajadust.
Bakteritevaheliseks konjugatsiooniks on vajalikud geenid (tra geenid), mis kodeerivad geneetilist informatsiooni vahetavate bakterirakkude liitumist ning DNA liikumist rakust rakku. Enamasti on need geenid plasmiidis. Rakku, millest toimub DNA ülekanne, nimetatakse doonoriks. Rakk, mis võtab vastu võõra DNA, on retsipient. Rakkudevahelist kontakti aitavad saavutada doonorraku sugukiud e. piilid (ingl. k. “sex pili”). Konjugatiivsed plasmiidid võivad mobiliseerida mittekonjugatiivsete plasmiidide ning isegi kromosomaalsete geenide ülekandumist. Tavaliselt on mobiliseerimiseks vajalik konjugatiivse plasmiidi integreerumine (kovalentne insertsioon) DNA molekuli, mida mobiliseeritakse. Mõnedel juhtudel ei sõltu mobilisatsioon aga integreerumisest, piisab üksikahelalisest liitekohast konjugatiivse plasmiidi ning mobiliseeritava DNA vahel. Bakteris E. coli on kirjeldatud F plasmiid (fertiilsusfaktor), mis integreerudes kromosoomi algatab kromosomaalsete geenide ülekande doonorrakku. Konjugatsioon toimub F+ rakust F- rakku. Integreerunud F plasmiidiga rakke nimetatakse Hfr (“high frequency recombination”) rakkudeks, kuna kromosomaalsete geenide ülekanne neist toimub kõrge sagedusega ja sellest tulenevalt on ka rekombinantide tekkesagedus kõrge. Integreerunud vormis kandub F plasmiid ise üle kõige viimasena, integreerumata F plasmiid aga kõige esimesena. Integreerumata F plasmiidi puhul on kromosomaalsete geenide ülekandumise tõenäosus väga väike.
Kui F plasmiid on integreerunud kromosoomi, algatab ta kromosomaalsete geenide ülekandumise integratsioonisaidist. Integratsioonisaidid võivad olla erinevad. F plasmiid integreerub E. coli kromosoomi homoloogilise rekombinatsiooni teel. Homoloogilist rekombinatsiooni võimaldab samade IS elementide (“insertion sequences”) olemasolu nii plasmiidis kui ka kromosoomis. Kuna F plasmiid võib bakterirakus olla nii kromosoomi koostises kui replitseeruda kromosoomist sõltumatuna, nimetatakse seda ka episoomiks.
Konjugatsiooniprotsessi käigus toimub DNA replikatsioon “veereva ratta” põhimõttel. Retsipientrakku kandub üle ainult üksikahelaline DNA, millele komplementaarne DNA ahel sünteesitakse retsipientrakus. Kogu bakteri kromosomaalse DNA ülekandumiseks doonorist retsipienti kulub ligikaudu 100 minutit. Enamasti kaob rakkudevaheline kontakt enne protsessi lõpulejõudmist. See on ka põhjuseks, miks üldjuhul F plasmiid ise integreerunud vormis üle ei kandu.
F’ konjugatsioon e. seksduktsioon
Bakterikromosoomi integreerunud F plasmiid võib sealt välja tulla. Mõnikord pole väljatulek aga täpne, sest plasmiidi satub ka segment integratsioonisaidile külgnevast kromosomaalsest DNA-st. Kromosomaalseid geene sisaldavat F plasmiidi nimetatakse F’ plasmiidiks. Kuna F plasmiidi koostises ülekandunud geenid ei pea oma püsimajäämiseks bakterirakus kromosoomi integreeruma, on nende geenide ülekandesagedus retsipientrakku väga kõrge. Kromosomaalsete geenide ülekannet F’ plasmiidis nimetatakse seksduktsiooniks. Seksduktsiooni tulemusena on rakud samal ajal nii F plasmiidis kui ka kromosoomis asuvate geenide suhtes diploidsed. Selline osaline diploidsus võimaldab bakterigeneetikutel hinnata kromosoomis ja plasmiidis olevate alleelide dominantsust ja retsessiivsust. Juhul, kui kromosomaalsed geenid on lülitunud F plasmiidi, peavad nad kromosoomis paiknema lähestikku.
Konjugatsiooni kasutamine geneetiliseks kaardistamiseks
Hfr tüvede avastamine võimaldas välja töötada bakterikromosoomi geneetilise kaardistamise metoodika, mis põhineb konjugatsiooniprotsessi katkestamisel erinevatel ajamomentidel. Rakke lastakse konjugeeruda ning erinevate ajaintervallide tagant viiakse osa rakke segistisse, peatades rakkudevaheliste kontaktide kaotamisega konjugatsiooniprotsessi toimumise. Mida kauem on konjugatsioon toimuda saanud, seda rohkem on geneetilist informatsiooni üle kandunud. E. coli geneetiline kaart on jagatud 100-ks minutiks. Kuigi F plasmiid võib integreeruda bakterikromosoomi erinevatesse saitidesse ja seetõttu võib kromosomaalsete geenide ülekanne alata erinevatest kohtadest, on ajaloolistel põhjustel 0-punkti paigutatud thr (treoniini biosüntees) lookus. See lookus asus kõige esimesena kirjeldatud F plasmiidi integratsioonisaidi kõrval ning kandus sel juhul esimesena üle.
Graampositiivsetel bakteritel toimub konjugatsioon ilma piilideta. Doonorrakudest difundeeruvad bakterite kasvukeskkonda feromoonid, mis tõmbavad ligi retsipientrakke. Tekivad rakkude klombid, kus koos on palju rakke ning seejärel toimub DNA ülekanne doonorist retsipienti.
Transduktsioon
Transduktsioon on bakteriofaagide poolt vahendatud geneetilise informatsiooni ülekanne ühest bakterirakust teise. 1952. a. leidsid Zinder ja Lederberg, et Salmonella typhimuriumi geneetiline informatsioon kandub üle nii bakterite konjugatsiooni teel kui ka siis, kui kasutati bakterifiltreid. Katsed viidi läbi auksotroofsete mutantidega, mis olid defektsed mitme erineva aminohappe biosünteesivõime suhtes. Transformatsiooni ja konjugatsiooni toimumise välistasid nad U-toru eksperimentidega, kus kahe erineva bakteritüve suspensioonid olid teineteisest eristatud bakterifiltriga ning suspensiooni oli lisatud DNaas. Ilmnes, et prototroofsus (võime kasvada minimaalsöötmel) tekkis ka siis, kui auksotroofset mutanti oli mõjutatud prototroofse bakterikultuuri filtraadiga. Prototroofsust põhjustas faag P22, mis oli bakteri kromosoomist haaranud kaasa komplementatsiooni võimaldavad geenid.
Eristatakse üldist ja spetsialiseeritud transduktsiooni.
Üldine transduktsioon
Üldine transduktsioon toimub suvalise geneetilise markeri suhtes, kuna faagi valkkesta võidakse eksikombel pakkida suvaline DNA fragment bakteri genoomist. Näiteks P1 faagi puhul sisaldab 1 partikkel 1000 kohta faagi genoomi asemel bakteri DNA-d. Üldine transduktsioon avastati faagi P22 puhul. Bakteri ja faagi genoom märgistati erinevate N isotoopidega ja paljunemistsükli läbi teinud faagipartikleid tsentifuugiti CsCl gradiendis. Osa faagipartiklitest pärinevat DNA-d jaotus fraktsiooni, kuhu peaks jääma bakteri DNA. Koos kanduvad üle lähedalt aheldunud geenid (näit. gal-bio). Faagipartiklisse mahub 1 - 2% bakter genoomist. Geneetiliste kaartide koostamisel lähtutakse sellest, et kotransduktsiooni sagedus tõuseb kahe geneetilise markeri distantsi vähenedes. Faagi partikliga edasikantav DNA inserteerub nakatatava bakteri genoomi homoloogilise rekombinatsiooni teel. Juhul, kui homoloogilist rekombinatsiooni ei toimu, on bakterirakk osaliselt diploidne. Nähtust nimetatakse abortiivseks transduktsiooniks. Sel juhul rakku sissetoodud DNA ei replitseeru. Raku jagunemisel satub ühte tütarrakkudest doonori DNA ja avalduvad doonori geenid, teine rakk aga reverteerub ning seal taasub algne fenotüüp.
Spetsialiseeritud
transduktsioon
Spetsialiseeritud transduktsiooni puhul pärinevad ülekantavad geenid kromosoomi kindlast alast, mis külgneb sinna inserteerunud faagi genoomiga. Kui näiteks faag lambda on integreerunud E. coli kromosoomi gal ja bio geenide vahele, võib ta kromosoomist välja tulla ka ebatäpselt. Ebatäpne väljatulek toimub sagedusega 10-4 ning sel juhul on osa faagi geenidest asendatud bakteri geenidega (bio või gal operonist).
ldgal - puudu pea ja saba komponentide geenid, ei lüüsi rakke
ldbio - puudu int, xis, põhjustavad lüüsilaike.
Defektsed faagid vajavad paljunemiseks helperfaagi.
Transduktsiooni kasutamine bakteriaalsete geenide kaardistamisel
Bakteri geneetilise kaardi koostamine üldise transduktsiooni abil on põhimõtteliselt sarnane transformatsioonisageduste analüüsile. Mida lähemal paiknevad teineteisele geenid, seda kõrgem on kotransduktsiooni sagedus. Kuna faagi valkkesta pakitava DNA fragmendi pikkus on limiteeritud, ei saa geenid, mis paiknevad bakteri genoomis üksteisest kaugemal kui 2% genoomi ulatusest, samasse DNA fragmenti mahtuda. Näiteks vaadeldi kotransduktsiooni kolme erineva markeri leu+ (leutsiin), thr+ (treoniin) ja azir (resistentsus Na-asiidile) suhtes. P1-ga nakatatud rakud kandsid metsiktüüpi alleele leu+ thr+ azir. Nendes rakkudes paljundatud faagipartiklitega nakatati leu- thr- azis rakke ja viidi rakud selektiivsöötmetele, kus eeldati ühe või kahe, kuid mitte kunagi kolme erineva geneetilise markeri koosavaldumist. Järgnevalt testiti selekteeritud markeriga bakterikolooniaid mitteselekteeritud markeri avaldumise suhtes ning arvutati selle põhjal kotransduktsiooni sagedus. leu+azir kotransduktsiooni sagedus oli 50%, leu+ thr+ 2% ning thr+ azir puhul ei nähtud kunagi kotransduktsiooni. Seega peaksid markergeenid asuma üksteisest erinevatel kaugustel järjekorras:
azi______leu__________________________________________________thr,
Sealjuures asuvad geenid azi ja thr teineteisest liiga kaugel, et nad saaksid transduktsioonil ühte DNA fragmenti sattuda.
Spetsialiseeritud transduktsiooni abil saab kaardistada faagi integratsioonisaidile külgnevaid alasid bakterikromosoomis.
Faagiga nakatunud bakteritel võivad avalduda uued omadused. Sageli on need määratud faagi genoomi koostises olevate ja bakteri kromosoomis asuvate geenide koostoimena. Suurem osa bakteriaalseid virulentsusgeene on kodeeritud mitte kromosomaalsete geenide, vaid plasmiidide, transposoonide või bakteriofaagide poolt. Nende elementide puudumisel on Shigella, Salmonella, Yersinia, Staphylococcuse, Clostridiumi ja Escherichia coli tüve virulentsus nõrgem või puudub üldse. Samas aga ei ole eelpool mainitud geneetilised elemendid üksi võimelised virulentsust põhjustama. Mõnede patogeensete bakterite toksiinide produktsioon on määratud mõõdukate faagide poolt:
1) Corynebacterium diphteriae patogeensus on seotud bakteriofaagi b poolt kodeeritud tox geeni avaldumisega. tox geen külgneb faagi kromosoomi integreerumisel vahetult bakteri DNA-ga. Ta kodeerib 58 kDa suurust valku. Juba 1 molekul on võimeline tapma ühe eukarüoodi raku, inhibeerides valgusünteesi. tox geeni avaldumine on reguleeritav bakteriaalse repressori DtxR poolt. Fe-rikkas keskkonnas on repressor seondunud tox geeni operaatoralale, takistades sellega geeni transkriptsiooni.
2) Koolera toksiini A ja B subühikud on kodeeritud Vibrio cholerae bakteriofaagi CTXF genoomis olevate geenide ctxAB poolt. Faag nakatab rakke, adsorbeerudes piilidele. Sageli paikneb ta virulentsete tüvede kromosoomis tandeemsetes kordustes. Ta võib ka replitseeruda ja kanduda vertikaalselt edasi plasmiidina. Koolera toksiini geenide puhul on täheldatud nende horisontaalset ülekannet V. cholerae biotüüpide vahel.
Osa botulismi toksiinidest on samuti faagide poolt kodeeritud.
3. Transponeeruvad
geneetilised elemendid
Geneetiline rekombinatsioon võib toimuda ka DNA homoloogia puudumisel. Sellises protsessis osalevad mobiilsed DNA elemendid - transposoonid ning vastavat sündmust nimetatakse transpositsiooniks. Transposooni transponeerumist võimaldab mobiilse DNA elemendi poolt kodeeritud transposaas.
Transponeeruvate DNA elementide olemasolu leidis esmalt kinnitust Barbara McClintock’i geneetilistes katsetes maisiga 40-ndatel – 50-ndatel aastatel. Alles uute meetodite kasutuselevõtmisel 60-ndatel ja 70-ndatel aastatel saadi kinitavaid tõendeid mobiilsete DNA elementide esinemise kohta ka teistes organismides.
Transponeeruvad elemendid bakterites
Bakterites on kõige lihtsamateks
transponeeruvateks elementideks IS
elemendid. IS elemendid on väikesed, 800-2000 bp pikkused DNA elemendid,
mis kodeerivad ainult transpositsiooniks vajalikke valke. IS elementide otstes
on pöördkordusjärjestused (inverted repeats, IR). Tavaliselt on need 16-40 nukleotiidi pikkused. Mutatsioonid
IR-des muudavad elemendi transpositsiooniliselt inaktiivseks. Mõlemale poole IS
elemendist jäävad lühikesed, enamasti mitte üle 10 nukleotiidi pikkused otsekordusjärjestused (direct repeats, DR), mis tekivad märklaud-DNA duplitseerumise käigus.
Bakterikromosoomis võib sama IS elementi olla mitu koopiat. Näiteks IS1 esineb E. coli kromosoomis 6 – 10 koopiana. IS elemendid IS2 ja IS3 asuvad nii F plasmiidis kui ka kromosoomis. See võimaldab F
plasmiidil homoloogilise rekombinatsiooni teel integreeruda E. coli kromosoomi.
Transposoonid (Tn) on IS elementidest suuremad ning kodeerivad lisaks transpositsiooniga seotud valkudele ka teisi valke, näiteks ensüüme, mis tagavad resistentsuse antibiootikumidele või raskemetallidele. Tn-id võivad olla komplekssed, sisaldades mõlemas otsas IS elementi. Näiteks Tn5, mis kannab kanamütsiini resistentsusgeene, sisaldab mõlemas otsas IS elementi IS50. Tn3 perekonda kuuluvad transposoonid IS elemente ei sisalda. Sarnaselt IS-dele on nende otstes lühikesed, 38 bp pikkused IR-id.
Otsekordusjärjestused (DR-id) esinevad nii transposoonide kui ka IS elementide puhul. Transpositsiooni käigus lõhutakse fosfodiestersidemed märklaud-DNA-s nii, et tekivad lühikesed üksikahelalised otsad. Mobiilne DNA element lülitub lõikekoha vahele ning üksikahelalistele märklaud-DNA lõikudele sünteesitakse komplementaarsed DNA ahelad. See seletabki, miks märklaud-DNA järjestus transpositsiooni käigus duplitseerub.
Transpositsioon võib toimuda kas replikatiivselt, nagu näiteks Tn3 tüüpi elementidel, kus transpositsiooni käigus toimub transponeeruva elemendi replikatsioon, nii et lõpptulemusena jääb koopia transposoonist nii doonori kui ka retsipiendi molekuli, või siis lõika ja kleebi (cut and paste) printsiibil, kus Tn või IS lõigatakse doonormolekulist välja. Tn-de ja IS-de inserteerumine põhjustab sisenemiskohas paiknevete geenide inaktivatsiooni. Mobiilsete DNA elementide transponeerumine võib põhjustada ka suuremaid geneetilisi ümberkorraldusi, mille tulemuseks on inserteerunud elemendile külgnevate DNA lõikude ümberpöördumine (inverteerumine) või väljalangemine (deleteerumine). Mõnede mobiilsete DNA elementide otstes on otsast väljapoole suunatud promootorjärjestused, mis võivad aktiveerida mobiilse DNA elemendiga külgnevate geenide transkriptsiooni.
Komplekssed transposoonid
Komplekssed transposoonid, nagu juba eelpool mainitud, sisaldavad mõlemas otsas IS elementi. Tn9 (kodeerib resistentsust klooramfenikoolile) sisaldab elemendi mõlemas otsas samas orientatsioonis elementi IS1. Tn5 puhul (kodeerib resistentsust kanamütsiinile, streptomütsiinile ning bleomütsiinile) on IS50 transposooni otstes erinevates orientatsioonides. Tn10 kodeerib resistentsust tetratsükliinile ning ka tema puhul on IS elemendid (IS10) otstes vastassuunaliselt orienteeritud. Tn5 puhul on otstes paiknevad IS elemendid funktsionaalselt erinevad - transpositsiooniliselt aktiivne on ainult IS50R. IS50L ei kodeeri aktiivset transposaasi, kuna sisaldab transposaasi geenis mutatsiooni.
Mobiilsete elementide transponeerumine toimub bakterirakus tavaliselt väga madala sagedusega. Vastasel korral suureneks rakkudes transpositsiooniga kaasnevate geneetiliste ümberkorralduste sagedus, mille tulemusena võivad inaktiveeruda rakule eluliselt tähtsad geenid. Tn5 kodeerib repressorvalku, mis pärsib Tn5 transpositsiooni toimumist. Repressori translatsioon algab transposaasi geeni seest ja seetõttu puudub tal täispika transposaasi N-terminaalne järjestus.
Tn3 perekonna transposoonid
Tn3 perekonna transposoonid sarnanevad oma ülesehituselt IS elementidele, kuid kodeerivad lisaks transpositsioonil osalevatele valkudele ka muid funktsioone. Tn3 sisaldab 3 geeni:
tnpA – transposaas
tnpR – resolvaas
bla - b-laktamaas (resistentsus ampitsilliinile).
Tn3 transpositsioon toimub 2-etapilselt:
1. Kointegraadi moodustumine transposooni ja märklaud-DNA vahel. Vajalik on aktiivse transposaasi TnpA olemasolu. Transposaas lõikab doonormolekuli transposooni otste kõrvalt, nii et vabanevad transposooni DNA 3'-OH otsad. Need 3'-OH otsad atakeerivad fosfodiestersidemeid märklaud-DNA-s, tekitades insertsioonisaiti üksikahelalised katked ning järgnevalt viiakse kokku transposooni ja märklaud-DNA otsad. Seejärel transposoon replitseerub ning tekib struktuur, kus mõlemad samas orientatsioonis asuvad transposooni koopiad on ühenduses nii doonori kui ka märklaud-DNA-ga.
2. Kointegraadi lagunemine resolvaasi TnpR toimel. Toimub sait-spetsiifiline rekombinatsioon kahe Tn3 koopia vahel res saidis. Kuna res sait paikneb tnpA ja tnpR geenide vahel nende promootoralas, takistab resolvaasi seondumine sellesse saiti nende geenide transkriptsiooni. Seega on valgul TnpR lisaks resolvaasi funktsioonile ka repressori funktsioon.
Multiresistentsed bakteritüved
Kuna enamus transposoone kannavad antibiootikumide resistentsusgeene, soodustab transposoonide hüppamine ühest DNA molekulist teise (näit. plasmiidist kromosoomi ja vastupidi) resistentsuse kiiret levikut bakteripopulatsioonis. Meditsiinis on suur probleem patogeensete bakteritega, mis on endale hankinud erinevaid resistentsusgeene, olles sel viisil resistentsed mitmele antibiootikumile korraga. Multiresistentsus levib näiteks R plasmiidide abil. R plasmiidid on 2-komponendilised, koosnedes ülekandefaktorist RTF (resistance transfer factor), mis annab plasmiidile võime konjugatsiooni teel üle kanduda, ja R-determinandist, mis sisaldab resistentsusgeene. Enamasti paiknevad resistentsusgeenid IS elementides ja transposoonides, mis on läinud R plasmiidi koosseisu. Kuna R plasmiidid pole liigispetsiifilised, võivad nad üle kanduda väga erinevatesse bakteriliikidesse.
Transponeeruvad elemendid
eukarüootides
Sarnaselt bakterite mobiilsetele DNA elementidele on ka eukarüootsetel transponeeruvatel elementidel otstes pöördkordusjärjestused ning elemendi inserteerumine märklaud-DNA-sse põhjustab insertsioonisaidi järjestuse duplitseerumist. Osa eukarüootsetest transponeeruvatest elementidest kodeerivad ka transposaasi.
Maisi Ac ja Ds elemendid
Maisi Ac ja Ds elemendid avastas Barbara McClintock, teostades maisiterade värvuse ja mustri geneetilist analüüsi. Nende elementide molekulaarne struktuur kirjeldati alles aastaid hiljem. McClintock analüüsis maisi kromosoomide katkeid. Üks geneetiline marker, mille avaldumist ta jälgis, paiknes 9-nda kromosoomi lühikeses õlas. Selleks oli maisiterade värvust kontrolliv lookus C. Alleel CI on dominantne, põhjustades pigmendi puudumist. McClintock ristas CICI genotüübiga tolmukatega CC genotüübiga emasõisi ja sai maisiterad, mille triploidne endosperm on genotüübiga CICC (triploidne endosperm saab 2 alleeli emalt ja ühe alleeli isalt!). Kuigi enamus teri olid värvusetu kestaga, ilmnes mõnedel pruunikas-punaseid pigmendilaike. McClintoc oletas, et rakud pigmenteerusid seetõttu, et endospermi arengu käigus oli koe mõnedes piirkondades alleel CI kaotsi läinud. Alleel CI läks kaotsi 9-nda kromosoomi lühikese õla otsmise fragmendi murdumise tõttu. Murdekoht asus spetsiifilises kohas ning katke tekkimist kontrollis faktor tähistusega Ds (“dissociation”). Faktor Ds indutseeris kromosoomi katkeid teise faktori, Ac (“activator”) olemasolul. Ac esines ainult mõnedel maisisortidel. Erinevate sortide ristamisel saadi variandid, mis sisaldasid nii Ds kui ka Ac faktorit. 9-nda kromosoomi katkeid oli võimalik jälgida ainult mõlema faktori koosesinemisel. Edasiste katsete käigus leidis McClintock kromosoomikatkeid ka teistes maisi genoomi piirkondades nii kromosoomis 9 kui ka teistes kromosoomides ning kõik need katked sõltusid Ac faktori olemasolust. McClintock oletas, et Ds element võib esineda maisi genoomi erinevates kohtades ja võib liikuda genoomi ühest piirkonnast teise. Geneetilise analüüsi tulemuste põhjal väitis McClintock, et mõlemad elemendid, nii Ds kui ka Ac võivad transponeeruda. Kui üks neist elementidest inserteerus mõnda geeni, siis geeni funktsioon kas muutus või geen inaktiveerus. Kuna Ds ja Ac elemendid indutseerisid genoomi ühest piirkonnast teise liikumisel mutatsioone, nimetas McClintok nad kontrollelementideks.
Hilisem Ac elementide nukleotiidse järjestuse analüüs näitas, et need elemendid on 4563 bp pikkused, sisaldades mõlemas otsas 11 bp pikkuseid pöördkordusjärjestusi. Kõigi Ac elementide otsad külgnevad otsekordusjärjestustega, mis on 8 bp pikkused ja tekivad märklaudjärjestuse duplitseerumisel transpositsiooni käigus. Erinevalt Ac elementidest on Ds elemendid struktuurselt heterogeensed. Nende otsmised pöördkordusjärjestused on identsed Ac elementide omadega, kuid nad erinevad oma sisemistelt järjestustelt. Osa Ds elemente on Ac elementide derivaadid deletsioonidega sisemistest järjestustest. Mõnede Ds elementide puhul on pöördkordusjärjestuste vahele sattunud võõras DNA. Selliseid Ds elemente nimetatakse aberrantseteks Ds elementideks. Kolmas klass Ds elemente on nn. kaksik-Ds elemendid, kus üks Ds element on inserteerunud teise vastupidise orientatsiooniga. Just see klass elemente põhjustab kromosoomi õlgade katkeid, mida jälgis Barbara McClintock.
Ac/Ds elementide väljatulekut, transponeerumist ja sellega kaasnevaid geneetilisi ümberkorraldusi (geenide inaktivatsioon, kromosoomide katkemised) aitab läbi viia Ac elemendi poolt kodeeritud transposaas. Ac transposaas interakteerub DNA järjestustega Ac ja Ds elementide otstes ja otste läheduses. Kuna Ds elemendid ise ei kodeeri aktiivset transposaasi, vajavad nad geneetiliste ümberkorralduste indutseerimiseks transposaasi, mis on kodeeritud Ac elemendi poolt. Ac elemendi transposaas on trans-aktiveeriv valk, mis difundeerumine tuumas võimaldab tema seondumist Ds elemendile ja selle elemendi transponeerumist.
Äädikakärbse P elemendid
1977-ndal aastal leidsid Margaret ja James Kidwell ning John Sved, et teatud äädikakärbse liinide M ja P ristamisel tekib järglaskond, mille puhul ilmnevad katked kromosoomides ning kõrgenenud mutatsioonisagedus. Sündroomi hakati nimetama hübriidseks düsgeneesiks (“hybrid dysgenesis”). Kui omavahel ristati erinevaid P liine või M liine, sündroom järglaskonnas ei avaldunud. Seetõttu oletati, et P liini kärbeste genoomis peab olema mingi transponeeruv element, mis pärast munaraku viljastamist aktiveerub, indutseerides mutatsioone ja kromosoomi katkeid. Kinnitust transposooni olemasolule saadi katsetega, kus analüüsiti düsgeneesi sündroomiga hübriidide geeni white mutatsioone DNA tasemel. Kõigil juhtudel oli geeni inserteerunud DNA element, mis oli P liini kärbeste genoomi erinevates kohtades kõrge koopiaarvuga esindatud. Samas ei õnnestunud seda elementi leida M liini kärbeste genoomist. Kuna transponeeruv DNA element esines ainult P tüves, hakati seda nimetama P elemendiks.
P elementide suurus on varieeruv. Kõige suurem element on 2907 bp pikkune ning sisaldab 31 bp pikkuseid pöördkordusjärjestusi. Täispikk P element kodeerib funktsionaalset transposaasi elemendi transponeerumiseks. Osa P elemente on sisemiste deletsioonidega, mistõttu nende transponeerumine osutub võimalikuks üksnes siis, kui genoomis sisaldub ka funktsionaalset transposaasi kodeeriv P element.
Äädikakärbse loodusliku populatsiooni iseloomustamisel selgus, et mõnede kärbeste kromosoomis sisaldus kuni 50 P elementi, teiste puhul aga leiti ainult üksikuid. Üllatav oli see, et kärbsed, kes pärinesid liinidest, mis olid loodusest isoleeritud enne 1950-ndat aastat, ei sisaldanud genoomis ühtegi P elementi. Järelikult on P elemendid hakanud äädikakärbse looduslikus populatsioonis levima alles hiljuti. Arvatavasti on nad sattunud äädikakärbse genoomi teistest Drosophila liikidest viiruste abil.
P elementi sisaldavate äädikakärbeste populatsioonis on välja kujunenud mehhanism, mis kontrollib nende elementide liikumist. Kui emaseid P liini kärbseid ristati isaste M liini kärbestega, saadi normaalsed järglased, kuid vastupidi, emaste M liini kärbeste ristamisel P liini isastega saadi düsgeensed järglased. Seega on P elementide regulatsioonitüüp määratud munaraku tsütoplasma poolt e. sõltub tsütotüübist ("cytotype"). P tsütotüüp pärsib P elemendi transponeerumist ja on iseloomulik liinidele, mis sisaldavad genoomis P elemente, M tsütotüüp aga võimaldab nende elementide transponeerumist. M tsütotüüp on iseloomulik liinidele, mille kromosoomides P elemendid puuduvad. See on ka põhjuseks, miks P liinide ristamisel M liinidega saadakse järglased, kelle genoomis P elemendid ringi hüppavad. P tsütotüüpi põhjustavad P elementide endi poolt kodeeritud polüpeptiidid.
P ja M liinide ristamisel saadud düsgeensed järglased on elujõulised. Põhjus on selles, et P elemendid transponeeruvad ainult idurakkudes. Somaatilistes rakkudes on nende elementide liikumine takistatud, kuna transposaasi mRNA alternatiivse splaissingu tõttu sünteesitakse defektne valk.
Düsgeenseid hübriide kasutatakse laboris P elementide ringihüppamisest põhjustatud mutatsioonide identifitseerimiseks. Et mutatsioonid avalduda saaksid, hübriide ristatakse. Düsgeensete hübriidide eelis traditsiooniliste mutantide ees seisneb selles, et mutantsed geenid on P elemendi poolt märgistatud, lihtsustades sellega nende geenide isoleerimist ja identifitseerimist.
Mariner elemendid
Äädikakärbsele Drosophila melanogaster lähedastest liikidest D. simulans ja D. mauritiana on leitud mariner element. See väike transposoon on 1286 bp pikkune ning sisaldab otstes 28 bp pikkuseid pöördkordusjärjestusi. Mariner elemente pole leitud äädikakärbsest, samas on need laialt levinud teistes organismides – nematoodides, seentes ja isegi inimesel. Mariner elementide lai levik fülogeneetiliselt kaugetes organismides viitab sellele, et nad on tekkinud väga ammu. Erinevatest organismidest isoleeritud mariner elementide DNA järjestuse analüüs näitab, et näiteks putukate puhul on fülogeneetiliselt kaugematest liikidest isoleeritud elemendid sageli sarnasemad kui enam suguluses olevate liikide puhul. Ka siin oletatakse, et transponeeruv element on liikide vahel horisontaalselt üle kandunud, kasutades kandjana viirust.
Mariner elementidega on suguluses Tc1 elemendid, mis on veidi suuremad (1600-1700 bp) ja mille pöördkordusjärjestused on pikemad. Element Tc1 on leitud nematoodist C. elegans, kuid temale sarnaseid elemente on kirjeldatud ka putukates.
Retrotransposoonid
Eukarüootsete organismide genoomidest on leitud elemente, mille transponeerumiseks on vaja pöördtranskriptsiooni – DNA sünteesi RNA-lt. Vastavaid elemente on hakatud nimetama retrotransposoonideks. Retrotransposoone klassifitseeritakse retroviiruse-laadseteks elementideks ja retroposoonideks.
Retroviiruse-laadsed elemendid
Retroviiruse-laadseid elemente on leitud väga erinevatest organismidest, nii pärmidest, taimedest kui ka loomadest. Nende ehitus sarnaneb retroviiruste genoomile. Retroviiruse-laadsete elementide mõlemas otsas on LTR järjestused (long terminal repeats), mis on orienteeritud samasuunaliselt ja mõnisada nukleotiidi pikad. LTR-id on tavaliselt omakorda lühikeste pöördkordusjärjestuste vahel. Elemendi keskel on kodeerivad järjestused, mis on homoloogilised retroviiruste gag ja pol geenidele. Retroviirustel kodeerib gag viiruse kapsiidi struktuurvalku ning pol pöördtranskriptaasi/integraasi. Retroviiruse-laadsetel elementidel on need valgud olulised elemendi transpositsioonil.
Üks paremini iseloomustatud retroviiruse-laadseid elemente on Ty element, mis on leitud pagaripärmist Saccharomyces cerevisiae. Ty element on 5,9 kb pikkune, sisaldab 340 bp pikkuseid LTR-e ning tekitab transpositsioonil 5 bp pikkuseid otsekordusjärjestusi. Pärmi genoomis on leitud 35 koopiat Ty elementi. TyA ja TyB on gag ja pol geenide homoloogid. TyB kodeerib pöördtranskriptaasi (revertaasi), mis sünteesib Ty elemendi RNA-lt dsDNA molekuli. DNA molekul inserteerub genoomi, tekitades sel viisil Ty elemendi koopia genoomi teises piirkonnas.
Retroviiruse-laadseid elemente on leitud ka äädikakärbsel. Esimest sedatüüpi elementi hakati nimetama copia elemendiks, kuna sellelt sünteesitud RNA koopiaarv raku kohta oli väga kõrge. Järgmine element nimetati gypsy elemendiks, kuna ta rändas genoomis ringi (“gypsy” tähendab tõlkes mustlast). Mõlemad transposoonid moodustavad rakus viiruse-laadseid partikleid ning kuna gypsy elemendi puhul on näidatud ka tema liikumist läbi rakumembraani, võiks seda elementi pidada retroviiruseks.
Retroposoonid
Äädikakärbses on kirjeldatud F, G ja I retroposoonid ning imetajatel LINE-d (Long Interspersed Nuclear elements). Ka nende transponeerumine käib üle RNA molekulilt sünteesitava DNA. Pöördtranskriptaas on elemendi enda poolt kodeeritud. Retroposoonide otstes pole pöördkordusjärjestusi, kuid nende ühes otsas on homogeenne A:T aluspaaridest koosnev järjestus. See järjestus liitub retroposooni koostisesse pöördtranskriptsiooni käigus, kuna revertaas kasutab matriitsina RNA molekuli, mille 3’ otsa on lisatud poly-A saba.
4. Mitokondrite ja kloroplastide geneetika
Nii mitokondrid kui ka kloroplastid arvatakse olevat tekkinud endosümbioosi teel eukarüoodi rakku sattunud prokarüootsetest organismidest. Mitokondritel ja kloroplastidel on säilunud oma genoom, mis on evolutsiooni käigus küll tunduvalt lihtsustunud, kuid sisaldab spetsiifilisi geene oksüdatiivseks metabolismiks (ATP süntees) ja fotosünteesiks.
Taimedel (kuid ka mõnedel vetikatel ja seentel) on kirjeldatud tunnuseid, mille lahknemine järglaskonnas toimub Mendeli printsiipidest erinevalt. Teatud juhtudel ilmneb tuumaväline pärilikkus, kus vanemate alleelid päranduvad järgalastele ebavõrdselt. Järgnevalt käsitleme mõningaid näiteid lähemalt.
Lehtede mitmevärvilisus taimedel
Taimelehed võivad olla mõnikord kirjud, sisaldades valgeid laike. Pigmendi puudumine mõnes leheosas on põhjustatud erinevat tüüpi kloroplastide ebavõrdsest jaotumisest raku jagunemisel – osadesse rakkudesse satuvad kloroplastid, mis ei ole võimelised pigmenti tootma. Kahte tüüpi organellide esinemist rakus nimetatakse heteroplasmiaks, ühetüübiliste organellide esinemist homoplasmiaks. Heteroplasmilise taimeraku jagunemise tulemusena tekkinud valged sektorid taimelehes on erineva suuruse, kuju ja asukohaga. Kuigi mõnedel taimedel on lehed mosaiiksed, kindla värvusmustriga, pole sel juhul tegemist mitte kloroplastide ebavõrdse jaotumisega tütarrakkudesse, vaid hoopis lehesiseselt toimiva füsioloogilise süsteemiga, mis reguleerib pigmendi tootmist lehes nii ajaliselt kui ka ruumiliselt.
Taimelehtede värvust kontrolliva emapoolse pärilikkuse avastasid saksa botaanikud Carl Correns ja Erwin Baur. Mirabilis’e roheliste ja kirjuleheliste taimede ristamisel selgus, et järglaste värvus sõltus emataimede gameetide värvusest. Kui järglaste saamiseks tolmutati “valge sektori” õisi tolmukatega, mis pärinesid “rohelisest sektorist”, saadi pigmenditud taimed, kui vastupidi, siis ainult roheliste lehtedega. Need retsiprooksed ristamiskatsed näitasid, et faktor, mis määrab lehe pigmentatsiooni, kandub järglastele üle ainult emaliini pidi. Juhul, kui taim päris emalt segu pigmenteeruvaid ja pigmendivabu kloroplaste, avaldus tal lehtede kirjusus. Katsetes pelargooniumiga oli taimede värvuse lahknemine järglaskonnas keerulisem, sõltudes nii ema kui ka isa kloroplastidest. Retsiprooksetel ristamistel, mis olid analoogilised eelpooltoodud katseskeemile, saadi seekord mõlemal juhul järglaskonnas nii rohelisi, laigulisi kui ka pigmendivabu taimi. Samas ei vastanud lahknemissuhted lehtede värvuse osas Mendeli seadustele.
Maisi tsütoplasmaatiline isasteriilsus
Maisil paiknevad emasõied isasõitest eraldi. Emasõisikud asuvad taime lehekaenlates ning isasõisikud arenevad sama taime ladvas. Mõnedel maisisortidel isasõisikud ei arene, kuigi emasõisikud on viljakad. 1930-ndatel aastatel näitas Marcus Rhoades, et maisi isasteriilsus on põhjustatud emalt päritud faktori poolt. Ta tolmutas isasteriilse maisi emasõisi fertiilsete tolmukatega ning tulemuseks oli isasteriilne järglaskond. Kuna järglased olid alati isasteriilsed ning see fenotüüp säilus ka korduvatel tagasiristamistel viljakaid isasõisi kandvate taimede tolmukatega, viitasid need tulemused sellele, et tegemist oli tsütoplasmaatilise pärilikkusega, mis kandus edasi emaliini pidi. Ristamiskatsete käigus ilmnesid ka dominantsed mutatsioonid tuumas, mis supresseerisid tsütoplasmaatilise faktori toime. Sel juhul saadi viljakate isasõitega taimed. Need katsed näitasid, et isasteriilsus avaldub tuumageenide ning tsütoplasmaatilise faktori koostoimena. Kuni 1970-ndate aastateni polnud teada, kas maisi isasteriilsus on põhjustatud mitokondrite või kloroplastide poolt. Alles siis, kui olid välja töötatud molekulaarsed meetodid organellide DNA isoleerimiseks ja geneetiliseks manipuleerimiseks, selgus, et isasteriilsust põhjustavad mitokondriaalse päritoluga geenid. Mõnede isasteriilsete maisisortide puhul on mitokondritest leitud väikeseid DNA molekule. Teistel juhtudel on kirjeldatud mutatsioone mitokondriaalses DNA-s.
Chlamydomonas’e rakkude antibiootikumiresistentsus
Chlamydomonas reinhardtii on fotosünteesiv rohevetikas, mida on geneetiliselt põhjalikult uuritud. Tegemist on üherakulise organismiga, mille paljunemises on kirjeldatud haploidne ja diploidne staadium. Haploidsed rakud võivad olla kas + või – tüüpi. Erinevat tüüpi haploidsed rakud moodustavad diploidse sügoodi. Seejärel jaguneb sügoot meioosi teel, andes 4 haploidset järglast. Järglased jagunevad mitoosi teel ja nii saadakse vegetatiivsete rakkude kloonid. Kloonide analüüsist on selgunud, et see, kas tegemist on + või – tüüpi rakkidega, on kontrollitud ühe tuumageeni alleelide mt+ (määrab raku + tüübi) ja mt- poolt. Sügoodi jagunemisel tekib kaks mt+ rakku ja kaks mt- rakku. Iga Chlamydomonase rakk sisaldab mitu mitokondrit ning ühe suure kloroplasti. 1954-ndal aastal näitas Ruth Sager, et Chlamydomonase rakkude antibiootikumi-resistentsus ei pärandu järglastele Mendeli seaduspärasuste alusel. Streptomütsiinile resistentsete mt+ rakkude ristamisel streptomütsiini-tundlike mt- rakkudega olid kõik järgalased streptomütsiini-resistentsed hoolimata sellest, et alleelid peaksid tütarrakkude vahel lahknema 1:1-le. Ristates resistentseid mt- rakke antibiootikumi-tundlike mt+ rakkudega ei saadud ühtegi resistentset järglast. Seega määras resistentsuse mt+ rakkude tsütoplasma. Hiljem selgus, et resistentsusdeterminant paiknes mt+ rakkude kloroplastis. Sügoodi moodustumisel degradeerivad nukleaasid mt- rakust pärineva kloroplasti DNA ja nii pärib järglaskond ainult mt+ rakkude kloroplasti genoomi.
Pärmirakkude metaboolsed defektid
Osa pärmi mutantseid tüvesid moodustab glükoosi sisaldaval rikkal söötmel tavapärasest väiksemaid kolooniaid. Neid mutante nimetatakse petite mutantideks. Nimetus “petite” tuleneb prantsuse keelest ja tähendab väikest. Petite mutandid on defektsed glükoosi metabolismi suhtes. Nad sisaldavad deletsioone mitokondriaalsest DNA-st. Petite mutante on kahesuguseid – neutraalseid ja supresseerivaid. Neutraalsete mutantide ristamisel metsiktüüpi rakkudega on kõik järglased metsiktüüpi, moodustades glükoosil suuri kolooniaid. Supresseerivate mutantide ristamisel metsiktüübiga moodustavad aga kõik järglased glükoosi söötmel väikeseid kolooniaid. Neutraalsetel petit mutantidel puudub mitokondriaalne DNA. Sügoodi jagunemisel satuvad spooridesse metsiktüüpi tüve mitokondrid. Supresseerivatel mutantidel on mitokondriaalne DNA defektne. Mitokondri genoomi replikatsioonil on defektsetel genoomidel võrreldes algse genoomiga eeliseid. Supresseeriva mutandi ristamisel metsiktüübiga tekib sügoot, mis sisaldab nii mutantseid kui ka algtüüpi mitokondreid. Kui sügoot seejärel koheselt sporuleerub (jaguneb meioosi teel), sisaldavad askospoorid ainult mutantseid mitokondreid ja moodustavad glükoosi sisaldaval söötmel väikeseid kolooniaid. Kui sügoot paljuneb enne meiootilist jagunemist mitoosi teel ja moodustab spoore alles seejärel, on selleks ajaks replitseerunud ka metsiktüüpi mitokondrite genoom ja spooridest kasvavad suured kolooniad.
Mitokondrite molekulaargeneetika
Mitokondritel on oma replikatsiooni-, transkriptsiooni- ja translatsiooniaparaat. Nad sisaldavad valgusünteesiks ribosoome. Osa mitokondrites sisalduvaid valke on kodeeritud mitokondri, osa aga tuumas paiknevate geenide poolt.
Mitokondriaalne DNA.
Mitokondriaalset DNA mtDNA kirjeldati esmakordselt 1960-ndatel aastatel elektronmikroskoopiliselt. Praeguseks on määratud mtDNA primaarstruktuur mitmetest erinevatest organismidest. mtDNA genoomi suurus varieerub organismiti. Selgroogsetel on see 16-17 kb, mõnedel õistaimedel aga kuni 2500 kb suurune. Mitokondrite genoomi koopiaarv raku kohta on kõrge – selgroogsete somaatilistes rakkudes on alla 1000 koopia, kuid ootsüütides 108 mtDNA koopiat raku kohta. Enamasti on mtDNA molekulid tsirkulaarsed. Ripsloomal Paramecium aurelia ja vetikal Chlamydomonas reinhardtii on mtDNA genoom lineaarne.
Selgroogsete mtDNA on kompaktne ning geenid paiknevad üksteisele lähestikku. Inimese mtDNA on 16659 bp pikkune, sisaldab 37 geeni, millest 2 kodeerivad ribosomaalset RNA-d, 22 tRNA-sid ja 13 oksüdatiivsel fosforüleerimisel osalevaid ensüüme. Ka hiire, sõraliste ja konnade mtDNA ülesehitus on sarnane inimese omale. Selgrootute mtDNA genoom on küll sama suur kui selgroogsetel, kuid geenide järjekord on erinev.
Kõige komplekssem mitokondri genoomi ülesehitus on õistaimedel, kus seniteadmata arv geene asuvad kuni mitmetuhande kb suuruses rõngasmolekulis. Genoomis on palju mittekodeerivaid järjestusi ning geenide asukoht võib olla väga erinev isegi lähedaste liikide puhul. Õistaimede mtDNA genoom sisaldab kordusjärjestusi mis on aluseks geneetilistele rekombinatsioonidele, mille tulemusena võib algne molekul dissotseeruda väiksemateks ja need omakorda üheks suureks tagasi. Maisi mtDNA on näiteks 570 kb suurune ja arbuusil 300 kb suurune.
Seente mtDNA on võrreldes loomade mtDNA-ga suurem. Pärmi mitokondri genoom on näiteks 78 kb suurune, kuid sisaldab vähem geene kui loomade mtDNA – 33 geeni, millest 2 kodeerivad ribosomaalset RNA-d, 23 kuni 25 erinevaid tRNA-sid, 1 geen ribosoomi valku ja 7 geeni oksüdatiivsel fosforüleerimisel (ATP süntees) osalevaid ensüüme. Erinevalt loomade mtDNA-st sisaldab pärmide mtDNA introneid ning mõned geenid on üksteisest lahutatud pikkade mittekodeerivate DNA järjestustega.
Mitokondriaalsete geenide regulatsioon
Selgroogsete mtDNA genoomis on 2 transkriptsioonilist üksust H ja L, mis on vastassuunaliselt transkribeeritavad. Täispikk RNA lõigatakse tRNA, ribosomaalse RNA ja mRNA molekulideks. mRNA molekulid polüadenüleeritakse ja transleeritakse mitokondriaalsetel ribosoomidel. Translatsioonimehhanismid mitokondrites ja tsütosoolis on põhimõtteliselt sarnased. Erinevus on koodonkasutuses. Koodonid AGA ja AGG vastavad tsütosoolis arginiinile, mitokondris põhjustavad nad aga translatsiooni termineerumist. UGA, mis on stop koodoniks tsütosoolis, vastab mitokondris trüptofaanile. AUA on isoleutsiini koodon tsütosoolis, mitokondris vastab see aga metioniini initsiaatorkoodonile.
Seentes ja taimedes on mtDNA jaotunud paljudeks erinevateks transkriptsioonilisteks üksusteks. Pärmides on mitokondris töötav RNA polümeraas ühekomponendiline ja kodeeritud tuuma geeni poolt.
Taimede mtDNA geenide avaldumise regulatsiooni puhul on kirjeldatud protsess, mida tuntakse nimetuse all RNA editing (tõlkes “redigeerimine, korrigeerimine”). Sünteesitud RNA molekulis asendatakse osa nukleotiide. Kõige sagedasem on C®U asendus, kuid kirjeldatud on ka vastupidist, U ®C asendust. Asendused muudavad näiteks koodoneid, mille algne järjestus oli signaaliks translatsiooni termineerumisele, võimaldades selle tulemusena funktsionaalsete polüpeptiidide sünteesi. RNA editing on iseloomulik ainult kõrgematele taimedele. Samas on RNA järjestuse muutmist kirjeldatud ka algloomades, näiteks trüpanosoomides. Algloomades on leitud väikeseid RNA molekule gRNA-sid (guide RNAs), mis on osaliselt komplementaarsed mtDNA transkriptidele ja “juhivad” RNA järjestuse korrigeerimist.
Taimede mtDNA-lt sünteesitud RNA-de puhul on kirjeldatud trans-splaissingut, mille puhul võivad mRNA erinevad segmendid olla transkribeeritud mtDNA erinevatelt piirkondadelt, üksteisest sõltumatult. Erinevate transkriptide eksonid viiakse kokku intronitevaheliste interaktsioonide tulemusena. Üle genoomi hajutatuna esineb näiteks nisu geen nad1, mille 4 erinevat segmenti kodeerivad NADH reduktaasi.
Mitokondris ja rakutuumas asuvate geenide produktide vaheline interaktsioon
Enamus mitokondriaalsete geenide produkte toimivad mitokondris. Neist üksi aga mitokondrite elutegevuseks ei piisa. Mitokondrite ribosoomid koosnevad mitokondriaalse päritoluga RNA-st ja rakutuuma poolt kodeeritud valkudest. Ribosoomivalgud sünteesitakse tsütosoolis ja transporditakse mitokondritesse. Ka paljud mitokondrites toimuvas aeroobses metabolismis osalevad polüpeptiidest on oma päritolult tuumavalgud. Näiteks ATPaasi osa subühikuid on kodeeritud tuuma geenide, osa aga mtDNA poolt.
Mitokondriaalsed haigused
Viimaste aastate uuringud on näidanud, et mitmed inimesel kirjeldatud haigused on seotud mutatsioonidega mtDNA genoomis. Üheks selliseks näiteks on nägemisnärvi kahjustus LHON (Leber’s hereditary optic neuropathy), mis avaldub täiskasvanutel ja lõpeb haigete pimedaksjäämisega. mtDNA-s on kirjeldatud mutatsioone, mis muudavad oksüdatiivses fosforüleerimises osalevate ensüümide aminohappelist järjestust. Kui mitokondrite energiatootlikkus väheneb, viib see nägemisnärvi kärbumiseni. LHON pärandub edasi emaliini pidi.
Pearsoni luuüdi-pankrease (marrow-pancreas) sündroom avaldub lastel ja on tavaliselt surmaga lõppev. Haiguse süvenedes väheneb luuüdi rakkude arv. Pearsoni sündroomi põhjustab suur deletsioon mtDNA-st. Kuna sündroomi pole kunagi kirjeldatud vanematel, peavad muutused mtDNA-s olema toimunud kas ema sugurakkude oogeneesis või lapse varajase arengu käigus. Pearsoni sündroomiga haigetel on rakkudes segu normaalse ja mutantse genoomiga mitokondritest. Kunagi pole leitud haigeid, kelle mitokondrid oleksid kõik deletsiooniga. Ilmselt hukkuvad sellise genotüübiga looted juba väga varajases staadiumis.
Kloroplastide molekulaargeneetika
Plastiidid on taimeorganellid, mis on botaanikute poolt jagatud 3 rühma: kromoplastid (sisaldavad pigmenti), amüloplastid (sisaldavad tärklist) ja elaioplastid (sisaldavad õlisid ja lipiide). Kõik need 3 tüüpi plastiide arenevad väikestest membraan-seoselistest proplastidest ja sisaldavad sama geneetilist materjali. Vastavat DNA-d on hakatud tähistama cpDNA (chloroplast DNA).
cpDNA
Kõrgematel taimedel on cpDNA 120 kb suurune rõngasmolekul. Vetikatel on cpDNA suurus varieeruvam, jäädes tavaliselt vahemikku 85 - 292 kb. Erandiks on rohevetikas perekonnast Acetabularia, mille cpDNA on üle 2000 kb. cpDNA molekulide arv raku kohta sõltub kloroplastide arvust ja cpDNA molekulide koopiaarvust kloroplasti kohta. Näiteks üherakulisel vetikal Chlamydomonas on ainult üks kloroplast ja see sisaldab 100 koopiat cpDNA-d. Ainuraksel Euglena gracilis on raku kohta 15 kloroplasti, mis kõik sisaldavad 40 koopiat cpDNA-d. Põhimõtteliselt sisaldavad kõik cpDNA molekulid sama geneetilist informatsiooni, kuid erinevatel liikidel on geenid erinevalt organiseeritud. Nad kannavad informatsiooni ribosomaalse RNA, tRNA, mõnede ribosoomivalkude ja mitmete polüpeptiidide kohta, mis sisalduvad fotosüsteemis (näit. ribuloos 1,5-bifosfaadi karboksülaasi katalüütiliselt aktiivne subühik). cpDNA kodeerib ka kloroplasti-spetsiifilise RNA polümeraasi 4 subühikut.
Mõnede taimede cpDNA on täielikult sekveneeritud. Näiteks Marchantia polymorpha cpDNA on 121024 bp suurune, kodeerib 136 geeni, millest kõigi funktsioon pole praeguseks veel teada. Tubaka Nicotiana tobacum cpDNA on suurem (155844 bp), sisaldades ligikaudu 150 geeni. Enamus cpDNA molekule sisaldavad pikki pöördkordusjärjestusi (10 – 76 kb), milles asuvad ribosomaalse RNA geenid.
Kloroplastide biogenees
Nagu juba eelpool mainitud, arenevad kõik plastid proplastidest. Kloroplastide puhul on nende areng stimuleeritud valguse poolt ning sellesse on kaasatud paljude erinevate geenide transkriptsioon. Mõned neist geenidest paiknevad ka rakutuumas. Vastavat protsessi nimetatakse biogeneesiks. Biogeneesi molekulaarne mehhanism pole praeguseks veel täielikult välja selgitatud. On teada, et valguse mõjul aktiveerub tuumas asuv geen, mis kodeerib ribuloos 1,5-bifosfaadi karboksülaasi subühikut. Samuti ekspresseeruvad mitmed pigmenteerunud valgud fütokroomid. Nad on võimelised valguseenergiat absorbeerides aktiveerima teisi valke, mis omakorda käivitavad järgmiste kloroplastide biogeneesis osalevate geenide töö.
Mitokondrite ja kloroplastide päritolu
Esimesed rakulised organismid Maal olid arvatavasti prokarüoodid. Neil puudusid nii rakutuum kui ka tsütoplasma organellid. Samuti olid nad heterotroofid, olles võimelised paljunema toitainete varal, mida said ümbritsevast keskkonnast. CO2 akumuleerumisel atmosfääri tekkis võimalus fotosünteesivate organismide evolutsioneerumiseks. Esimesed fotosünteesijad olid arvatavasti tsüanobakterid. Fotosünteesi tagajärjel hakkas atmosfääri kogunema hapnikku ja see omakorda andis võimaluse aeroobse metabolismi väljakujunemiseks 1 – 2 miljardit aastat tagasi. Ka esimesed aeroobsed organismid olid eeltuumsed. Eukarüootsed organismid ilmusid 1 – 1,5 miljardit aastat tagasi. Esimesed teadaolevad eukarüoodid olid filamentsed rohevetikad. Tõenäoliselt sisaldasid nad nii kloroplaste kui ka mitokondreid, kuna olid võimelised fotosünteesima ja sünteesisid ATP-d. Arvatakse, et eukarüootsed organellid on välja kujunenud endosümbioosi teel, kus üks sümbioosi partneritest elab teise sees. Mitokondrite ja kloroplastide eellasteks peetakse baktereid. Nagu bakterid, sisaldavad ka mõlemad organellid tsirkulaarset kromosoomi. Neil on oma ribosoomid ja näiteks kloroplastide RNA polümeraas sarnaneb bakterite RNA polümeraasile. Osa mitokondrite ja kloroplastide geene on sarnased bakterite geenidele. Mitokondrite ribosomaalse RNA geenid on kõige lähedasemas suguluses purpursete fotosünteesivate bakterite vastavate geenidega. Kloroplastide ribosoomivalkude geenid on samuti sarnased bakterite ribosoomivalkude geenidega. Kõik need faktid viitavad sellele, et mõned bakterid kolisid elama primitiivsetesse eukarüoodi rakkudesse, leides endale sel viisil stabiilsema elukeskkonna, kus toituda ja paljuneda. Eukarüoodirakk sai omalt poolt vastutasuks võimaluse kasutada bakteri poolt talletatud energiat. Ajajooksul genoomid spetsialiseerusid ning organellide geneetiline materjal lihtsustus.
Kaasaegsed kloroplastid ja mitokondrid poleks võimelised rakuväliselt toime tulema. Nii DNA kui ka RNA polümeraasid, samuti osa tRNA-sid ja enamus ribosoomivalke on kodeeritud rakutuumas asuvate geenide poolt. Evolutsiooni käigus toimus ka geneetilise materjali segunemine erinevate genoomide vahel. Näiteks mõnede kõrgemate taimede mtDNA sisaldab cpDNA tRNA geeni ja ühel liigil on leitud mtDNA koostises ka kloroplasti geen, mis kodeerib ribuloos 1,5-bifosfaadi karboksülaasi suurt subühikut. Sama ensüümi väikest subühikut kodeeriv geen paikneb tavaliselt rakutuumas, kuid mõnedel vetikaliikidel on ta kloroplastide genoomis.
Võrreldes tuumageenide evolutsioneerumise kiirusega toimub mitokondrionaalsete geenide evolutsioneerumine kuni 10 korda kiiremini. Seda on olnud varmad ära kasutama molekulaarse evolutsiooni uurijad, kuna mtDNA-s tekkinud mutatsioonide analüüs võimaldab dateerida evolutsioonilisi sündmusi täpsemalt kui tuumageenides toimunud mutatsioonide analüüs. mtDNA analüüs võimaldab rekonstrueerida ka sündmusi, mis eluslooduse evolutsiooni seisukohalt on toimunud alles suhteliselt hiljuti, nii 10000 - 15000 aastat tagasi.
5. Molekulaargeneetika
meetodid
Kaasajal kasutatakse geenide molekulaarseks analüüsiks rekombinantse DNA tehnoloogiat. Tehnoloogia põhineb DNA fragmentide isoleerimisel genoomist ning viimisel väikestesse replitseeruvatesse DNA molekulidesse – kloneerimisvektoritesse, mis võimaldavad rekombinantset DNA-d amplifitseerida, saada selle paljundamisel koopiaid e. kloone. Vastavat protseduuri nimetatakse geenide kloneerimiseks. Kloneerimisel on mitmeid rakendusi:
1) DNA primaarjärjestuse määramine
2) geeni(de) avaldumise regulatsiooni uurimine
3) geeniproduktide funktsioonide uurimine
4) geenitehnoloogia
Paljude kloneerimisvektorite konstrueerimisel on kasutatud bakteriofaagide genoomi ja bakterite ekstrakromosomaalseid elemente - plasmiide. Need võimaldavad DNA fragmenti amplifitseerida ja selles sisalduva geneetilise informatsiooni avaldumist uurida bakterirakus. Lisaks on konstrueeritud hulgaliselt ka eukarüootseid vektoreid, mis põhinevad enamasti eukarüoodi viiruste genoomidel.
Rekombinantse DNA tehnoloogia muutis võimalikuks restriktsiooniliste endonukleaaside e. restriktaaside kasutuselevõtmine. Restriktaaside olemasolu ilmnes Werner Arber’i poolt 1960-ndatel aastatel teostatud katsetes bakteriofaagidega, kus selgus, et bakteriofaagide paljunemine oli teatud bakteritüvedes piiratud. Restriktsioonilised endonukleaasid avastati 1970-ndal aastal Hamilton Smith’i ja Daniel Nathans’I poolt. Rekombinantse DNA tehnoloogias kasutatakse tüüp II restriktaase. Need ensüümid lõikavad DNA fragmentideks (lõhuvad DNA ahela fosfodeestersidemed) spetsiifilistest palindroomsetest järjestustest. Sageli lõikavad nad DNA vastasahelaid erinevatest kohtadest, produtseerides sel juhul “kleepuvate otstega” DNA fragmente (DNA üksikahelalised otsad on omavahel komplementaarsed). Sama restriktaasi poolt äratuntavaid DNA järjestusi on genoomis palju. Rekombinantse DNA konstrueerimiseks kasutatakse kloneerimisvektoreid. Kui nii kloneerimisvektori DNA-d kui ka kloneeritavat DNA-d on lõigatud ühe ja sama restriktaasiga, saame kloneerimisvektori otste vahele “kleepida” uuritava DNA lõigu. Fosfodiestersidemete moodustumiseks kloneerimisvektori DNA ja uuritava DNA lõigu otste vahele kasutatakse ensüümi DNA ligaas. Esimene rekombinantne DNA molekul konstrueeriti Stanfordi Ülikoolis Paul Berg’i laboris, kus faag lambda geenid olid viidud ahviviiruse SV40 genoomi. SV40 genoom on dsDNA rõngasmolekul. Veidi hiljem viisid Stanley Cohen ja tema kolleegid EcoRI-ga lõigatud DNA fragmendi bakteri plasmiidi ja näitasid rekombinantse DNA replitseerumist E. coli rakkudes. Võrreldes varasemate geneetiliste katsetega avas rekombinantse DNA tehnoloogia täiesti uued perspektiivid molekulaargeneetikas.
Rekombinantse DNA isoleerimiseks ja amplifitseerimiseks peavad kloneerimisvektoril olema järgmised omadused:
1. Võime iseseisvalt replitseeruda (sisaldab ori piirkonda (DNA replikatsiooni alguspunkt) ja replikatsiooni initsiaatorvalgu geeni).
2. Sisaldab dominantset selektiivset markergeeni. Tavaliselt on selleks antibiootikumi resistentsusgeen.
3. Sisaldab unikaalseid restriktaaside lõikesaite. Selleks, et saaks kombineeritult kasutada erinevaid restriktaase, on paljudesse vektoritesse viidud sünteetiline DNA järjestus, mis sisaldab unikaalseid lõikesaite erinevatele restriktaasidele. Seda DNA järjestust nimetatakse polülinkeriks e. multikloneerimissaidiks.
Plasmiidsed vektorid
Plasmiidsed vektorid võimaldavad kloneerida väikeseid DNA fragmente. Kõige esimesena kasutati kloneerimisvektorina plasmiidi nimetusega pSC101, mis kodeerib resistentsust tetratsükliinile ja sisaldab unikaalset EcoRI saiti. Seejärel võeti laialt kasutusele plasmiid pBR322 ning praegu kasutatavatest vektoritest on suur osa pBR322 derivaadid, mis sisaldavad pBR322 ori piirkonda.
1. Üldise funktsiooniga vektorid
a) Insertsioonilise inaktivatsiooniga vektorid - sel juhul on kloneerimissaidid viidud vektoris olevasse geeni, mille avaldumist on lihtne testida (näiteks ravimiresistentsusgeenid - pBR322-s asuva tet geeni inaktivatsioon; värvusreaktsiooni kaudu testitav lacZ geeni inaktivatsioon pUC18 ja pUC19 vektorites).
E. coli’s olev lacZ geen kodeerib b-galaktosidaasi, mis lagundab laktoosi glükoosiks ja galaktoosiks. Funktsionaalse b-galaktosidaasi olemasolu rakkudes saab testida värvusreaktsiooni abil. See ensüüm on võimeline lagundama substraati X-gal (5-bromo-4-kloro-3-indolüül-b-galaktosiid), mille tulemusena tekib sinist värvi produkt bromokloroindool. Seetõttu on aktiivset b-galaktosidaasi sisaldavate rakkude kolooniad X-gal-i sisaldavatel söötmetel sinist värvi. Rakud, milles b-galaktosidaas on inaktiivne, moodustavad X-gal-i söötmetel aga valgeid kolooniaid. Geenide kloneerimisel värvusreaktsiooni testimisel põhinevatesse vektoritesse kasutatakse E. coli tüvesid, kus lacZ geen on defektne. Defektne geen kodeerib valku, mille N-terminaalsest järjestusest on deleteerunud aminohapped 11-st kuni 14-nda positsioonini. Deletsiooni tõttu ei moodusta polüpeptiidid ensümaatiliselt funktsionaalset tetrameeri. Kloneerimisvektorisse on viidud on lacZ geeni järjestus, mis kodeerib b-galaktosidaasi N-terminaalset segmenti. See segment komplementeerib bakteriraku kromosoomis või F plasmiidis oleva lacZ geeni mutatsiooni. Kloneerimisvektoris oleva lacZ geeni algusossa on konstrueeritud kloneerimissaidid. Kui kloneerimissaitidesse inserteerida võõrast DNA-d, inaktiveerub lacZ geeni järjestus ja komplementatsiooni ei toimu. Rakud, mis sisaldavad rekombinantset plasmiidi, moodustavad X-gal söötmetel valgeid kolooniaid.
b) Positiivse selektsiooniga vektorid - fragmendi inserteerimine vektorisse derepresseerib seal teatud geneetilise markeri. Näit. vektoris pUN121 on kloneerimissaidid viidud tet repressorisse. Fragmendi inserteerumise tulemusena avaldub tetratsükliini resistentsus.
2. Ekspressioonivektorid
Insereerunud DNA-s sisalduvaid geene transkribeeritakse vektoris oleva promootori alt. Näit. pUC18 & pUC19 sisaldavad lac geenide (laktoosi metabolism) promootorit. Enamasti on transkriptsioon promootoritelt reguleeritav induktori lisamisega bakterite kasvukeskkonda.
3. Promootorite või
transkriptsiooni terminaatorjärjestuste testimine
Võimaldavad isoleerida DNA fragmente, mis sisaldavad promootorit või transkripsiooni terminaatorit. Jälgitakse vastavalt kas testgeeni transkriptsiooni aktivatsiooni või terminatsiooni.
Kosmiidid
Kosmiidid on 4 - 6 kb suurused plasmiidid, mis sisaldavad faag lambda cos järjestusi. Lisaks sellele sisaldavad nad antibiootikumi resistentsusgeeni plasmiidi sisaldavate bakterirakkude selektsiooniks, järjestusi plasmiidi replikatsiooniks ja unikaalseid restriktsioonisaite kloneerimiseks. cos järjestused (cohesive ends) tuntakse ära faag lambda pakkimisaparaadi poolt, lõikamisel cos saidist tekivad 12-bp ssDNA otsad.
Kosmiidid võimaldavad kloneerida suuri, kuni 45 kb pikkusi DNA fragmente. Seetõttu kasutatakse kosmiide sageli ka genoomsete DNA raamatukogude tegemiseks. Rekombinantse DNA molekulid pakitakse in vitro faagi kapsiidi. Kuna pakkimisel on olulised ainult cos saidid ja DNA molekuli pikkus, pakitakse ainult rekombinantsed DNA molekulid kindla insertsiooni pikkusega. Nakatatud rakkudes replitseerub vektor nagu plasmiid, selektsiooniks on ravimi resistentsusgeeni avaldumine.
Fagemiidid
Sisaldavad plasmiidi replikatsiooni initsiatsiooniks vajalikke järjestusi, selektsioonimarkerit ning filamentse faagi genoomi. DNA fragmente kloneeritakse fagemiididesse ja rekombinantset DNA-d paljundatakse samal viisil nagu plasmiidide puhul. Rakkude nakatamisel sobiva helperfaagiga toimub ümberlülitumine plasmiidi replikatsioonilt üksikahelalise DNA replikatsioonile. Fagemiidide puhul on võimalik eraldada nii dsDNA-d kui ka ssDNA-d. ssDNA-d eraldatakse faagipartiklitest ja sellel on mitu kasutust:
DNA nukleotiidse järjestuse määramine
DNA koht-suunatud mutagenees
ahela-spetsiifiliste DNA proovide valmistamine nukleiinhapete hübridisatsiooniks
Vektorid bakteriofaagide DNA-st
Kasutatakse nii ssDNA kui ka dsDNA faagide genoome.
1. ssDNA faagid (filamentsed)
f1, M13
Filamentsed faagid nakatavad rakke F-pilide kaudu. Seetõttu peavad nakatatavad rakud olema “isased”, s. t. sisaldama F-plasmiidi. Filamentsete faagide genoomiks on ssDNA, mis on kodeeriv ahel e. (+) ahel. ssDNA genoomi paljundamine toimub üle dsDNA vahevormi, mida nimetatakse replikatiivseks vormiks RF.
M13 genoomi baasil on konstrueeritud vektorid M13mp18 ja M13mp19. Nad sisaldavad sama multikloneerimissaiti nagu pUC19 ja pUC18 ja lacZ geeni järjestust. Rekombinantsete plasmiidide teket testitakse värvusreaktsiooni kaudu. Faagipartiklisse pakitakse alati (+) ahel. Sõltuvalt fragmendi orientatsioonist vektori replikatsiooni alguspunkti suhtes on võimalik ssDNA-na amplifitseerida valikuliselt kas ühte või teist kloneeritud DNA ahelatest. ssDNA isoleeritakse faagipartiklitest, dsDNA (RF) isoleerimine toimub aga rakkudest.
2. dsDNA faagid
Enamus kloneerimisvektoreid on konstrueeritud faag lambda DNA põhjal. Need võimaldavad kloneerida suuri DNA fragmente. Välja on töötatud süsteemid, mis takistavad mitterekombinantide paljunemist. Erinevad rekombinantsed molekulid katavad kogu genoomi. Rekombinantsete molekulide panka nimetatakse ka DNA raamatukoguks. Rekombinantseid DNA molekule sisaldavaid faagipartikleid sisaldavat lüsaati säilitatakse 4° C juures 0,3% kloroformi juuresolekul.
Eukarüootseid vektoreid on konstrueeritud rekombinantse DNA amplifitseerimiseks ja ekspressiooni uurimiseks nii pärmi S. cerevisiae, äädikakärbse D. melanogaster kui ka imetajate, taimede ja teiste organismide rakkudes. Nende üldpõhimõte on sama, mis bakterite kloneerimisvektoritelgi. Loodud on ka vektoreid, mis on korraga võimelised replitseeruma erinevates organismides, näiteks bakteris ja pärmis. Sel juhul sisaldab vektor replikatsiooniks nii bakteri kui ka eukarüoodi ori järjestusi.
Plasmiidide või viiruste baasil konstrueeritud vektorid ei võimalda kloneerida üle 45 kb pikkuseid DNA fragmente. Mõned eukarüootsed geenid on aga liiga suured, et neid sellistesse vektoritesse viia. Näiteks inimese düstrofiini kodeeriv geen asub 2000 kb pikkuses alas. Suuemate DNA segmentide kloneerimiseks kasutatakse pärmi kunstlikke kromosoome YAC-e (yeast artificial chromosomes), mis lubavad kloneerida 200 – 500 kb suuruseid fragmente. YAC-id sisaldavad pärmi replikatsiooni ori piirkonda, pärmi tsentromeeri, kahte pärmikromosoomi telomeeri molekuli mõlemas otsas, selektiivset markerit ja multikloneerimissaiti. Pärmi replikatsiooni ori järjestust nimetatakse ARS (autonomously replicating sequence) elemendiks. Selektiivseks markeriks on tavaliselt metsiktüüpi geen, mis taastab peremeesraku prototroofsuse. Näiteks markerit URA3+ kasutatakse URA3- auksotroofide (ei ole võimelised kasvama minimaalsöötmel, kuhu pole lisatud uratsiili) transformatsiooniks. YAC vektoreid on palju kasutatud inimese genoomi projekti HUGO raames.
Suurte DNA fragmentide kloneerimisel on hiljuti kasutusele võetud ka bakterite kunstlikud kromosoomid BAC-id (bacterial artificial chromosomes), millel on eeliseid YAC-ide ees. BAC-id on konstrueeritud F plasmiidi baasil ja on YAC-idega võrreldes vähem komplekssed. Nad replitseeruvad E. coli rakkudes sarnaselt plasmiididega.
DNA raamatukogude konstrueerimine ja analüüs
Huvipakkuva geeni kloneerimine organismi genoomist algab tavaliselt genoomse DNA raamatukogu (ingl. k. library) konstrueerimisest. Genoomne DNA raamatukogu sisaldab erinevaid DNA kloone, mis katavad summaarselt kogu genoomi. Võimalik on konstrueerida ka kromosoomi-spetsiifilisi DNA raamatukogusid. Alternatiivne võimalus geenide kloneerimiseks on lähtuda rakkudest isoleeritud mRNA-st. Sel juhul sünteesitakse mRNA-lt pöördtranskriptaasiga komplementaarne DNA ahel cDNA (complementary DNA). cDNA viiakse kaksikahelaliseks DNA polümeraasi abil ja kloneeritakse seejärel plasmiidi või viiruse genoomil põhinevasse vektorisse. cDNA raamatukogu sisaldab ainult ekspresseeruvate geenide kodeerivaid järjestusi.
Genoomse raamatukogu konstrueerimisel eraldatakse totaalne DNA, lõigatakse seda restriktaasidega ning DNA fragmendid inserteeritakse kloneerimisvektorisse. DNA fragmentide ja vektori DNA molekuli kleepuvad otsad võivad olla tekitatud kas restriktaasi poolt või on nad molekulide tömpidele otstele lisatud. Kui DNA-d on lõigatud restriktaasiga, mis genereerib tömbid otsad, töödeldakse nii vektorit kui fragmente esmalt faag lambda eksonukleaasiga (DNA “süüakse” ahelate 5’ otstest lühemaks) ning seejärel lisatakse 3’ üksikahelalistele otstele terminaalse transferaasi abil nukleotiide. Tavaliselt lisatakse vektori DNA-le polü-A sabad ja genoomse DNA fragmentidele polü-T sabad. Järgnevalt liidetakse genoomse DNA fragmendid vektoriga DNA-ga. Kuna sünteesitud polü-A ja polü-T järjestused ei pruugi ühepikkused olla, lisatakse reaktsioonisegusse ka E. coli eksonukleaas III, mis lagundab rekombinantsetest rõngasmolekulidest väljaulatuvad üksikahelalised otsad. DNA polümeraasi I abil sünteesitakse üksikahelalistele DNA piirkondadele komplementaarne järjestus ning T4 DNA ligaas ühendab vektori ja inserteeritava DNA otsad, moodustades otste vahele fosfodiestersidemd. Rekombinantsete DNA molekulide paljundamiseks transformeeritakse nende seguga E. coli rakke. Transformante selekteeritakse vektoris sisalduva antibiootikumi resistentsusmarkeri järgi. Selleks, et genoomses raamatukogus sisalduksid kõik genoomi järjestused, on vaja produtseerida teatav arv rekombinantseid kloone. Rekombinantsete kloonide arv N sõltub genoomi suurusest. Kui me eeldame, et kõigil DNA fragmentidel on võrdne võimalus saada inserteeritud kloneerimisvektorisse, saame arvutada kloonide hulga, mis on vajalik, et antud tõenäosusega P isoleerida meid huvitav rekombinantse DNA kloon.
ln (1 – P)
N = _____________
ln (1 – f)
f näitab seda, kui suure fraktsiooni genoomist võtab enda alla keskmise pikkusega DNA fragment DNA raamatukogus.
Arvutame näiteks kloonide arvu, mis on vajalik selleks, et äädikakärbse genoomses raamatukogus oleksid 99% tõenäosusega esindatud kõik genoomi järjestused. Drosophila genoom on suurusega 105 kb. Juhul, kui kasutame vektorina kosmiidi, kloneeruvad keskmiselt 40 kb suurused DNA fragmendid.
ln (1 – 0,99)
N = ______________________ = 11513
ln (1 – 40/100000)
cDNA raamatukogu konstrueerimine
Kõrgemate loomade ja taimede genoomis on palju DNA järjestusi, mis on geneetiliselt inaktiivsed. Funktsionaalsete DNA järjestuste kloneerimiseks on otstarbekas sünteesida rakus ekspresseeruvale mRNA-le komplementaarne DNA. Kuna enamus eukarüootseid mRNA molekule sisaldavad 3’ otsas polü-A saba, kasutatakse DNA sünteesil praimerina polü-T oligomeere. cDNA sünteesil ja kloneerimisel kasutatakse mitmeid erinevaid ensüüme. Kõigepealt sünteesib pöördtranskriptaas e. revertaas mRNA-le komplementaarse DNA ahela. Seejärel konverteeritakse RNA-DNA dupleks dsDNA molekuliks ribonukleaas H, DNA polümeraas I ja ligaasi abil. Ribonukleaas H degradeerib RNA ahela. RNA degradatsioonil tekkinud lühikesed fragmendid on praimeriteks DNA sünteesil. DNA teise ahela sünteesib DNA polümeraas I, mis ühtlasi kõrvaldab molekulist ka RNA praimerid, asendades RNA järjestuse DNA järjestusega. Seejärel parandab DNA ligaas sünteesitud DNA molekulis üksikahelalised katked. Kaksikahelalised cDNA molekulid inserteeritakse vektorisse eelpool kirjeldatud strateegia alusel, kus oli vaja kasutada kleepuvate otste tekitamiseks terminaalset transferaasi.
Huvipakkuva geeni isoleerimine DNA raamatukogust
Inimese genoom on 3 x 109 bp suurune. Seega tuleb konkreetse DNA fragmendi ülesleidmiseks inimese DNA raamatukogust läbi testida ligi miljon klooni. Geenide isoleerimiseks DNA raamatukogust kasutatakse einevaid meetodeid. Kõige võimsam meetod huvipakkuva DNA järjestuse isoleerimiseks on metsiktüüpi fenotüübi taastamine komplementatsiooni tulemusena. Kui geneetilist selektsiooni ei ole võimalik rakendada, tulevad appi nukleiinhapete hübridisatsiooni meetodid ja immunoloogilised meetodid.
Geneetiline selektsioon
Geneetilist selektsiooni on rakendatud näiteks Salmonella typhimurium’i puhul penitsilliini resistentsusgeeni isoleerimisel. Kõigepealt konstrueeriti penitsilliini resistentse S. typhimuriumi bakteritüve genoomne raamatukogu ja seejärel transformeeriti penitsilliini-tundlikke E. coli rakke rekombinantsete DNA molekulidega, selekteerides baktereid penitsilliini sisaldavatel söötmetel. Bakterid, mis selektiivsöötmel kasvama hakkasid, sisaldasid rekombinantses plasmiidis huvipakkuvat DNA järjestust. Geneetilisel selektsioonil kasutatakse sageli mutantide komplementeerimist. Mõnede geenide osas on võimalik E. coli mutante komplementeerida ka eukarüootsete DNA järjestustega. Näiteks E. coli His- auksotroofsed mutandid on komplementeeritavad pärmi S. cerevisiae histidiini biosünteesi kodeerivate geenide poolt. Maisist isoleeritud glutamiini süntetaasi kodeeriv geen on samuti võimeline komplementeerima E. coli vastavat mutanti. Kuna eukarüootsed geenid sisaldavad introneid, kuid bakterites RNA splaissingut ei toimu, on komplementatsioonikatsed E. coli mutantidega piiratud cDNA kasutamisega (cDNA on sünteesitud eukarüoodi rakus mRNA-lt, milles splaissing on juba toimunud). Kuna geenide avaldumise regulatsioon bakterirakus ja eukarüoodis on siiski erinev, eelistatakse eukarüootsete DNA raamatukogude analüüsimisel komplementeerida S. cerevisiae mutante.
Molekulaarne hübridisatsioon
Kui genoomse raamatukogu koostamisel on kasutatud plasmiidseid vektoreid, hübridiseeritakse in situ transformantide kolooniaid, kui kosmiide, siis faagilaike. Hübridisatsiooniprotseduur on mõlemal juhul sama. Vaatleme järgnevalt detailsemalt kolooniahübridisatsiooni. Transformantide kolooniatest tehakse jäljendid nitrotselluloos- või nailonfiltritele, filtrile kandunud rakud lüüsitakse kohapeal, nukleiinhape immobiliseeritakse filtrile ning seejärel hübridiseeritakse filtril olevaid DNA-sid radioaktiivse DNA või RNA sondiga, mis sisaldab homoloogilisi järjestusi meile huvitavale geenile. Seejärel pestakse filtreid puhverlahustega, et kõrvaldada mittehübridiseerunud radioaktiivne materjal ning filtreid eksponeeritakse röntgenfilmile. Filmid ilmutatakse. Need kohad filtril, kuhu on kinnitunud radioaktiivne märge, ilmuvad filmile tumedate plekkidena. Plekkide asukoht filtril võimaldab lokaliseerida söötmel need kolooniad, mis sisaldavad rekombinantses plasmiidis meile huvipakkuvat geeni.
DNA, RNA ja valkude molekulaarne
analüüs
DNA analüüs “Sothern blot” meetodil
DNA molekulid on negatiivselt laetud. Geelelektroforesil liiguvad DNA fragmendid “-“ elektroodilt “+” elektroodi suunas. Geel valmistatakse kas agaroosist või akrüülamiidist. Mida suuremad on DNA fragmendid, seda enam takerduvad nad geeli graanulite taha ja liiguvad seetõttu võrreldes väiksemate DNA molekulidega geelis aeglasemalt. Kui agaroosgeeli on värvitud etiidiumbromiidiga (etiidiumbromiid seondub DNA kaksikheeliksi väiksesse vakku) on DNA fragmendid geelis UV-lambiga vaadates nähtavad.
1975-ndal aastal publitseeris E. M. Southern meetodi, mis võimaldas DNA fragmentide parvest lokaliseerida need fragmendid, mis sisaldasid huvipakkuvat järjestust. Selleks DNA restrikteeriti, DNA fragmendid lahutati geelis elektroforeesil ning voolutati geelist nitrotselluloosfiltrile. “Blotting-paper” tähendab ingl. k. kuivatuspaberit. Geelile asetati nitrotselluloosfilter ja sellele otsa virn filterpabereid, mis imasid vedelikku üles, tõmmates sellega DNA geelist filtrile. Järgnes hübridisatsiooniprotseduur, mis on tuttav juba eelpoolkirjeldatud kolooniahübridisatsioonist. Huvipakkuvate DNA fragmentide pikkust näitas filtril oleva hübridisatsioonisignaali asukoht. Radioaktiivse sondi (DNA või RNA proovi) valmistamiseks on mitu võimalust:
1) radioaktiivselt märgitud nukleotiidtrifosfaadi (sisaldab 32P isotoopi) lisamine DNA molekuli otstesse polünukleotiidi kinaasiga.
2) dsDNA märkimine “nick-translation” meetodil. Endonukleaas teeb DNA molekuli üksikahelalisi katkeid (ingl. k. “nicks”). Kuna E. coli DNA polümeraasil I on nii 5’® 3’ eksonukleaasne aktiivsus kui ka 5’®3’ polümeraasne aktiivsus, asendab ta märgitavas DNA fragmendis mitteradioaktiivsed nukleotiidid radioaktiivsetega.
3) Radioaktiivse RNA sünteesimine in vitro.
Järgmine teadlane, kes töötas välja RNA-de identifitseerimise meetodi, mis põhines RNA-de lahutamisel geelelektoforeesil ning nende hübridiseerimisel radioaktiivse prooviga filtritel, ei olnud Nothern, kuid hea algus meetodite nimetamisele oli “Southern bloti” näol juba tehtud. “Nothern blot” meetodi põhimõte ei erine “Southern blot” meetodi põhimõttest. Ainus erinevus on filtrile kantavas nukleiinhappes ja geelelektroforeesi tingimustes. RNA geele lastakse denatureerivas geelis (näiteks formaldehüüdi juuresolekul). Seda tehakse RNA sekundaarstruktuuride vältimiseks. Vastasel juhul liiguks RNA geelis hajusalt ja erinevaid RNA-sid poleks geelis suuruse järgi võimalik lahutada. “Nothern blot” võimaldab analüüsida, kas ja mis tingimustel huvipakkuv geen rakus avaldub.
Polüakrüülamiidgeel-geelelektroforeesil on võimalik suuruse
järgi lahutada erinevaid polüpeptiide. Paljud funktsionaalsed valgud koosnevad
mitmest polüpeptiidist. Polüpeptiidide separeerimiseks geelis kasutatakse
naatriumdodetsüül sulfaati (SDS), mis denatureerib valgud. Polüpeptiide saab
geelis visualiseerida geeli värvimisel Coomassie sinisega või hõbeda sooladega.
Valkude ülekandmist polüakrüülamiidgeelist nitrotselluloosfiltrile teostatakse
elektriväljas ning vastavat protseduuri nimetatakse Western blotting’uks.
Filtrit töödeldakse lahusega, mis sisaldab analüüsitava valgu vastaseid antikehi.
Valguga seondunud antikeha lokaliseeritakse sekundaarse antikehaga, mida on
võimalik tuua nähtavaks näiteks ensümaatilise reaktsiooniga.
6. Genoomi
uuringud (genomics)
Genoomi uuringud võib jaotada kaheks:
1.
Struktuuri uuringud (structural genomics) - erinevate organismide genoomi kaardistamine
ja primaarstruktuuri määramine.
2.
Funktsiooni uuringud (functional genomics) - uuritakse organismi kõigi geenide avaldumist
organismi kasvu ja arengu erinevatel etappidel ning erinevatel
keskkonnatingimustel.
Geenide
ja kromosoomide molekulaarne analüüs
Genoomi füüsilise kaardistamise lõppetapiks on genoomi
nukleotiidse järjestuse määramine. Nukleotiidse järjestuse määramist
nimetatakse sekveneerimiseks. Praeguseks on sekveneeritud paljude viiruste ja
bakterite genoomid, aga ka mõnede eukarüootide, näiteks S. cereviae ja C. elegans
genoomid ja inimese genoom. Enne genoomi sekveneerimist koostatakse
kromosoomide restriktsioonikaart.
DNA
molekulide restriktsioonikaardi koostamine
Restriktaasid lõikavad DNA-d sait-spetsiifiliselt.
Restriktsioonifragmentide suurust on võimalik hinnata geelelektroforeetliselt,
kasutades fragmentide suurusmarkeriteks kindla pikkusega DNA fragmente.
Kombineerides erinevaid restriktaase ja analüüsides tekkinud fragmentide
suurusi on võimalik koostada erinevate genoomide või plasmiidide
restriktsioonikaarte. Väiksemate DNA molekulide kaardistamisel tähistatakse
restriktaasi lõikamise tulemusena tekkinud fragmendid alfabeetiliselt,
alustades kõige suuremast fragmendist. Näiteks 6000 bp DNA molekuli HindIII-ga lõikamise tulemusel tekkinud
3 fragmenti suurustega 4000 bp, 1500 bp ja 500 bp tähistatud fragmentidena A, B
ja C. Restriktsioonikaarte kombineeritakse geneetiliste kaartidega. Nii võime
näiteks öelda, et teatav geen paikneb HindIII
fragmendis B.
DNA
nukleotiidse järjestuse määramine
1976-ndal aastal sekveneeriti bakteriofaagi FC174 genoom. See oli esimene genoomi
primaarjärjestus. Praeguseks on DNA primaarjärjestuse määramine muutunud
rutiinseks tegevuseks. DNA sekveneerimise muutsid võimalikuks rekombinantse DNA
tehnoloogia, mille tulemusena suudeti genoomi spetsiifilist segmenti paljundada
ja geelelektroforeesi kasutamine erineva pikkusega DNA fragmentide
lahutamiseks. DNA sekveneerimine põhineb DNA fragmentide populatsiooni
analüüsil, kus kõik fragmendid algavad samast nukleotiidist kuid lõpevad
sellest statistiliselt erinevatel kaugustel. Korraga analüüsitakse nelja
fragmentide segu, millest ühes lõpevad kõik fragmendid suvalisest G
nukleotiidist, teises A nukleotiidist, kolmandas T nukleotiidist ja neljandas C
nukleotiidist.
DNA sekveneerimiseks kasutatakse nii keemilist kui ka
ensümaatilist meetodit. Keemilise meetodi töötasid välja Maxam ja Gilbert ja see
meetod põhineb keemilistel reaktsioonidel, mis võimaldavad DNA ahelat
spetsiifiliselt katkestada kas A, G, C või C + T kohalt. Keemiline meetod oli
laiemalt kasutusel DNA sekveneerimise algaastatel.
Ensümaatilise meetodi töötasid välja Sanger ja tema kolleegid. Nad viisid läbi DNA in vitro sünteesi, kus reaktsioonisegusse on lisatud DNA polümeraas
(tavaliselt on selleks faagi T7 polümeraas või selle modifitseeritud variant),
4 erinevat deoksüribonukleotiidi, radioaktiivselt märgitud deoksüribonukleotiid
ja 4 spetsiifilist terminaatornukleotiidi. Selle tulemusena tekivad
radioaktiivselt märgistatud DNA fragmendid, mis algavad kõik samast kohast,
kuid nende süntees on termineerunud erinevatest kohtadest.
Terminaatornukleotiididena kasutatakse dideoksüribonukleotiide (ddNTP), mis
blokeerivad DNA ahela edasise sünteesi. ddNTP-d lülituvad sünteesitavatesse DNA ahelatesse statistiliselt.
Reaktsioon viiakse läbi 4 paralleelina, kus reaktsioonisegussse, mis sisaldab
tavalisi nukleotiide, on lisatud ka kas ddATP, ddGTP, ddCTP või ddTTP. Seejärel
reaktsioonisegud denatureeritakse, et vabastada sünteesitud DNA fragmendid
matriitsahelalt ja fragmendid lahutatakse polüakrüülamiidgeelis. Neljast
erinevast nukleotiidist termineerunud reaktsioonid kantakse geelile eraldi
radadena. Geelelektroforeesi tingimused on sellised, et sünteesitud DNA
fragmendid eristuvad geelis üksteisest ühenukleotiidse täpsusega. Mida lühem on
fragment, seda kiiremini liigub ta geelis. See võimaldab DNA fragmentide
mustrist lugeda välja DNA lõigu nukleotiidset järjestust. DNA fragmendid
tuuakse nähtavale kas geelist autradiograafa tegemisel või spetsiaalse
aparatuuri abil, mis detekteerib radioaktiivset fosforit (PhosphoImager).
Praeguseks on DNA sekveneerimisel kasutusel erinevaid
Sangeri meetodi modifikatsioone. Mõned neist on kombineeritud PCR meetodiga.
Valdavalt kasutatakse sekveneerimisel automaatsekvenaatoreid.
DNA
amplifitseerimine PCR (polymerase chain reaction) meetodil
PCR meetod võimaldab genoomist spetsiifiliselt
amplifitseerida suvalist DNA järjestust. Meetodi juurutaja Kary Mullis sai selle idee eest 1993-ndal aastal Nobeli preemia.
PCR rakendamiseks on vaja teada amplifitseeritavast DNA primaarjärjestust
paljundatava DNA piirkonna mõlemas otsas. PCR toimub 3-etapiliselt:
1.
Amplifitseeritava DNA denatureerimine temperatuuri
toimel (92°C - 95°C juures).
2.
DNA renatureerimine temperatuuri langetamisel
ülehulgas lisatud sünteetiliste oligonukleotiidsete praimerite juuresolekul,
millest üks on komplementaarne amplifitseeritava DNA ühele ahelale, teine selle
vastasahelale. Selle tulemusena hübridiseeruvad praimerid amplifitseeritava DNA
ahelatega.
3.
DNA replikatsioon ahelatele kinnitunud praimerite
3’-OH otstest (temperatuur tõstetakse 72°C juurde).
Praimerite vahele jääva DNA amplifitseerimiseks korratakse
tsüklit vähemalt 20 korda: peale DNA sünteesi etappi tõstetakse jälle
reaktsioonikeskkonna temperatuuri, et DNA ahelaid denatureerida, seejärel
langetatakse temperatuuri praimerite kinnitumiseks üksikahelalisele DNA-le ja
järgneb DNA replikatsioon. PCR-i läbiviimiseks kasutatakse termostabiilset DNA
polümeraasi. Kõige levinum on Taq polümeraas, mis pärineb Thermus aquaticus’est.
PCR meetod on oluliselt lihtsustanud DNA kloneerimist ja
DNA järjestuse analüüsimist, kuna võimaldab startida väga väikesest DNA
hulgast. See meetod on leidnud laialt rakendust diagnostikas ja isikute
tuvastamises, võimaldades DNA analüüsiks spetsiifiliselt amplifitseerida DNA-d
väga väikesest koematerjali hulgast.
Kromosoomide
geneetilise, tsütoloogilise ja füüsilise kaardi kokkuviimine - geenide
positsiooniline kloneerimine
Geenide identifitseerimiseks ja isoleerimiseks tuleb
lokaliseerida nende asukoht genoomis. Geeni asukoha määramisel kromosoomis
lähtutakse molekulaarsetest markeritest,
milleks võib olla teatav DNA järjestus genoomis, mille asukoht on kromosoomis
eelnevalt kindlaks tehtud. Esmalt kaardistatakse geen teatud kromosoomi
regiooni lähtudes ristamiskatsete geneetilisest analüüsist või inimesel
sugupuude analüüsist. Seejärel seostatakse huvipakkuva geeni asukoht teatud
molekulaarse markeriga füüsilisel kaardil. Nii metsiktüüpi isendist kui ka tema
mutantsest järglasest isoleeritakse DNA segment, mis sisaldab huvipakkuva
geeniga seostatud molekulaarset markerit ja sekveneeritakse. Mutatsiooni
asukoht peaks viitama huvipakkuvale geenile. Vastavat meetodit nimetatakse
geenide positsiooniliseks kloneerimiseks.
Sel viisil on inimesel näiteks identifitseeritud Huntingtoni tõbe ja tsüstilist
fibroosi põhjustavad alleelid.
Geneetilised kaardid on koostatud lähtudes
rekombinatsioonisagedustest. 1 centiMorgan (cM) vastab geenidevahelisele kaugusele,
mille puhul geenide rekombinatsioon toimub sagedusega 1%. Füüsiliste kaartide
(tavaliselt on selleks restriktsioonikaart)
puhul mõõdetakse vahemaid molekulaarselt – aluspaaride (bp), kilobaaside (kilobase, kb) või megabaaside (megabase, mb) kaudu. Kuigi geenide
molekulaarne distants üksteisest ei pruugi alati korreleeruda nende geneetilise
kaugusega (kuna kõik genoomi piirkonnad pole rekombinatsiooniliselt
võrdväärsed) vastab 1 cM inimese kromosoomis eukromatiini sisaldavas alas
ligikaudu 1 mb-le e. 1000 kb-le (miljon aluspaari).
Lisaks restriktsioonikaardile võib füüsiline kaart olla
esitatud ka kontiigi (contigs) kaardina. Erinevate genoomsete
kloonide restriktsioonikaartide kompuuteranalüüs võimaldab välja selgitada
kattuvad kloonid ja ühendada külgevate DNA järjestuste restriktsioonikaardid.
Osaliselt kattuvad kloonid on kontiigid.
Nende abil suudetakse lõpuks koostada kogu kromosoomi füüsiline kaart.
Molekulaarsed markerid
Kaardistamisel püütakse geneetiline ja füüsiline kaart
viia kokku markerite osas, mida leidub genoomis sageli. Üheks selliseks
markeriks on restriktsioonifragmentide erinev pikkus RFLP (restriction fragment
length polymorphism). Geneetilist ja füüsilist kaarti võrreldakse ka
kromosoomide tsütoloogilise kaardiga (triipude muster kromosoomis, kui
kromosoome on eelnevalt värvitud). Geenid, mis on isoleeritud, lokaliseeritakse
kromosoomi tsütoloogilisel kaardil kohapeal (in situ) hübridisatsiooniga. Hübridisatsioonisignaal lokaliseerub
teatavasse kromosoomi piirkonda. Geene, mis on kaardistatud nii füüsiliselt kui
ka geneetiliselt, nimetatakse ankurgeenideks.
Need geenid seovad füüsilise kaardi geneetilisega ja vastupidi. Ankurgeenist
amplifitseeritakse 200-500 bp pikkune DNA segment PCR meetodil, mida
kasutatakse proovina kromosoomide in situ
hübridisatsioonil. Ankurgeenidest amplifitseeritavaid lühikesi (tavaliselt
200-500 bp) DNA järjestusi nimetatakse STS-deks
(sequence tagged sites). Juhul, kui
lähtutakse cDNA järjestusest (mRNA-lt sünteesitud DNA), nimetatakse neid järjestusi
EST-ideks (expressed sequence tags).
RFLP (restriction
fragment-length polymorphism) analüüs
Kui mutatsioon DNA-s on tekkinud restriktaasi lõikesaiti,
siis seda järjestust restriktaas enam ei lõika. Mutatsioonid võivad muuta DNA
järjestust ka nii, et tekivad uued restriktaaside lõikesaidid. Seega
põhjustavad mutatsioonid DNA restriktsioonifragmentide mustris erinevusi, kuna
võrreldes algse DNA-ga tekib mutatsioone sisaldava DNA lõikamisel mingi kindla
restriktaasiga teistsuguse pikkusega fragmente. Nii võib erinevatest
isolaatidest pärinev DNA olla DNA restriktsioonanalüüsi põhjal
restriktsioonisaitide suhtes polümorfne – erinevate isolaatide puhul tekivad
erineva pikkusega restriktsioonifragmendid. Restriktsioonifragmentide pikkuse
polümorfismi RFLP-d on võimalik detekteerida näiteks “Southern blot” analüüsil.
DNA restrikteeritakse, fragmendid lahutatakse geelelektroforeesil, kantakse
filtrile ja hübridiseeritakse spetsiifilise radioaktiivse DNA prooviga. RFLP-d
kasutatakse geneetilise markerina kromosoomide kaardistamisel. Samuti võimaldab
RFLP analüüs hinnata, kas ristamisel saadud järglased on vanemtüüpi või
rekombinantsed. juhul, kui on tegemist rekombinantidega, saab
rekombinatsioonisageduse põhjal arvutada RFLP-de geneetilist distantsi. Sellist
analüüsi on rakendatud näiteks taime Arabidopsis
geneetilistes katsetes.
RFLP markereid kasutatakse ka inimese kromosoomide
kaardistamisel. Sel juhul on vaadeldud näiteks markerite segregeerumist
suguvõsas. Markerite aheldumise alusel on koostatud kaardid. Nii esitati 1992.
aastal esimene inimese kromosoomide RFLP-de kaart, mis baseerus 2000-l RFLP-l.
Inimesel on kõige sobivamateks RFLP-deks osutunud
lühikesed DNA järjestused, mis paiknevad tandeemsete kordustena. Nende koopiate
arv on varieeruv, mistõttu neid kutsutakse VNTR-deks
(variable number tandem repeats).
VNTR-e sisaldavate restriktsioonifragmentide pikkus varieerub sellepärast, et
kordusjärjestuste koopiaarv restriktsioonifragmentide vahel on erinev.
Mikrosatelliidid on
tandeemsed 2-5 nt kordusjärjestused, mis paiknevad omakorda kõrgeltkorduvas
satelliit-DNA-s. Inimesel on leitud näiteks polümorfism tandeemses
dinukleotiidses AC/TG (AC ühes, TG teises ahelas) järjestuses. Mikrosatelliite
on võimalik samuti kasutada molekulaarsete markeritena. Järjestus (CA)n,
kus n varieerub vahemikus 5-50, esineb inimesel iga 10 000 nt tagant.
Mikrosatelliitide esinemist üle kogu genoomi on näidatud DNA hübridisatsioonil,
kasutades hübridisatsiooni proovina (GT)n järjestust. Enamasti
külgnevad mikrosatelliidid unikaalsete DNA järjestuste kõrval. Kui kasutada PCR
amplifitseerimisel praimeritepaari, milles üks praimeritest on komplementaarne
unikaalse DNA järjestusega ning teine unikaalse järjestusega külgneva
mikrosatelliidi DNA-ga, on võimalik spetsiifiliselt paljundada just selle
mikrosatelliidi DNA-d sisaldavat DNA lõiku. Kuna mikrosatelliitide pikkuses
esineb polümorfism, võib PCR-i abil amplifitseeritud DNA fragmendi pikkus
indiviiditi varieeruda. Seetõttu on võimalik võrrelda erinevatelt indiviididelt
eraldatud ja PCR teel amplifitseeritud mikrosatelliiti ja sellega külgnevat
unikaalset DNA järjestust sisaldava fragmendi pikkusi ning kasutada fragmendi
pikkusi sugupuude analüüsil.
Geenide positsiooniline
kloneerimine kromosoomidel “jalutamisega” ja “hüppamisega”
Kui huvipakkuva geeni lähedal (mille mutatsioon põhjustab
näiteks mingit haigust) on identifitseeritud RFLP marker, on sellest markerist
vaja liikuda edasi huvipakkuva geenini. Kromosoomil
“jalutamine” (chromosome walking) näeb välja järgmine: RFLP markerit
sisaldava genoomse DNA raamatukogu klooni baasil valmistatakse
hübridisatsiooniproov ja identifitseeritakse sellega kloonid, mis sisaldavad
radioaktiivselt märgitud DNA-ga
kattuvaid järjestusi. Seejärel koostatakse hübrisiseeruvate kloonide restriktsioonikaart
ning valmistatakse järgmine hübridisatsiooniproov restriktsiooni-fragmendist,
mille järjestus asub algse proovi järjestusest kõige kaugemal.
Identifitseeritakse uue DNA proovi järjestustega kattuvaid järjestusi
sisaldavad kloonid ja nii võidakse protseduuri korrata mitu korda, enne kui
jõutakse välja huvipakkuva geeni järjestuseni. Seda, et kätte on saadud
huvipakkuva geeni järjestus, on võimalik kontrollida mitmel viisil. Näiteks
äädikakärbse puhul on näidatud metsiktüüpi alleeli sisaldava DNA järjestuse
viimisel mutanti metsiktüüpi fenotüübi taastumist. Inimese geenide puhul
analüüsitakse metsiktüüpi alleeli ja mutantsete alleelide nukleotiidset
järjestust ning näidatakse, et mutantsed geenid ei kodeeri funktsionaalset
geeniprodukti.
Juhul, kui huvipakkuva geeni ja molekulaarse markeri
vahemaa on suur, kasutatakse kromosoomil
“hüppamise” (chromosomal jumping) meetodit. Iga hüpe võimaldab edasi
liikuda veidi üle 100 kb korraga. Stardipunktina lähtutakse jälle kloonist, mis
sisaldab RFLP markerit ja mis isoleeriti hübridisatsiooni tulemusena. DNA-le
tehakse restriktaasiga osaline lõikus, mille tulemusena saadakse suured DNA
fragmendid. Fragmendi ühes otsas on algse prooviga hübridiseeruv DNA ja teises
otsas unikaalne järjestus. Fragmendi otsad ligeeritakse, tekib liitjärjestus.
Järgmise hübridisatsiooniproovi valmistamisel lähtutakse liitjärjestusest,
märkides radioaktiivselt unikaalsed DNA järjestused. Kuna rõngasmolekulid
tekitatakse suurtest restriktsioonifragmentidest, võimaldab liitjärjestuste
kasutamine hübridisatsiooniproovide valmistamiseks kiiremini huvipakkuva
geenini välja jõuda.
Genoomide
sekveneerimine
Seisuga jaanuar 2004 (http://www.tigr.org) on
sekveneeritud 133 bakteri, 17 arhe ja 21 eukarüoodi genoom ning sekveneerimisel
olevaid genoome on sadu.
Bakterite
genoomid
1995. a. avaldati bakteri Haemophilus influenzae genoomi primaarjärjestus. Selle bakteri
genoom oli 1830 137 nt pikk. Kõige väiksem seni sekveneeritud genoom (580 070
bp = 580 kb) kuulub bakterile Mycoplasma
genitalium, kõige suurem (6300 kb) kuulub bakterile Pseudomonas aeruginosa. Sekveneeritud on ka mitme erineva E. coli tüve genoom ja tuberkuloosi
põhjustava Mycobacterium tuberculosis'e
4410 kb pikkune genoom. M. genitalium'i
genoom pakub huvi eeskätt seetõttu, et võimaldab uurida, milline minimaalne
kogus geene, mis võimaldavad organismil veel iseseisvalt paljuneda.
E. coli genoom
E. coli puhul on
sekveneeritud nelja erineva tüve genoom – kolm neist tüvedest on looduslikud
patogeensed isolaadid ja üks aastaid laboris kultiveeritud mittepatogeenne
tüvi. E. coli mittepatogeenne
K12-MG1655 on bakteritest geneetiliselt kõige enam uuritud organism. Tema
genoomis identifitseeriti 4288 geeni, mis võiksid valku kodeerida. Ainult 1/3
neist olid geenid, mida oli ka varem põhjalikult uuritud. 38% kodeerivatest
järjestustest olid tundmatu funktsiooniga. Keskmine geenidevaheline kaugus E. coli genoomis on 118 bp. Valke ja
ribosomaalset RNA-d kodeerivad järjestused võtavad enda alla vastavalt 87,8% ja
0,8% genoomist. Mittekodeerivaid kordusjärjestusi on 0,7% genoomist. Jääb üle
veel 10,7% genoomist, mis sisaldab regulatoorseid järjestusi, tundmatu
funktsiooniga järjestusi ning võimalik, et ka järjestusi, millel funktsioon
puudub. Genoomse järjestuse analüüsil leiti 6 uut tRNA geeni, Leiti ka 12 uut
geeni, mis on seotud viburite sünteesiga.
Seni sekveneeritud genoomidest oli E. coli`l kõige suurem homoloogia Haemophilus influenzae geenidega, 30% arhebakteritega ning pärmiga Saccharomyces cerevisiae 20%.
Iga erinevasse liiki kuuluva organismi genoomile on iseloomulik kindel G + C nukleotiidide sisaldus. Organismi tavalisest G + C väärtusest erineva G + C sisaldusega geenid reedavad nende võõrast päritolu. 755 avatud lugemisraami (ORF) 4288-st on E. coli genoomi horisontaalselt üle kandunud. See teeb ligi 18% kogu genoomist. Teoreetiliselt peaks olema toimunud viimase 100 miljoni aasta jooksul (E. coli ja Salmonella lahknesid 100 miljonit aastat tagasi) 234 ülekannet. Suurem osa horisontaalselt üle kandunud materjalist on aja jooksul elimineerunud ja seetõttu on enamus säilunud võõra päritoluga materjalist üle kandunud mitte varem kui 10 miljonit aastat tagasi. Sageli paiknevad horisontaalselt üle kandunud geenid tRNA lookuste lähedal. Kuna paljud E. coli bakteriofaagid inserteeruvad eelistatult just sellistesse kohtadesse, arvatakse neil olevat oluline roll geenide horisontaalses levis. Ka IS elemendid osalevad võõra geneetilise info ülekandel. Nimelt on 68% E. coli genoomis paiknevatest IS elementidest assotsieerunud horisontaalselt ülekantud DNA-ga.
Rickettsia prowazekii genoom
Seni sekveneeritud genoomidest on R. prowazekii genoom kõige lähedasem mitokondrite sugulane. R. prowazekii tekitab tüüfust ning on rakusisene parasiit. Ta sai oma nimetuse 20. sajandi algul tüüfuse tekitajat uurinud teadlaste H. T. Ricketts ja S. J. Prowazek järgi, kes langesid mõlemad ka ise selle haiguse ohvriks ja surid.
Kõige enam sarnaneb mitokondrite genoomidest R. prowazekii genoomiga alglooma Reclinomonas americana mitokondri genoom. See 69034 bp pikkune genoom sisaldab 67 geeni.
R.. prowazekii genoom suurusega 1 111 523 bp kodeerib 834 geeni. Nii selle genoomi kui ka mitokondrite genoomi puhul on tegemist reduktiivse evolutsiooniga. Sedatüüpi evolutsioneerumine on iseloomulik just rakusisestele parasiitidele, kes kaotavad järk-järgult geneetilist informatsiooni. Kaotsiläinud geenide funktsioone komplementeerivad peremeesorganismi rakutuumas paiknevad geenid. R. prowazekii’l puuduvad näiteks anaeroobse glükolüüsi geenid, samuti enamus aminohapete ja nukleotiidide sünteesiks vajalikke geene. Samas kodeerib R. prowazekii genoom trikarboksüülhapete tsükli ja hingamisahela ensüüme. ATP sünteesiaparaati kodeerivad geenid esinevad nii mitokondrite kui ka R. prowazekii genoomi puhul. R. prowazekii genoomis on 24% mittekodeerivat DNA-d, mis on bakterite genoomi kohta erakordselt kõrge protsent. Selline hulk mittekodeerivat DNA-d on säilunud genoomis seetõttu, kuna bakteri parasiitse eluviisi tõttu puudub rakkudele kiirelt toimiv selektsioon. Järk-järgult mittefunktsionaalse DNA kõrvaldumine küll toimub, kuid samal ajal võivad tekkida üha uued inaktiveeriva toimega mutatsioonid järgmistes geenides. Kahjulike mutatsioonide akumuleerumine ei pruugi parasiidile olla letaalne, kuna kadunud funktsiooni komplementeerivad peremeesorganismi geenid. Nii toimubki inaktiveerivate mutatsioonide tulemusena pseudogeenistumine. Pseudogeenidesse tekivad omakorda järgmised mutatsioonid, mille tulemusena pole algne DNA järjestus enam äratuntav. Lõpuks deleteeruvad ka viimased fragmendid geenist. Konkreetne näide pseudogeenistumisest ja sellele järgnevast protsessist on praegu jälgitav S-adenosüülmetioniini süntetaasi kodeeriva geeni metK puhul. See geen ei ole R. prowazekii genoomis funktsionaalne, sest keset geeni paikneb terminatsiooni koodon. Kuigi geen metK on bakterites kõrgelt konserveerunud, on leitud terminatsiooni koodoneid, insertsioone ja väikeseid deletsioone keset geeni ka teistel Riketsiate isolaatidel.
Arhede genoom
Praeguseks sekveneeritud arhede genoomide primaarjärjestuste analüüsi põhjal on leitud, et osa nende geene sarnanevad bakteritele, osa aga eukarüootidele. Leitud on ka täiesti unikaalseid geene. 1996-ndal aastal avaldati Methanococcus jannaschii genoomi järjestus (see oli üldse esimene sekveneeritud arhe genoom). Siis arvati, et 56% 1738-st identifitseeritud geenist on unikaalsed. Uute andmete lisandumisel üha uute genoomide sekveneerimisest on see protsent järjest vähenenud. Nii oli juba 1997-nda aasta lõpuks leitud M. jannaschii geenidele 73% homolooge, seda eeskätt bakteriaalsete geenide varal.
M. jannaschii elutseb Vaikse Ookeani sügavustes, kus temperatuur on 48 - 94°C ja rõhk 200 atmosfääri. Tegemist on autotroofse organismiga, kes kasutab elutegevuseks CO2, N ja H ning produtseerib metaani. Hapnik tapab ta. M. jannaschii genoom koosneb ühest kromosoomist ja kahest ekstrakromosomaalsest DNA elemendist, mille puhul arvatakse, et tegemist on primitiivsete viirustega. Selles oganismis on leitud ka 18 inteini. Inteinid on väikesed elemendid, mis lülituvad valmiva valgu järjestusse ja kõrvaldatakse sealt pärast seda, kui valk on valmis saanud.
Praeguseks (seisuga november 2000) on publitseeritud 7 arhe genoomi nukleotiidne järjestus, palju järjestusi on valmimisjärgus. Olemasoleva andmestiku põhjal võib arhede geene nende homoloogia alusel teisete organismide geenidega liigitada järgnevalt:
I Arhede geenid, mille järjestused sarnanevad eeskätt eukarüootidele:
1) RNA polümeraasi ja basaalseid transkriptsioonifaktoreid kodeerivad geenid.
2) DNA replikatsiooniks vajalike valkude geenid (DNA polümeraas, helikaas, ligaas). Seni pole leitud DNA replikatsiooni initsiatsiooniks vajalikke DNA järjestusi (sarnane eukarüootidele, kus on palju erinevaid initsiatsioonisaite või hoopis unikaalne?).
3) Translatsiooni initsiatsiooni faktoreid kodeerivad geenid, ribosoomi valkude geenid. Samas on mRNA-del leitud bakteritele iseloomulikku Shine-Dalgarno järjestust ning ribosoomi valkude geenid paiknevad operonidena. rRNA geenid sisaldavad introne.
4) Histoone kodeerivad geenid (kuigi DNA kokkupakkimise aste ei ole arhede puhul nii kõrge kui eukarüootide puhul).
II Arhede geenid, mille puhul on leitud bakteriaalsed homoloogid:
1) Universaalseid metabolismiradu ja transportsüsteeme kodeerivad geenid.
2) Raku jagunemisel osalevate valkude geenid (näit.rakujagunemise initsiaatorvalk FtsZ).
III Unikaalsed järjestused:
Praktiliselt üldse pole leitud DNA reparatsioonil osalevate valkude homolooge, kuigi DNA reparatsioon toimub ja mutatsioonisagedus arhede rakkudes on sama, mis teistegi organismide rakkudes.
Pärmi Saccharomyce cerevisiae genoom
S. cerevisiae
on esimene eukarüootne organism, mille genoom sekveneeriti. Genoomi
järjestus avaldati 1996. aastal. Pärmi 12 068 kb pikkune genoom sisaldab 5885
potentsiaalset valku kodeerivat geeni, üle 140 ribosomaalse RNA geeni, 40 snRNA
(small nuclear RNA) geeni ja 275 tRNA
geeni.
Põhiline erinevus pärmi ja bakterite geenide vahel seisneb
selles, et pärmigeenidel esineb geneetiline
redundantsus. Geenid ja muud DNA järjestused esinevad mitmete peaaegu
identsete koopiatena. Selline järjestuste kordistumine on toormaterjaliks
evolutsioonile. Kui mutatsioon tekib näiteks ühte koopiasse duplitseerunud
geenist, ei mõju see organismile kahjulikult, sest tänu teisele, rikkumata
geeni koopiale säilub rakus ka geeni algne funktsioon. Teine geen võib nüüd
kodeerida muutunud funktsiooniga valku, mis on organismile vajalik teistes
keskkonnatingimustes või teistel elutsükli perioodidel.
Teiseks redundantsuse näiteks on telomeeriga
assotsieerunud kodeeriva järjestuse esinemine 19 koopiana pärmi genoomis.
Arvatavasti kodeerib see järjestus RNA helikaasi ning võimalik, et järjestus
pärineb kunagi telomeeri piirkonda inserteerunud transponeeruvast elemendist.
Geneetiline redundantsus on iseloomulik kõigile
eukarüootsetele genoomidele ja see on üks põhilisi omadusi, mille poolest
eukarüootne genoom erineb prokarüootsest. Võrreldes ainuraksetega on
hulkraksetes organismides redundantsuse aste suurem.
Inimese genoom.
Inimese genoomi projekt HGP (Human Genome Project)
käivitus 1990. Aastal. Selle eesmärkideks oli:
1)
Kaardistada kõik inimese 70 000 – 100 000 geeni;
2)
Koostada inimese genoomi füüsiline kaart;
3)
Määrata aastaks 2005 kõigi inimese kromosoomide
nukleotiidne järjestus.
Tegemist oli teadusprojektiga, kuhu kaasati laborid
erinevatest riikidest. Töö koordineerimiseks loodi rahvusvaheline Inimese
Genoomi Organisatsioon HUGO (Human Genome Organization). Esimeseks
projekti juhiks oli James Watson, kes koos Francis Crick’iga oli kirjeldanud
DNA kaksikhelikaalse struktuuri. 1993-ndast aastast juhib projekti Francis
Collins. Töö jaotati erinevate teaduslaborite vahel (põhilised tegijad 8
laborit USA-st ja Sangeri Keskus Inglismaalt).
1998. aastal moodustas J. Craig Venter (juhtis enne seda Rockvilli Genoomiuuringute
Instituuti Marylandis ja oli seni sekveneerinud mitmete bakterite genoome)
firma Celera Inc. Projekti
finantseeris Perkin-Elmer korporatsioon. Venter lubas sekveneerida inimese
genoomi täielikult kolme aasta jooksul. Võrreldes HGP projektiga on Venteril
kasutada uut tüüpi, võimsamad automaatsekvenaatorid. Celera’s pandi tööle 230
uut tüüpi sekvenaatorit, mis võimaldavad ööpäevas sekveneerida kokku 100
miljonit nukleotiidi. Lisaks kasutab Venter ka teistsugust
sekveneerimisstrateegiat. Kui HGP osalevad laborid sekveneerisid eelnevalt
kaardistatud genoomseid kloone (150 000 – 200 000 bp inimese DNA-d sisaldavad
BAC-id), siis Celeras viidi kogu genoom väikesteks DNA fragmentideks,
sekveneerides juhuslike fragmentide otsi ning arvutianalüüsi abil abil ühendati
kattuvad järjestused terviklikuks DNA järjestuseks. Selle strateegia (whole genome shotgun sequencing)
rakendamisel tekitab probleeme DNA kordusjärjestuste esinemine eukarüootses
DNA-s. Kordusjärjestusi sisaldavaid kattuvaid DNA fragmente on kogu genoomi
ulatuses raske reastada.
Konkurents inimese genoomi sekveneerimisel kiirendas ka
HGP tegevust. Kogu genoomi DNA järjestuse mustandvariandi valmissaamisest
teatati 2000-nda aasta juunis mõlema konkureeriva projekti poolt. Saadud
andmete põhjal leiti, et inimesel on vähem geene kui algul arvati – 30000 kuni
40000. Inimese genoom on 3 miljardit aluspaari pikk. Seega on valku kodeerivaid
järjestusi ligikaudse hinnangu alusel 1-2% genoomist. Vähemalt 50% geenidest
toimub mRNA alternatiivne splaissing, tunduvalt sagedamini kui varem arvati.
Geenide paiknemine üle genoomi on ebaühtlane. GC-rikastes piirkondades asub
rohkem geene ja need sisaldavad lühemaid introneid. AT-rikastes alades leiti
vähem geene pikemate intronitega. Leiti ka jälgi geenide horisontaalsest
ülekandest. Üle 200 geeni on märkimisväärselt homoloogilised bakterite
geenidega. Samas puudub neil järjestustel arvestatav homoloogia selgrootute
DNA-ga. Üle genoomi on jaotunud kordusjärjestused, mis pärinevad
transposoonidest. Neist lühikesed (SINE) moodustavad 13% genoomist, pikad
(LINE) 20%, LTR retrotransposoonid 8% ja DNA transposoonid 3%. Praeguseks on
(erinevalt hiirest) inimesel enamus transponeeruvaid elemente
inaktiveerunud.
2003. a. aprilliks, DNA kaksikheeliksi kirjeldamise 50-ndal
aastapäevaks, esitas HGP inimese genoomi nukleotiidse järjestuse, kus 98% geene
sisaldavatest aladest oli sekveneeritud 99,99%-lise täpsusega.
Nematoodi C. elegans genoom
1998. a. lõpul avaldati nematoodi C. elegans 100 Mb suuruse genoomi primaarjärjestus. Genoomis on 19
000 geeni, millest 26%-l on homoloogia pärmi S. cerevisiae genoomiga.
Äädikakärbse genoom
2000-nda aasta märtsis avaldati äädikakärbse genoomist
(180 Mb) eukromatiini kuuluva DNA 120 Mb pikkune primaarjärjestus koostööna
Celera ja Berkeley Drosophila Genoomi
Projekti poolt. Tervikliku järjestuse esitamiseks kombineeriti üle genoomi
saadud juhuslike fragmentide sekveneerimistulemusi ja iseloomustatud BAC
kloonide kaarte ning primaarjärjestusi. Esitatud andmete põhjal on
äädikakärbsel ~13 600 geeni.
Hiire genoom
Oktoobris 2000 teatas Celera Inc. järgmise eukarüootse
genoomi DNA järjestuse mustandist. Sedapuhku hiire omast. Projekt oli
käivitatud alles 2000-nda aasta aprillis.
Eukarüootsete
genoomide evolutsiooni uurimine kromosoomide värvimise abil
Erinevate teraviljade kromosoomide geneetiliste kaartide
koostamisest on selgunud, et hoolimata ulatuslikust kõikumisest erinevate
liikide genoomide suuruste vahel ning erinevustest kromosoomide arvus on
unikaalsete DNA järjestuste ja teadaolevate geenide aheldatus erinevate liikide
vahel tugevalt konserveerunud.
Imetajatel on uuritud kromosoomide evolutsiooni
kromosoomide värvimisega (chromosome
painting, zoo-FISH). See meetod sarnaneb FISH-ile, kus kromosoome hübridiseeritakse in situ fluorestsentsvärvidega märgistatud nukleiinhappe
proovidega, mis on komplementaarsed uuritavate geenidega kromosoomis. Ühe liigi
kromosoomidele hübridiseeritakse fluorestsentsmärgisega geeniproovid. Seejärel,
teades uuritavate geenide asukohti ühe liigi kromosoomides, värvitakse teise
liigi kromosoome. Saadud tulemuste põhjal on võimalik analüüsida samade geenide
reastatust kromosoomi piires (ingl. k. synteny)
erinevate liikide puhul.
Eristatakse 3 klassi:
1)
geenide reastatus on konserveerunud terve kromosoomi
ulatuses;
2)
geenide reastatus on konserveerunud kromosoomi
suurtes segmentides;
3)
erinevate kromosoomide segmendid on liitnud, mistõttu
teise liigi kromosoomis on teistsugune geenide reastatus.
Näiteks inimese 17-nda kromosoomi geenid on reastatud samamoodi
ka sea 12-ndas kromosoomis ning veise 19-ndas kromosoomis. Konserveerunud
blokke on ka teistes imetajate kromosoomides. Võrreldes inimese kromosoome
näiteks giboni kromosoomidega ilmnes, et pärast nende eellaste lahknemist on
kromosoomides toimunud 21 translokatsiooni. Lähedaste liikide kromosoomide
puhul muutub erinevuste hindamisel olulisemaks kromosoomisiseste geneetiliste
ümberkorralduste (näit. inversioonid) detekteerimine.
RNA
ja valkude ekspressiooni ning funktsioonide uurimine (globaalne transkriptsioon
ja proteoomika)
Genoomi primaarjärjestuse teadasaamine aitab oluliselt
kaasa genoomi funktsioonide uurimisele. Mis funktsioon on ühel või teisel DNA
järjestusel, selgub geneetilistest katsetest sama järjestuse mutantidega.
Viimastel aastatel leiavad üha enam rakendust ka uued molekulaarsed meetodid.
Suurte eukarüootsete genoomide puhul kodeerib valke ainult
väike osa genoomist. Näiteks inimese genoomist kodeerib valke ainult 5% DNA-st.
Pärmil seevastu kodeerib valke 70% genoomist. Kodeerivate järjestuste analüüsil
lähtutakse enamasti mitte genoomsetest vaid cDNA kloonidest, EST-idest, mis
sisaldavad eukarüoodi mRNA-le komplementaarset DNA-d.
Globaalne
transkriptsiooni uurimine
Teades genoomi terviklikku järjestust, saab selle põhjal
sünteesida kõigile RNA-dele komplementaarsed oligonukleotiidid või
amplifitseerida PCR-i abil genoomist kõik valke kodeerivad järjestused ORF-id
(avatud lugemisraamid). Selleks, et uurida kogu genoomi või paljude geenide
avaldumist, seotakse kandjale (näiteks nailonmembraanile või klaasile)
fikseeritud asukohtadesse DNA lõigud, mis pärinevad organismi erinevatest
geenidest. Saadakse geenikiibid (chips). Neile hübridiseeritakse
rakkudest eraldatud totaalsele mRNA-le sünteesitud cDNA, mis on märgistatud.
Hübridisatsioonisignaalid skanneeritakse ja nende tugevust analüüsitakse
arvutis. Signaali tugevus viitab geeni avaldumismäärale rakkudes antud
arenguetapil või koes või keskkonnatingimustel. Tehnika täiustumisel on
võimalik kandjale, milleks võib lisaks membraanile olla ka mõni teine tahke
pind, näiteks klaas, paigutada DNA lõike üha tihedamalt. Paarile
ruutsentimeetrile võib mahutada üle 10 000 oligonukleotiidi.
Geenikiibid organismi paljude või kõigi geenide
ekspressiooni uurimiseks on saadaval sekveneeritud genoomiga organismide puhul.
Valkude
ekspressiooni uurimine
Selleks, et uurida, kuidas on reguleeritud erinevate
mRNA-de transleerimne rakus, on kasutusel mitmeid meetodeid. Eespool oli juttu
“Western blot” analüüsist, kus uuritavaid valke detekteeriti nendevastaste
antikehadega polüakrüülamiid-SDS-geelelektroforeesil lahutatud ja filtrile
kantud totaalvalgust.
Osade valkude ekspressioonitaset hinnatakse ka nende
eriaktiivsuse mõõtmise kaudu ja arvutatakse tavaliselt rakkudest eraldatud
totaalvalgu kohta.
2-D geelid
ja mass-spektromeetria
Erinevate valkude hulga hindamiseks kasutatakse totaalvalgu lahutamist kahedimensionaalsel (2-D) polüakrüülamiid-geelelektroforeesil. Igale valgule vastab geelis kindel koht, kus valk on visualiseeritav täpina. Mida suuremal hulgal on teatud valku rakus, seda paremini on teda ka geelis näha. Kui eraldada totaalvalk erinevates tingimustes kasvatatud bakterirakkudest või erinevatest eularüootsetest kudedest ja lahutada 2-D geelis, näeme geelipiltide võrdlemisel lahutatud valkude mustris erinevusi. Järgnevalt on võimalik geelist isoleerida ja seejärel identifitseerida huvipakkuvad valgud (näiteks need, mille ekspressioonitasemes täheldati silmatorkavaid erinevusi). Mass-spektromeetria võimaldab määrata valgu järjestusi ka väga väikeste valgukoguste (pikomoolide ja isegi femtomoolide) korral. Geelist isoleeritud valkude aminohappelist järjestust võrreldakse organismi geenijärjestustelt tuletatud aminohappelise järjestustega ja nii leitakse, millised geenid neid valke kodeerivad.
Valgu ekspressiooni
uurimine rakus
Selleks, et jälgida valgu ekspressiooni rakus,
konstrueeritakse uuritava valgu ja GFP (green
fluorescent protein) liitjärjestus, viiakse vastavat liitjärjestust
kodeeriv DNA rakku ja mõõdetakse liitvalgu fluorestseerumistaset. GFP on väike
valk ning ei mõjuta tavaliselt uuritava valgu aktiivsust ega interaktsioone
teiste rakukomponentidega. Fluorestsentsi tuvastamiseks on rakupreparaati vaja
eksponeerida kas sinisele valgusele või UV-le. GFP valgu muteerimisel on saadud
variante, mis emiteerivad sinist või kollast valgust. Erinevate GFP variantide
abil saab samaaegselt uurida erinevate valkude rakusisest lokalisatsiooni ja
ekspressioonitaset.
7. Molekulaarne
diagnostika. Transgeensed organismid ja geeniteraapia. Kloonimine
DNA
fingerprint e. “sõrmejäljed”
Inimese genoom koosneb ligikaudu 3 x 109
nukleotiidist. Kõige suurem heterogeensus inimese genoomi järjestuses esineb
mittekodeerivates olulise funktsioonita alades. Samuti võib varieeruda koodoni
3-ndas positsioonis olev nukleotiid, kui see ei põhjusta muutust valgu
aminohappelises järjestuses. DNA polümorfism võimaldab tuua esile indiviidile
omapärase DNA fragmentide mustri, mida nimetatakse DNA “sõrmejälgedeks” e. DNA fingerprindiks. Kui lõigata DNA-d spetsiifiliste
restriktaasidega, mille lõikesaitide esindatus testitavas DNA regioonis erineb
indiviiditi ja analüüsida DNA-d “Southern blot” meetodil, hübridiseerides
genoomse DNA restriktsioonifragmente testitavat DNA järjestust sisaldava
märgistatud nukleiinhappe prooviga, näeme hübridiseerunud fragmentide mustris
erinevusi. Isiku identifitseerimise puhul on vaja eelnevalt teada, millise
tõenäosusega saadakse identne fragmentide muster kahe erineva indiviidi puhul.
DNA testi puhul on võimalik lähtuda väga väikesest bioloogilise materjali
kogusest – vere või spermaplekist, juuksekarvast või nahatükikesest ja
amplifitseerida sealt PCR meetodil DNA järjestused, mida edaspidi kavatsetakse
analüüsida. Testi läbiviimisel võrreldakse sageli DNA piirkondi, mis sisaldavad
kordusjärjestusi. Selliseid alasid DNA-s nimetatakse VTNR-deks (variable number
tandem repeats). Kuna kordusjärjestuste hulk varieerub indiviiditi, saadakse
erinevate indiviidide DNA töötlemisel restriktaasdega erinev fragmentide
muster.
DNA fingerprinti kasutatakse näiteks isaduse tuvastamisel
ja kohtumeditsiinis. Isaduse tuvastamisel tuleb arvestada seda, et
homoloogilistest kromosoomidest pooled on pärit isalt, pooled emalt. Seega
sisaldub lapse DNA fragmentide mustris
nii isale kui ka emale iseloomulikke fragmente. Mida rohkem erinevaid
hübridisatsiooniproove kasutatakse, seda suuremat osa genoomist võrreldakse
ning selle tulemusena saadakse ka usaldusväärsemad tulemused.
Haiguste
molekulaarne diagnostika
Haiguste molekulaarne diagnostika eeldab konkreetse
haigusega seotud geenide nukleotiidse järjestuse ja haigust põhjustavate
mutatsioonide teadmist. Kui mutatsioonide kohad on lokaliseeritud, saab
vastavat DNA regiooni uuritavate indiviidide genoomist PCR-i teel
amplifitseerida ja seejärel juba täpsemalt analüüsida. Nii on võimalik teostada
ka sünnieelset diagnostikat.
SNP-d (single nucleotide polymorphism) on kogu
genoomi ulatuses esinevad markerid. 2003. aastaks oli inimesel kaardistatud
juba 3,7 miljonit SNP-d. SNP-ga on
seostatud mitmeid haigusi ja geneetilisi eelsoodumusi haigestumiseks. Teatud
SNP-de puhul uleb kasutada teistsuguseid ravimeetodeid või teistsuguseid
ravimidoose. Järgnevalt mõned näited:
1)
Verehüübefaktorit IX kodeeriva geeni 6460-ndas
positsioonis oleva C asendamine T-ga põhjustab hemofiiliat. Asenduse tulemusena
tekib arginiini koodoni CGA asemele stopp-koodon TGA.
2)
Kõrgenenud risk südame- ja veresoonkonna haigustele.
LDL retseptor (Low Density LIpoprotein
Receptor) vastutab kolesterooli hulga vähendamise eest veres. Kui
retseptori geenis on ühes kindlas kohas toimunud nukleotiidne asendus, mille
tulemusena aspargiini koodon asendub seriini koodoniga, sünteesitakse mutantset
LDL retseptorit. Mutantse variandi puhul on kolesterooli tase veres kõrgem ja
sellest tulenevalt suureneb ka risk haigestuda.
3)
Muutused ravimite metabolismis. Vererõhu alandamiseks
kasutatakse ravimit debrisokiin (debrisoquine).
See ravim lagundatakse maksas CYP2D6 (tsütokroom P450 perekonna valk) poolt.
Kui ensüümi kodeerivas geenis on mutatsioon GGA ® TGA, sünteesitakse lühem, defektne
ensüüm. Sel juhul ravimit ei lagundata ning ravimi regulaarsel tarvitamisel see
koguneb organismis. Ravimi tarvitamisest tekivad kõrvalnähud, mis on
iseloomulikud ravimi üledoseerimisest põhjustatud nähtudele.
Teatud haiguste, näiteks sirprakulise aneemia
molekulaarsel diagnoosimisel, piisab restrikteeritud DNA “Southern blot”
analüüsist. Mutatsiooni tagajärjel on ära kadunud üks restriktaasi MstII lõikesait b-globiini geenist. Kui
uuritavate indiviidide genoomset DNA-d lõigata MstII-ga ja hübridiseerida agaroosgeelis lahutatud ja filtrile
kantud DNA fragmente radioaktiivse prooviga
b-globiini
kodeerivast järjestusest, näeme normaalse DNA järjestuse puhul hübridisatsiooni
kahele DNA fragmendile, mutantse puhul aga ainult ühele.
Huntingtoni
tõbi on põhjustatud autosomaalse dominantse mutatsiooni poolt huntingtiini
kodeerivas geenis, mis paikneb inimese 4-ndas kromosoomis. See mutatsioon
ilmneb valgel rassil sagedusega 1:10000 indiviidi kohta. Huntingtoni tõbi avaldub
tavaliselt 30 – 50-nda eluaasta vahel tsentraalse närvisüsteemi progresseeruva
degeneratsiooni näol ja lõpeb 10-15 aastat hiljem patsiendi surmaga.
Heterosügootide lastel on tulevikus 50%-line tõenäosus samuti haigestuda.
Huntingtiini geen sisaldab trinukleotiidset järjestust CAG 11 kuni 34 koopiat
tervetel indiviididel, haigetel aga 42 kuni 100 koopiat või veelgi enam. See,
kui varakult Huntingtoni tõbi avaldub, korreleerub CAG korduste arvuga. Pärast
huntingtiini geeni primaarjärjestuse määramist oli võimalik sünteesida
praimerid, mis olid komplementaarsed DNA regioonidega mõlemal pool CAG
kordusjärjestusi ning amplifitseerida vastav geeni piirkond PCR-i abil.
Amplifitseerunud DNA fragmendi pikkus sõltub CAG järjestuse koopiaarvust. Nii
on võimalik juba sünnieelselt diagnoosida, kas lapsel on risk haigestuda
Huntigtoni tõppe või mitte.
Huntingtoni tõbe põhjustava mutantse geeni isoleerimine
oli pikaajaline protseduur. Ka sel juhul kasutati positsioonilist kloneerimist.
Uuriti suuri perekondi, kus esines Huntingtoni tõbi ning RFLP analüüsil leiti,
et teatud molekulaarne marker on aheldunud haigust põhjustava alleeliga. Selle
tulemusena lokaliseeriti mutantne alleel 4-nda kromosoomi lühikese õla 500 kb
pikkusesse regiooni. Seejärel koostati 500 kb pikkusele alale detailne
restriktsiooni ja kontiikide kaart. Kuna lähtuti genoomsest DNA-st, mis
sisaldab intronjärjestusi, viidi läbi eksoni
amplifitseerimine. Genoomse DNA fragmendid kloneeriti loomaviirusel
põhinevasse vektorisse, kus kloneerimissaidid olid viidud intronjärjestusse.
Rekombinantne DNA viidi rakkudesse ning rakukultuuri kasvatati mõned päevad, et
rekombinantselt DNA-lt toimuks transkriptsioon ning sünteesitud RNA puhul
splaissing. Seejärel eraldati tsütoplasmaatiline mRNA ning sünteesiti sellelt cDNA.
cDNA-lt amplifitseeriti PCR-i abil eksonjärjestus, kasutades praimereid, mis
olid komplementaarsed kloneeritud fragmendist vasakule ja paremale jäävate
vektori järjestustega. Amplifitseeritud eksonjärjestust kasutati DNA proovina
cDNA raamatukogu sisaldavate kolooniate hübridisatsioonil. cDNA kloone omakorda
kasutati komplementaarsete genoomse DNA kloonide identifitseerimiseks.
Hübridiseerunud genoomse DNA ja cDNA kloonidest eraldati DNA, kloneerunud
fragmendid sekveneeriti ning järjestuste analüüsi tulemusena identifitseeriti
uuritavas kromosoomi regioonis asuvad geenid. Genoomse DNA järjestuse
võrdlemine cDNA järjestusega võimaldas genoomses DNA-s defineerida ka eksonid
ja intronid. Haigetelt ja tervetelt indiviididelt isoleeritud DNA järjestuste
võrdlemisel identifitseeriti mutantne DNA järjestus, mis põhjustas Huntingtoni
tõbe.
Tsüstiline
fibroos (CF) ilmneb Põhja-Euroopa populatsioonis sagedusega 1:2000
vastsündinu kohta. CF-i põhjustab autosomaalne retsessiivne mutatsioon. Üks
indiviid 25-st on CF-i suhtes heterosügootne. CF-i põhjustavad mutatsioonid
geenis, mis kodeerib transmembraanset regulaatorit CFTR, mis asub
ioonkanalites, osaledes soolade transpordis rakust sisse ja välja. Mutantse
geeni puhul on häiritud klooriioonide transport hingamiselundites, pankreases,
soolestikus ja teistes organites. Selle tulemusena akumuleerub organite
epiteelrakkudes sool ja rakkude pind muutub limaseks. See omakorda muudab
organid vastuvõtlikuks infektsioonidele ja nii on haigetel kõrge risk surra
kopsupõletikku juba imikueas. CF geen
paikneb 7-nda kromosoomi pikas õlas. CF-i puhul on 70%-l juhtudest tegemist ühe
konkreetse 3-nukleotiidse deletsiooniga CF
geenist, mille tulemusena läheb valgu aminohappelisest järjestusest kaotsi
fenüülalaniin positsioonist 508. Lisaks DF508
deletsioonile on identifitseeritud veel 170 erinevat mutatsiooni CF geenis. Deletsiooni DF508
diagnoosimiseks on välja töötatud metoodika, mis põhineb potentsiaalset
deletsiooni sisaldava DNA piirkonna amplifitseerimisel PCR teel ja amplifitseeritud
DNA hübridiseerimisel erinevate radioaktiivselt märgistatud
oligonukleotiididega. Hübridisatsioonitingimused on selektiivsed: üks oligotest
hübridiseerub ainult algtüüpi DNA järjestusele, teine aga deletsiooni
sisaldavale. Hübridisatsioon toimub filtritel, kuhu amplifitseeritud DNA on
kantud “Southern blot” meetodil.
Ka tsüstilist fibroosi põhjustava mutantse CF lookuse isoleerimisel kasutati
positsioonilist kloneerimist, kus lähtuti paarist RFLP markerist ning rakendati
nii kromosoomil "jalutamist" kui ka "hüppamist".
Eukarüootses DNA-s on piirkondi, mis on rikkad CG-dinukleotiidse järjestuste
poolest. Selliseid alasid nimetatakse CpG saarekesteks (p tähistab
fosfodiestersidet C ja G vahel). CF
lookusest ülevalpool leiti 3 CpG saarekeste kogumit
Transgeensed
organismid
Ühest organismist isoleeritud geeni, mis on viidud teise
organismi rakkudesse, nimetatakse transgeeniks
(“transgene”, tuletatud nimetusest “transferred gene”) ja organismi, kuhu
see, talle võõras geen on viidud, nimetatakse transgeenseks.
Eukarüootsete
valkude tootmine bakterites
Rekombinantse DNA tehnoloogia võimaldab konstrueerida
ekspressioonisüsteeme, kus eukarüootsed geenid on viidud bakterisse tootmaks
seal eukarüoodi valke. Nii on pandud bakterid sünteesima inimese insuliini,
kasvuhormooni ja interferooni. Selleks, et E.
coli hakkaks tootma näiteks inimese kasvuhormooni, on vaja vastav inimese
geen (mis on kloneeritud cDNA raamatukogust) viia bakteri regulatoorsete
elementide kontrolli alla, mis aktiveeriksid E. coli’s geeni transkriptsiooni ja oleksid signaaliks
translatsiooni initsiatsioonil. Antud juhul kasutati selleks laktoosi sünteesi
määravate geenide (lac operoni)
promootorit ja ribosoomiga seondumise järjestust. Kasvuhormooni kodeerivale
DNA-le lisati ka järjestus, mis kodeeris signaalpeptiidi valgu transpordiks
rakust välja. Valgu transportimisel läbi rakumembraani toimus valgu
protsessimine produktiks, mis oli identne inimese organismis toodetava
kasvuhormooniga.
Osa bakteris toodetavaid ensüüme on tööstusliku tähtsusega.
Näiteks juustu valmistamisel kasutatavat renniini toodetakse tänu rekombinantse
DNA tehnoloogiale nüüd bakteris. Varem tuli seda ekstraheerida veiste maost.
Enamus rekombinantse DNA tehnoloogias kasutatavaid ensüüme
(restriktaasid, DNA ligaas, DNA ja RNA polümeraasid, pöördtranskriptaas ning
nukleaasid) on samuti bakteris toodetud. Vastavaid ensüüme kodeerivad geenid on
viidud bakteris töötavatesse ekspressioonivektoritesse.
Transgeensed
taimed ja loomad
Transgeensetel taimede ja loomade konstrueerimisel on 3
põhilist eesmärki::
1.
Soovitavate tunnuste lisamine või võimendamine
kultuurtaimedel ja koduloomadel.
2.
Huvipakkuva produkti tootmine taimes või loomas.
3.
Transgeensete organismide konstrueerimine eesmärgiga
uurida bioloogiliste protsesside toimumise molekulaarseid mehhanisme.
Transgeensed loomad
Transgeensete loomade konstrueerimisel on 2 metoodilist
lähenemist. Enamasti süstitakse rekombinantne DNA viljastatud munarakku.
Süstitav DNA võib olla kas lineaarne või rõngasmolekul. Lineaarne DNA integreerub
genoomi ligi 5 korda efektiivsemalt kui tsirkulaarne DNA. Tavaliselt süstitakse
ühte munarakku sadu kuni tuhandeid rekombinantse DNA molekule. Sisseviidud DNA
integreerub genoomi suvalistesse kohtadesse. Teiseks transgeensete loomade
konstrueerimise võimaluseks on embrüode nakatamine retroviiruste baasil
konstrueeritud rekombinantsete DNA molekulidega.
Eriti palju on transgeenseid loomi konstrueeritud hiirte
puhul. Inimese, veise või roti kasvuhormooni viimisel hiire organismi saadi
hiired, kes olid võrreldes normaalsetega ligi 2 korda suuremad. See innustas
konstrueerima näiteks transgeenseid sigu, kanu ja kalu. Edaspidi selgus, et
lisaks oodatud tulemusena ilmnesid ka kõrvalnähud. Transgeensed sead kasvasid
küll suuremaks (vajasid selleks siiski eridieeti), kuid nende liha oli lahjem.
Nende sigade muskulatuur oli halvasti arenenud, nad olid loiud. Emised olid
sageli steriilsed.
Kanade puhul on konstrueeritud viiruseresistentseid
transgeenseid tibusid, kes on resistentsed ALV (avian leukosis virus) vastu.
Nende transgeensete kanade organism sisaldab defektset ALV-d, mis produtseerib
intaktse viiruse paljunemist blokeerivat valku.
Konstrueeritud on ka selliseid transgeenseid loomi, kus
huvipakkuvat produkti toodetakse ja sekreteeritakse piima. Nii on näiteks on
lammas pandud tootma inimese verehüübe faktorit IX ja kasvuhormooni.
Transgeensed taimed
Rekombinantse DNA sisseviimiseks taimerakku on erinevaid
meetodeid. DNA kas “tulistatakse” volframi või kullapartiklite koosseisus
taimerakku, sisestatakse elektrivoolu abil (elektroporatsioon) või siis
transformeeritakse taimerakke Agrobacterium
tumefaciens Ti plasmiidide põhjal konstrueeritud rekombinantsete
plasmiididega. Taimede geneetilisel manipuleerimisel on suureks abiks
taimerakkude totipotentsus – iga
üksiku taimeraku võime dediferentseeruda embrüonaalseks rakuks, mis seejärel
võib saada aluseks uue taime kasvatamisel. Kui diferentseeerunud taimekude viia
kunstlikesse kasvutingimustesse, steriilsesse koekultuuri ja kasvatada rakke
2,4-diklorofenoksüäädikhappe 2,4-D juuresolekul, mis on üks taimehormoone,
taime koerakud dediferentseeruvad, moodustades kalluse. Seejärel viiakse kalluskultuuri rakud 2,4-D-vabale
söötmele, mis sisaldab kasvuhormooni kinetiin, ning taimerakud hakkavad jälle
diferentseeruma.
A.
tumefaciens’i Ti plasmiidid indutseerivad taimedel kasvajaid. Ti
tuleneb terminist “tumor-inducing
capacity”. Ti plasmiidis olev T-DNA (transferred
DNA) on võimeline plasmiidist taime genoomi integreeruma. T-DNA-sse viidud
võõrad geenid integreeruvad samuti taime genoomi. Selleks, et kontrollida
rekombinantse DNA integreerumist taime genoomi, sisaldab rekombinantne DNA
selektiivse markerina näiteks antibiootikumi resistentsusgeeni.
Taimede puhul on konstrueeritud herbitsiididele resistentseid
teraviljasorte. See võimaldab läbi viia umbrohutõrjet ilma kultuurtaimi
kahjustamata. Glüfosaat (glyphosate) on laia toimega herbitsiid, mis inhibeerib ensüümi
5-enoolpüruvüülshikimaadi 3-fosfaadi süntaasi (EPSP süntaasi), mis osaleb
aromaatsete aminohapete türosiin, fenüülalaniin ja trüptofaan sünteesis. Sama
herbitsiid inhibeerib EPSP süntaasi töö ka bakterites. Bakterite puhul on
isoleeritud glüfosaadi-tolerantsed EPSP süntaasi geeni aroA mutandid. Bakteri mutantse aroA
geeni viimisel taime omandasid ka transgeensed taimed tolerantsuse
glüfosaadile.
Antisens-RNA-de kasutamine
geenide ekspressiooni mahasurumiseks
Antisens-RNA-de kasutamine geeniekspressiooni mõjutamiseks
põhineb mRNA-le komplementaarse RNA sünteesimisel ja viimisel rakku, mille tulemusena
rakus blokeeritakse vastavalt mRNA-lt toimuv valgusüntees. Antisens-RNA ja mRNA
moodustavad dupleksi, mis on translatsiooniliselt inaktiivne. Antisens-RNA-d
produtseeriv rekombinantne DNA on konstrueeritud näiteks tomati puhul. Tomati
viljad kipuvad pehmenema tomati rakkudes sisalduva ensüümi galakturonaasi
toimel. Kui galakturonaasi tase rakus madalamaks viia, säilivad viljad kauem.
Seda ensüümi kodeerivat DNA-d kasutati rekombinantse DNA konstrueerimiseks, kus
ensüümi kodeeriv järjestus kloneeriti transkriptsiooni initsiatsiooniks
vajaliku promootorjärjestuse taha tagurpidi, nii et geeni lõpp jäi promootori
poole. Selle tulemusena sünteesis RNA polümeraas galakturonaasi mRNA-le
komplementaarset antisens-RNA-d. Rekombinantne DNA viidi tomatitaime ja saadi
tomatisort, mille viljad säilusid võrreldes varasemate sortide omadega kauem.
Antisens-RNA-sid püütakse rakendada ka viirusinfektsioonide vastu, surudes maha
viiruse-spetsiifiliste geenide avaldumist rakus.
Geeniteraapia
Geeniteraapia seisneb normaalse geeni viimises indiviidi
genoomi, mis sisaldab defektset geeni. Juhul kui geeniteraapia on olnud edukas,
sünteesib transgeenne organism varem puudunud geeniprodukti ja selle tulemusena
taastub tal normaalne fenotüüp. Eristatakse 2 tüüpi geeniteraapiat:
1.
Somaatiliste rakkude mittepäritav geeniteraapia
2.
Sugurakkude geeniteraapia e. päritav geeniteraapia.
Inimese puhul on kasutatud ainult somaatiliste rakkude
geeniteraapiat. Geeniteraapiat rakendati inimese puhul esimest korda 1990-ndal
aastal adenosiini deaminaasi puudumisest põhjustatud immunodefektsust põdeva ADA-SCID (adenosine deaminase-deficient severe
combined immunodeficiency disease) patsiendi puhul. Adenosiini deaminaasi
defektsuse korral akumuleerub T lümfotsüütides selle ensüümi substraat
desoksüadenosiin, mis on T rakkudele toksiline. T lümfotsüüdid stimuleerivad B
lümfotsüüte immuunvastuse tekitamiseks (antikehade sünteesiks). Kui T
lümfotsüüdid hävivad, ei teki organismil immuunvastust ja sellised lapsed
surevad varakult. Inimese ADA geen
kloneeriti retroviirusel põhinevasse vektorisse ja viidi haige lapse valgetesse
vererakkudesse. Selleks isoleeriti patsiendilt vererakud, kuhu viidi
funktsionaalne ADA geen, kontrolliti
geeni avaldumist vererakkudes ja seejärel viidi transgeensed rakud tagasi
organismi. Seda protseduuri tuli aga hakata sageli kordama, kuna ADA geeni avaldumine patsiendi
organismis oli lühiajaline. Lisaprobleemi tekitas ka see, et valgete
vererakkude eluiga on suhteliselt lühike. Hiljem rakendati geeniteraapiat
luuüdi rakkudele, millest arenevad T lümfotsüüdid. Sel juhul saadi paremad
tulemused - modifitseeritud tüvirakud produtseerisid pidevalt ADA transgeenseid T rakke.
Senine geeniteraapia põhineb metsiktüüpi geeni viimisel
haige organismi defektsele geenile lisaks. Sel juhul on transgeeni avaldumine
rakus kontrollitud kunstlikult, regulatoorsete elementide poolt, mis sisalduvad
rekombinantses DNA-s. Ideaalvariant oleks see, kui suudetaks defektne geen
kromosoomis asendada normaalse geeniga. Defektse geeni asendamine homoloogilise
rekombinatsiooni teel funktsionaalse geeniga võimaldaks viia metsiktüüpi geeni
tema õigesse konteksti, tagamaks geeni normaalse ekspressioonitaseme
rakus.
Imetajate
kloonimine
Organismi kloonimise tulemusena saadakse kaks või enam
geneetiliselt identset isendit. Sisuliselt on ka ühemunakaksikud kloonid, sest
nad arenevad ühest viljastatud munarakust. Samuti on koduloomade puhul
rakendatud varajase embrüo (2-8 raku staadium) rakkude lahutamist ning nendest
identsete järglaste saamist (embrüokloonimine). Samas ei olnud kuni viimase
ajani võimaliks paljundada organisme, lähtudes imetajate somaatilistest
rakkudest. Erinevalt taimerakkudest tekivad diferentseerunud imetajarakkude
puhul probleemid geenide avaldumise ümberprogrammeerimisega viljastatud
munaraku staadiumis.
1997-ndal aastal tuli ilmale esimene kloonitud lammas
Dolly. Täiskasvanud lamba (6-aastane utt) udarast isoleeritud rakke
kultiveeriti laboritingimustes. Teiselt utelt isoleeriti munarakud, millest
kõrvaldati tuum. Seejärel liideti tuumata munarakud koekultuuris kasvatatud
diploidsete piimanäärme rakkudega ning implanteeriti asendusemale, kelleks oli
kolmas utt. Sündis lammas, kes oli geneetiliselt identne udararakkude
doonoriga.
Järgmisel, 1998-ndal aastal teatati hiire kloonimisest.
Sel juhul viidi geneetiline materjal munarakkudesse, millest rakutuum oli
kõrvaldatud, erinevatest somaatilistest rakkudest, mis täiskasvanud loomas enam
ei jagune (närvirakud, Sertoli rakud, cumuluse
rakud (diferentseerunud rakud, mis übritsevad ootsüüte)). Neid rakke ei
paljundatud enne tuumamaterjali võtmist kunstlikult vaid võeti otse hiirelt.
Kloonitud järglasi saadi ainult teatud rakutüüpide korral. Kõige paremad
tulemused saadi cumuluse rakkudega.
Nii sündis hiir nimega Cumulina.
Üheks kloonimise rakendusalaks tulevikus on transgeensete
loomade paljundamine. Inimese kloonimine on seadusega keelatud. Samas anti
Inglismaal roheline tee organite paljundamisele kloonimise teel.